歷任江蘇省委政法委研究室、綜合治理處秘書、副科級秘書、正科級秘書，中共江蘇省委辦公廳黨群政法處正科級秘書、副處級秘書。

2000年11月任江蘇省民政廳副廳長（公選）、黨組成員。

2007年04月任中共湖南省岳陽市委常委（掛職）。

2007年05月任中共湖南省岳陽市委常委、副市長（掛職）。

2009年06月任江蘇省民政廳副廳長、黨組成員。

2011年04月任省民政廳黨組副書記。

2013年03月任省民政廳廳長人選，擬任省民政廳黨組書記

曾任江蘇省雙擁辦副主任、省民政廳黨組書記、省民政廳廳長

2018年3月，任省審計(jì)廳廳長。

第十三屆全國人民代表大會(huì)代表，江蘇省第十三屆委員會(huì)委員。

2016年11月22日，侯學(xué)元當(dāng)選中國共產(chǎn)黨江蘇省第十三屆委員會(huì)委員。

2018年3月28日，江蘇省第十三屆人民代表大會(huì)常務(wù)委員會(huì)第二次會(huì)議通過，侯學(xué)元為省審計(jì)廳廳長。