1898年清政府選派學(xué)生留日，何燏時以優(yōu)異成績?nèi)脒x。到日本后，他先進預(yù)備學(xué)校學(xué)日語，1899年入東京第一高等學(xué)校學(xué)習(xí)，1902年考進東京帝國大學(xué)工科采礦冶金系，1905年7月從東京帝國大學(xué)畢業(yè)，獲工科學(xué)士學(xué)位。他是中國留學(xué)生在日本正規(guī)大學(xué)畢業(yè)第一人。

1906年春，何燏時自日本回國，任浙江省礦務(wù)局技正，同年冬調(diào)北京任學(xué)部專門司主事兼京師大學(xué)堂教習(xí)。1907年他奉命到日本考察大學(xué)制度，籌劃圖書設(shè)備及建筑事宜，歷時數(shù)月，返國后就任京師大學(xué)堂工科監(jiān)督(即工學(xué)院院長)，兼新校舍建筑主任。他性格剛毅，行事果決，一掃舊日官場拖沓之風(fēng)，在其主持下，1909年建成京師大學(xué)堂德勝門外新校舍，1910年2月京師大學(xué)堂正式成立經(jīng)、法政、文、格致(理科)、工、農(nóng)、商等7科，由此初具大學(xué)規(guī)模。

1913年秋天，教育部為減省經(jīng)費，幾次要停辦北京大學(xué)，欲將之并入天津北洋大學(xué)，遭到何燏時及全校師生反對。何為此給大總統(tǒng)呈文，曰:“辦理不善，可以改良；經(jīng)費之虛糜，可以裁節(jié)；學(xué)生程度不齊一，可以力加整頓，而唯此一國立大學(xué)之機關(guān)，實不要遽行停止�！庇捎诤螣鷷r和全校師生的堅決反對與社會輿論的壓力，當局準備裁并北大的企圖被打消。然而由此他與教育總長發(fā)生齟齬，并不滿袁世凱獨裁，遂萌生退意，于1914年1月辭職。

何燏時任職京師大學(xué)堂和出掌北大時，正值北大逐步走向正規(guī)大學(xué)的關(guān)鍵時期，學(xué)科的設(shè)置，校舍的興建，經(jīng)費的籌集，風(fēng)紀的整頓，學(xué)制的改革，學(xué)校的保全，何皆與有力焉。他且又以校長之力，延攬許多人才到北大任教。據(jù)沈尹默回憶，馬裕藻、沈兼士、錢玄同及他自己，皆由何延攬入北大。1932年偽滿政府成立，其舊友鄭孝胥、羅振玉欲羅致何出任偽教育部長，然為何所拒。同時，何對國民黨“攘外必先安內(nèi)”的政策亦表不滿，雖然國民黨要員中亦有不少同學(xué)故舊，時常邀其出來做事，但均為其婉拒。

“七七事變”后，何燏時積極從事抗日民主活動。1939年周恩來到浙江視察時，他曾前往歡迎，互敘世誼，晤談甚歡。當時他因積極抗日，被推舉為浙東游擊區(qū)人民代表，兩次參加浙東各界人民代表會議；1945年1月，在浙東敵后各界人民代表會議上，當選為參議會副議長。

1945年8月日本投降，何燏時正在浙江上虞開會，并準備去延安。因浙東游擊隊奉命北撤，中共領(lǐng)導(dǎo)勸何暫回諸暨老家。何因追隨共產(chǎn)黨，于回家路上被國民黨拘捕，經(jīng)好友營救，始得脫險。后何與夫人避居杭州，不久又被浙江省保安司令部綁架入獄，后經(jīng)親友多方活動，當局迫于輿論方予釋放。他出獄后定居余杭，解放戰(zhàn)爭期間，他與中共地下黨仍保持秘密聯(lián)系。

1949年5月杭州解放，何燏時受到中共的優(yōu)禮尊重。9月21日，他作為“特別邀請人士”赴北平參加了中國人民政治協(xié)商會議第一屆全體會議，在會上他與黃琪翔、張難先等代表提出“請以中國人民政治協(xié)商會議第一屆全體會議名義電告聯(lián)合國大會，鄭重聲明否認國民黨反動政府”的提案，提案審查委員會立案后交主席團常務(wù)委員會審議。主席團常務(wù)委員會認為，何燏時與黃琪翔、張難先的提案恰逢其時，應(yīng)交中央人民政府執(zhí)行，并認為“中國人民政治協(xié)商會議所選舉的中華人民共和國中央人民政府為唯一能代表中國人民之政府，應(yīng)由政府發(fā)出聲明，否認偽國民黨政府所派出席聯(lián)合國會議所有代表的代表資格�！�9月30日，何燏時當選為政協(xié)第一屆全國委員會委員。10月1日下午，他登上了天安門城樓，觀禮開國大典，見證了新中國的誕生。

新中國建國后，何燏時歷任中央人民政府監(jiān)察委員會委員、華東軍政委員會委員、政協(xié)浙江省委員會副主席、中國國民黨革命委員會中央委員等職。1961年4月21日，在杭州逝世，享年83歲。