馬洛卡時(shí)期，帶領(lǐng)球隊(duì)闖入1998-1999賽季歐洲優(yōu)勝者杯決賽，可惜敗給意甲的拉齊奧。不久他轉(zhuǎn)投瓦倫西亞，帶領(lǐng)球隊(duì)連續(xù)兩年闖入歐洲冠軍聯(lián)賽決賽，可惜不敵皇家馬德里和拜仁慕尼黑。2001年他拿起國(guó)際米蘭教鞭，第一個(gè)賽季球隊(duì)一路領(lǐng)跑，可惜在最后一輪2:4負(fù)于拉齊奧，功虧一簣。第二個(gè)賽季，國(guó)際米蘭闖入了歐冠半決賽，但聯(lián)賽表現(xiàn)不如上賽季。第三賽季開(kāi)始不久，球隊(duì)在冠軍杯中依然搶眼，在海布里客場(chǎng)3：0挑落阿森納的戰(zhàn)役堪稱經(jīng)典，但聯(lián)賽打得不太理想，終被失去耐心的老板解職。離開(kāi)國(guó)米后，他賦閑了近一年，從此離開(kāi)了歐洲足球教練的主流行列。

2004-005賽季后半段成為西甲馬洛卡隊(duì)的“救火隊(duì)員”，最終幫助馬洛卡保級(jí)成功，而05-06賽季打到一半，馬洛卡隊(duì)居然又一次名列西甲倒數(shù)第一，庫(kù)珀黯然下課。2006-2007賽季后半段，執(zhí)教另一支西甲弱旅皇家貝蒂斯，賽季不到一半又因?yàn)閳?zhí)教成績(jī)不佳下課。2007-2008賽季又回到意甲，執(zhí)教帕爾馬隊(duì)的下半賽季，最終隨著這支曾今的意甲勁旅降入乙級(jí)。

2008年8月，庫(kù)珀成為格魯吉亞國(guó)家隊(duì)的主教練，率隊(duì)備戰(zhàn)南非世界杯預(yù)選賽，但成績(jī)慘不忍睹，小組墊底，甚至沒(méi)能取勝1場(chǎng)，3平7負(fù)，2009年底合同期滿后，沒(méi)有再續(xù)約。

2009年11月，庫(kù)珀成為希臘足球超級(jí)聯(lián)賽的塞薩洛尼基阿瑞斯隊(duì)（簡(jiǎn)稱阿瑞斯隊(duì)）的主教練，首個(gè)賽季獲得希臘足球超級(jí)聯(lián)賽的第四名和希臘杯亞軍。此后，庫(kù)珀先后執(zhí)教過(guò)桑坦德競(jìng)技，土耳其的奧度斯普，阿聯(lián)酋的阿爾-瓦斯?fàn)柕染銟?lè)部。

2015年3月，埃及足協(xié)正式任命庫(kù)珀擔(dān)任這支非洲國(guó)家隊(duì)的主教練。

2017年2月，庫(kù)珀率隊(duì)打進(jìn)2017非洲國(guó)家杯決賽，可惜在先進(jìn)一球的情況下被喀麥隆2比1逆轉(zhuǎn)，獲得亞軍。

2017年10月9日，憑借著薩拉赫的梅開(kāi)二度，埃及隊(duì)2-1擊敗剛果，庫(kù)珀率領(lǐng)埃及國(guó)家隊(duì)時(shí)隔28年重返世界杯決賽圈。

由于球員時(shí)代司職后衛(wèi)的關(guān)系，庫(kù)珀的戰(zhàn)術(shù)主要以防守為主，尤其是針對(duì)后防漏洞，都會(huì)設(shè)法填補(bǔ)。但值得惋惜的是庫(kù)珀執(zhí)教生涯中，幾乎清一色都是得到亞軍，如執(zhí)教瓦倫西亞時(shí)拿過(guò)兩屆歐冠亞軍，在國(guó)際米蘭時(shí)即使帶領(lǐng)球隊(duì)獲得意甲聯(lián)賽榜首，但最后也在末數(shù)場(chǎng)失利，失落聯(lián)賽冠軍。故歐洲一些媒體常以“二奶命”形容庫(kù)珀，意指庫(kù)珀常在大賽功虧一簣。

2017年12月29日凌晨，2017年度GlobeSoccer頒獎(jiǎng)典禮在迪拜舉行，赫克托·庫(kù)珀獲評(píng)年度最佳阿拉伯國(guó)家隊(duì)主帥。

2018年1月5日，赫克托·庫(kù)珀獲得2017年非洲年度最佳教練。