繆鳳林同時兼任金陵女子大學(xué)教職，參與《史學(xué)雜志》、《國風(fēng)半月刊》編務(wù)。抗日戰(zhàn)爭爆發(fā)后，隨校西遷重慶，繼續(xù)執(zhí)教，并兼任中央大學(xué)師范學(xué)院史地系主任。每年夏秋之交，又不顧跋涉之勞，來往講學(xué)于西北各地�？箲�(zhàn)勝利后，重返南京，專任中央大學(xué)史地系教授。1948年出任中大文學(xué)院史學(xué)系主任，1951年在北京軍政大學(xué)學(xué)習(xí)，一年后回南京大學(xué)任教。不久先生患中風(fēng)，長期臥病，于1959年2月逝世。

繆鳳林繼承柳師治史的學(xué)脈，對中國古文獻(xiàn)中所記載之史實(shí)，必慎為考訂，辨明正偽。其一時不能得出結(jié)論者，均“存疑”而不臆定;對漢民族文化西來謬論，亦據(jù)理嚴(yán)加駁斥。

1929年1月13日在北平大學(xué)第一師范學(xué)院成立的中國史學(xué)會，到會者有北京大學(xué)等六校的師生共94人。是月，中央大學(xué)的繆鳳林發(fā)起成立中國史學(xué)會，并創(chuàng)刊《史學(xué)雜志》。

30年代所著《中國通史綱要》是他在中央大學(xué)史學(xué)系教授通史時所用講義。所述自太古以至最近，以明今日各種現(xiàn)象所由，及其蛻變之所以，宣揚(yáng)了祖國五千年來光輝燦爛杰出的史跡。柳詒徵為該書作序中稱“是編條理明晰，本末賅備，儒先精粹及近人鉤索辯難之文，大略在是�！�

1943年3月24日，教育部史地教育委員會第三次全體大會召開;與此同時，中國史學(xué)會成立大會也在中央圖書館舉行，顧頡剛、傅斯年、方豪、雷海宗、繆鳳林、陳訓(xùn)慈、張其昀、鄭鶴聲、衛(wèi)聚賢、吳其昌等120余人。顧頡剛擔(dān)任大會主席，并致開幕詞。大會通過了《中國史學(xué)會會章》，選舉了理事和監(jiān)事;其中理事21人，內(nèi)有柳詒徵、繆鳳林、張其昀、陳訓(xùn)慈等史地學(xué)派成員，候補(bǔ)理事9人中有向達(dá)、監(jiān)事7人，候補(bǔ)監(jiān)事3人中均無史地學(xué)派成員。1943年3月26日，中國史學(xué)會第一次理監(jiān)事聯(lián)席會議召開，顧頡剛、傅斯年、朱希祖、繆鳳林和陳訓(xùn)慈等9人被選為常務(wù)理事。

他的愛國心極強(qiáng)，從學(xué)生時代即蓄志研究日本史，課外讀黃遵憲《日本國志》，有感于黃氏歿后數(shù)十年，國內(nèi)尚未有一書能繼黃氏之后者。因此激起寫日本通史的雄心，搜集史料不遺余力，著成《日本史論叢》。

其他主要著作還有《中國通史要略》、《中國史論叢》、《中國民族史》、《中國民族文化》《西洋古代中世哲學(xué)史大綱》、《近代西洋哲學(xué)史大綱》等。

繆鳳林執(zhí)教數(shù)十年，及門弟子如蔣孟引、劉毓璜、章巽、洪誠等均先后在中大、南大任教。