天智朝八年（669年）， 中臣鐮足死， 天智天皇以其參與大化改革之功，賜姓藤原朝臣，是本姓之始。其后 文武天皇詔，只準其子不比等姓藤原。 壬申之亂后，不比等參加撰修律令，營造 平城京，創(chuàng)下政治基礎(chǔ)。其女光明子立為皇后，開藤原氏一族立后之端。不比等有四子：武智麻呂（南家）、房前（北家）、宇合（式家）、麻呂（京家），是律令制下政治勢力強大的四家。其后三家在爭權(quán)中失勢，只北家獨榮不衰。到 藤原良房時，以 外戚出任攝關(guān)職，以 攝政或 關(guān)白之名義長期左右朝政，稱為 攝關(guān)政治，是北家的全盛時期，并確立 攝政關(guān)白由北家嫡流出任的傳統(tǒng)。及至道長當政以后，藤原氏專權(quán)達于極盛期。此期間藤原氏以 外戚干政，為所欲為，二后并立，四女三妃。東宮立妃，幼小天皇常住其家。 攝政、 關(guān)白、 太政大臣、左右大臣之職為藤原氏一族獨霸，形成攝關(guān)政治特殊體制。北家嫡流（被稱為 攝關(guān)家）在平安時代末期分為 近衛(wèi)、 松殿、 九條三家。

寬治元年（1087年）， 院政開始，實權(quán)轉(zhuǎn)入院政，藤原氏勢力稍衰，形式上攝關(guān)職仍由藤原氏一家出任。平氏興起， 武士開始執(zhí)政，藤原氏的攝關(guān)政治體制名存實亡。在 鐮倉時代由近衛(wèi)家分出 鷹司家，由 九條家分出二條家和 一條家，近衛(wèi)家、鷹司、 九條、 二條、 一條被稱為 五攝家，交替出任攝關(guān)職，直至 江戶末期，但攝關(guān)職已與政權(quán)無關(guān)系。

明治維新后，五攝家列為華族之首獲公爵稱號。藤原氏一族在政壇上活躍近一千年。不過在 明治時代，因為天皇下令所有人民都要有一個姓氏，有部份地區(qū)人改姓藤原，但這些人物與歷史上真正的藤原氏無關(guān)，在現(xiàn)在藤原氏頗為普遍。