1982年畢業(yè)于廣西民族學院政治系。 1985年擔任廣西區(qū)民委辦公室副主任，1991年調(diào)往廣西民族研究所任所長。1997年晉升研究員職稱。其主要社會兼職有《壯學叢書》副總主編兼學術(shù)委員會主任、國家哲學社會科學研究規(guī)劃民族問題研究學科規(guī)劃小組（學科評審組）成員、廣西非物質(zhì)文化遺產(chǎn)研究中心副主任、廣西人文社會科學研究重點基地廣西民族大學壯學研究中心副主任、廣西非物質(zhì)文化遺產(chǎn)研究中心副主任。第八、九屆廣西壯族自治區(qū)政協(xié)委員，廣西區(qū)政協(xié)民族宗教委員會委員。中國民族學學會副會長、中國西南民族研究學會副會長、中國百越民族史研究會副理事長、廣西民族研究學會會長、廣西歷史學會副會長。1998年獲廣西壯族自治區(qū)有突出貢獻科技人員稱號，2004年起享受國務院政府特殊津貼，2005年獲記廣西新聞出版系統(tǒng)個人二等功。此外，還曾長期擔任廣西師范大學、廣西民族大學和桂林理工大學的兼職教授和碩士生導師。

2010年9月27日病逝于 南寧。

覃乃昌研究員生前著述豐富，在民族理論、壯族稻作農(nóng)業(yè)史、壯族經(jīng)濟史以及民族文化等方面取得了突出的研究成果。他出版?zhèn)�人專著2部，合著15部，主編和編著成果6部，發(fā)表論文80多篇。合著《民族自治權(quán)論》獲廣西哲學社會科學研究優(yōu)秀成果二等獎；獨著《壯族稻作農(nóng)業(yè)史》獲廣西哲學社會科學研究優(yōu)秀成果二等獎；合著《壯族通史》獲廣西哲學社會科學研究優(yōu)秀成果一等獎；合著《壯泰傳統(tǒng)文化比較研究》獲廣西哲學社會科學研究優(yōu)秀成果一等獎；獨著《廣西民族區(qū)域自治研究》獲廣西第十屆哲學社會科學研究優(yōu)秀成果二等獎。獨撰《關(guān)于建設百色民族工業(yè)城的構(gòu)想》獲國家民委民族政策研究優(yōu)秀成果一等獎。即使在患病期間，他還堅持研究，完成了長達60多萬字的《壯族經(jīng)濟史》一書。

覃乃昌研究員還長期擔任《廣西民族研究》主編一職，大力提攜中青年作者，為推動廣西民族研究事業(yè)做出了突出貢獻。