1999年6月，調(diào)入中國科學技術(shù)大學生命科學學院任教，繼續(xù)從事植物學和生態(tài)學的教學和研究工作�，F(xiàn)為安徽省細胞生物學學會會員，中國生態(tài)學學會會員，擔任中國科大科學考察探險協(xié)會顧問，中國探險協(xié)會第4屆理事，中國科學技術(shù)大學教學督導員，生命科學學院教務辦公室主任。

　　在植物學研究方面，長期以來，主要研究華東地區(qū)的植物區(qū)系和植被，發(fā)表了5個被子植物新物種，均被英國皇家植物園的《邱園索引》（Index Kewensis）所收錄；參加了《安徽植物志》（共5卷）的編寫和編輯工作，并且是主要完成人之一。在生態(tài)學研究方面，近年來在國內(nèi)首先開展了利用同步輻射X射線熒光檢測植物體重金屬含量的工作，以及研究我國城鄉(xiāng)物質(zhì)循環(huán)和水資源及水污染問題。為了解決黃河斷流問題，1999年1月26日在《光明日報》上發(fā)表了《減少黃河中上游灌溉用水》一文，編輯部特地加了編者按語，中央人民廣播電臺播發(fā)了此文，《上海環(huán)境在線》網(wǎng)站轉(zhuǎn)載了全文，該文對于國家在后來治理黃河斷流時提供了重要參考價值。

　　目前，在國內(nèi)核心期刊上發(fā)表論文約50篇，在國外刊物上發(fā)表論文1篇，其中屬于SCI和EI收錄的6篇。根據(jù)教育部中國教育在線網(wǎng)站2003年公布的高等院校CSCD論文被引用頻次按著者排序，被并列第28位，引用論文數(shù)8篇。

　　主要代表性論文有：

　　[1] 沈顯生. 安徽大別山天堂寨山區(qū)植物區(qū)系的研究，植物學報，1986，28（6）：657-663.

　　[2] 沈顯生. 葡萄屬一新種，植物分類學報，1989，27（4）：304-305.

　　[3] 沈顯生. 中國苦草屬一新種，西北植物學報，2000，20（5）：889—891.

　　[4] 沈顯生，孫立廣，尹雪斌，等. 南極喬治王島6種苔蘚植物的X熒光分析，極地研究，2001，13（1）：50—56.

　　[5] 沈顯生，安徽苦草屬一新種，植物分類學報，2001，39（6）：571—574.

　　[6] Shen Xiansheng, Kang Shixiu, Sun Liguang, et al. SR-XRF Analysis of Polytrichum in the Fildes Peninsula, Antarctica, Chinese Jour. of Polar Science, 2002, 13（2）：111—116.

　　[7] 沈顯生 孫灝, 康士秀，等. 安徽鐘山鐵礦植物重元素X射線熒光研究及環(huán)境指示意義， 核技術(shù), 2002，25（10）：779—782.

　　[8] H. Qian, Z. M. Wu, X. S. Shen et al., Large-scale Phytogeographical Patterns in East Asia in Relation to Latitudinal and Climatic Gradients, Jour. of Biogeography, 2003,30:129—141.

　　[9] 沈顯生，大別山區(qū)谷底平原生態(tài)系統(tǒng)的特征及社會發(fā)展中的若干問題，生態(tài)學雜志，2004，23（2）：158—160.

　　[10] 李樹美，沈顯生，張文銳，布氏輪藻生殖器官環(huán)境掃描電鏡的觀察，微體古生物學報，2004，21（3）：342—345.

　　已經(jīng)出版了《中國東部高等植物分科檢索與圖譜》和《植物學拉丁文》2本專著，其中的《植物學拉丁文》是由我國正式編著出版的第一本植物學拉丁文，填補了國內(nèi)研究生植物學拉丁文教材的空白；主編了《植物生物學實驗》；參編了《安徽植物志》、《植物學》（國家100門精品教材）、《植物學野外實習指導》和《植物學實驗實習》。

　　在《教育與現(xiàn)代化》和《生物學教學》等雜志上，共發(fā)表教學研究論文10余篇。主講的《植物學》課程已經(jīng)列為校級精品課程。

　　在教學和研究工作之余，擅長植物工筆畫，并曾為《安徽植物志》和《中條山樹木志》繪制植物形態(tài)與解剖插圖800余幅。

　　主持的全校非生物學專業(yè)本科生《生命科學導論》課程建設(shè)校級教學研究項目，獲得了2005年安徽省教學優(yōu)秀獎三等獎；參加由武漢大學主持6所大學聯(lián)合組織實施的教育部教學改革項目——《非生物學專業(yè)生命科學導論的教學改革與實踐》，獲得了2005年湖北省教學優(yōu)秀獎一等獎。另外，曾獲得過陳香梅教學獎、王寬誠育才獎和安徽省優(yōu)秀德育工作者等獎勵。