抗戰(zhàn)爆發(fā)后，放棄教職，投身民族救亡工作。初任華北特派員，負(fù)責(zé)民眾組訓(xùn)工作；北平淪陷后，游擊山西，進(jìn)行抗日。1938年7月南下漢口，任國(guó)民黨漢口特別市黨部主任委員。1941年4月25日，在漢口市特一區(qū)(舊德租界)被敵偽拘捕。汪精衛(wèi)令解赴南京，欲強(qiáng)其加入偽府工作。林尹以死自誓，三次被綁赴刑場(chǎng)以執(zhí)行槍決進(jìn)行威脅，終不屈服。后囚禁上海愚園864號(hào)。國(guó)民黨組織部長(zhǎng)朱家驊電上海蔣伯誠(chéng)，“不惜巨資予以營(yíng)救”。10月，得以脫險(xiǎn)赴香港；12月飛往重慶，重理舊業(yè)，任四川大學(xué)文科教授。

抗戰(zhàn)勝利后，奉命任國(guó)民黨浙滬黨務(wù)特派員。入臺(tái)后，撰述《中國(guó)學(xué)術(shù)思想大綱》一書，被補(bǔ)為第一屆“國(guó)大”代表。1955年后，先后執(zhí)教臺(tái)灣省立師范大學(xué)、政治大學(xué)、東吳大學(xué)、中國(guó)文化學(xué)院、淡江大學(xué)、輔仁大學(xué)，被推舉為“中國(guó)文字學(xué)會(huì)”理事長(zhǎng)、“孔孟學(xué)會(huì)”常務(wù)理事、“中華文學(xué)協(xié)會(huì)”會(huì)長(zhǎng)，并任《中文大辭典》編纂委員會(huì)副主委、臺(tái)灣師范大學(xué)國(guó)文研究所“常用國(guó)字編纂處”主任委員、“常用國(guó)字標(biāo)準(zhǔn)字體研訂小組”顧問，“重編國(guó)語(yǔ)辭典指導(dǎo)委員會(huì)”委員、“中國(guó)百科全書”編纂委員等；曾赴美國(guó)、西班牙宣揚(yáng)孔孟之道，參加國(guó)際漢學(xué)會(huì)議，發(fā)表論文《說文與釋名聲訓(xùn)比較研究》。韓國(guó)建國(guó)大學(xué)授予名譽(yù)文學(xué)博士學(xué)位。1983年6月8日病逝于臺(tái)北榮民醫(yī)院。

擅長(zhǎng)文字訓(xùn)詁，博通經(jīng)史，兼及諸子，尤明音韻之理。著有《中國(guó)聲韻學(xué)通論》、《周禮今注今釋》、《訓(xùn)詁學(xué)概要》、《景伊詩(shī)鈔》等及論文百余篇；編有《大學(xué)字典》、《兩漢三國(guó)文匯》；與人合編《中文大辭典》、《國(guó)民辭典》等。