他出生在鐮倉郡比企能員家中, 是比企能員和當時早已投奔源賴朝的梶原景時撫養(yǎng)大的。其父源賴朝1199年死后，源賴家便成為了源氏家族的首領并在1202年被任命為“平安征夷大將軍”（Seii Taishogun）。然而從那以后，幕府的軍機大權(quán)逐漸落入了其祖父北條時政手中。北條政子千方百計阻撓他的一切政治活動，源賴家也意圖使比企家族臣服于自己，但是以失敗后被幽禁在宮中而告終，并被迫讓出幕府將軍的職位，最終伊豆（Izu）的在修善寺（Shuzenji）被北條時政派人暗殺。其后其弟源實朝（Minamoto no Sanetomo）成為第三代幕府將軍。

　　伊豆修禪寺源賴家墓所建久8年（1197年）12月15日成為從五位上右近衛(wèi)權(quán)少將。正治元年（1199年）父賴朝突然死去后約任為家督。轉(zhuǎn)任左近衛(wèi)中將。建仁2年（1202年）升為正三位、7月22日再升從二位、征夷大將軍宣下。翌年、升任為正二位。 期待源氏嫡男、重用側(cè)近之妻實家娘家比企氏，習慣了無視家臣而獨裁的判斷。由于危害母系一方北條氏為中心的利益，由家臣們推出的十三人合議制阻礙將軍權(quán)力確立、抑制賴家專政獨斷。建仁3年（1203年）賴家急病命危時，大臣們準備在賴家死后由繼承人兒子一幡及弟源實朝分權(quán)統(tǒng)治。 賴家進行最后的反擊，但是比企氏組織討伐北條氏之計劃失敗，謀逆的比企氏一族被滅（比企能員之變）、賴家更被剝奪將軍之職，流放到伊豆修禪寺(靜岡縣伊豆市)中幽禁。翌年、被北條氏派遣刺客暗殺。法名法華院殿金吾大禪合。