1982年，畢業(yè)于華東地質(zhì)學院測量系。

1992年，畢業(yè)于武漢測繪科技大學攝影測量與遙感專業(yè)，獲得博士學位。

1995年，獲得國家杰出青年科學基金資助。

2006年，擔任國家重點基礎研究發(fā)展計劃（973計劃）首席科學家。

2007年，擔任國家自然科學基金創(chuàng)新群體學術帶頭人。

2011年12月，當選中國科學院院士。

龔健雅在二十世紀九十年代初提出了面向?qū)ο蟮乩硇畔⑾到y(tǒng)的概念和數(shù)據(jù)模型，現(xiàn)已成為GIS軟件的主流技術，并率先研發(fā)了面向?qū)ο驡IS軟件GeoStar，在中國測繪、國土和電力管理等許多領域得到廣泛應用。于二十一世紀初系統(tǒng)地提出了空間信息共享與互操作理論與方法，研發(fā)出多源空間信息共享服務平臺GeoSurf和網(wǎng)絡三維信息共享集成平臺GeoGlobe，成為中國軍民各類地理信息公共服務平臺如天地圖的基礎軟件。在攝影測量與遙感方面，他提出了遙感廣義幾何成像模型與精確處理方法，主持研發(fā)了中國遙感衛(wèi)星地面處理系統(tǒng)，并大幅提高了國產(chǎn)遙感衛(wèi)星影像自主定位精度。

龔健雅出版專著和教材12部（其中第一作者專著6部），發(fā)表論文430多篇（其中期刊論文300多篇、第一作者論文80多篇、SCI論文50篇、EI論文180多篇），論著他引1萬多次。

龔健雅先后承擔了國家和省部級科研項目40多項。

龔健雅是當前中國測繪學科主要學術帶頭人之一。