簡軍利用業(yè)余時間讀完了3年的棉紡工程、3年的國際貿(mào)易、3年的經(jīng)濟(jì)管理、2年的MBA和2年的投資管理。簡軍就任二棉廠廠長，一開始就面臨著各種難題和挑戰(zhàn)。但她說，領(lǐng)導(dǎo)如果表現(xiàn)出不好的精神狀態(tài)對員工會有消極的連鎖反應(yīng)，所以新的領(lǐng)導(dǎo)班子在廠里要頂著巨大的壓力露出自信的微笑。憑著出色的辦事能力，簡軍先后擔(dān)任廠辦副主任、主任、氣流紡車間主任、廠長助理等職。1991年開始，她先后擔(dān)任副廠長、廠長等職，開始參與主持企業(yè)的全面工作。只有36歲的簡軍在二棉這樣大型國有企業(yè)里作到一把手，這在當(dāng)時可以說是一個大膽的嘗試。在簡軍的帶領(lǐng)下，二棉廠的產(chǎn)品榮獲兩個北京市名牌，并得到國內(nèi)外市場的高度認(rèn)可。因為大力開展國內(nèi)外貿(mào)易，二棉的產(chǎn)品營銷、出口創(chuàng)匯達(dá)到歷史最高水平。在班子及全體員工的共同努力下，企業(yè)逐步擺脫困境，市場競爭力不斷增強(qiáng)。二棉在三年后扭虧為盈，第三年盈利1700多萬。

作為京棉集團(tuán)的總經(jīng)理，簡軍親身經(jīng)歷了三大國有企業(yè)改革、重組、調(diào)整的劇烈“陣痛”。要在2年多的時間里把1.73萬名職工減至8400人，她面臨著理智與情感的激烈碰撞。1996年，全國 紡織產(chǎn)業(yè)都處于有史以來最為嚴(yán)重的虧損狀態(tài)。北京的三個棉紡企業(yè)虧損額也是相當(dāng)大的。1997年8月，經(jīng)北京市委、市政府決定，處于困境中的北京第一、二、三棉紡織廠三個大型國有企業(yè)聯(lián)合，組建北京京棉紡織集團(tuán)有限責(zé)任公司。集團(tuán)按照現(xiàn)代企業(yè)法人治理結(jié)構(gòu)的要求，形成領(lǐng)導(dǎo)體系，簡軍在重組中擔(dān)任集團(tuán)總經(jīng)理。京棉集團(tuán)三年的調(diào)整、重組、改革、發(fā)展的實踐，充分證明了只有改革重組才能使老國企煥發(fā)出新的青春與活力。作為京棉集團(tuán)的總經(jīng)理，簡軍親身經(jīng)歷了三個大型國有企業(yè)改革、重組、調(diào)整的策劃、組織、實施的全過程，她深刻地體會到國有企業(yè)改革的艱難與復(fù)雜性，也更加清醒地看到，改革創(chuàng)新是大型國有企業(yè)擺脫困境尋求生存的唯一出路。

京棉集團(tuán)的改革、重組、調(diào)整取得了突出的成效，得到國家經(jīng)貿(mào)委、北京市委、市政府及北京紡織控股公司的充分肯定。作為總經(jīng)理，簡軍得到了很多的鼓勵和榮譽，多次被評為北京市愛國立功標(biāo)兵，紡織控股公司創(chuàng)業(yè)帶頭人，以及北京市經(jīng)委等七個委、局頒發(fā)“在完成國有企業(yè)改革與脫困階段性目標(biāo)、推進(jìn)國有企業(yè)改革與發(fā)展過程中做出突出成績予以表彰”的榮譽證書，并獲得”全國紡織工業(yè)系統(tǒng)勞動模范”光榮稱號。