在執(zhí)教生涯早期，伊萬科維奇先后擔(dān)任克羅地亞聯(lián)賽球隊(duì)瓦特克斯、塞格斯塔和里耶卡的主教練。1997年，他成為克羅地亞國家隊(duì)的助理教練，并協(xié)助主教練布拉澤維奇率領(lǐng)克羅地亞隊(duì)獲得1998年世界杯足球賽第三名的成績。

　　1999-2000賽季，他前往德國，執(zhí)教德乙球隊(duì)漢諾威96，隨后又短暫擔(dān)任克羅地亞國家隊(duì)的助理教練。2001年，他接受時(shí)任伊朗國家隊(duì)主教練布拉澤維奇的邀請，擔(dān)任伊朗國家隊(duì)助理教練。在2002年世界杯外圍賽附加賽中，伊朗不敵愛爾蘭隊(duì)被淘汰出局，布拉澤維奇宣布辭職，伊萬科維奇替代了他的職位。

　　2004年伊萬科維奇帶領(lǐng)伊朗隊(duì)獲得西亞杯冠軍和亞洲杯第三名。伊朗隊(duì)在世界杯2006年外圍賽的征程十分順利，2005年6月8日，伊朗隊(duì)主場1比0戰(zhàn)勝巴林，提前一輪晉級世界杯決賽圈。但在2006年世界杯足球賽中，伊朗隊(duì)小組賽未能出線。世界杯結(jié)束后，伊萬科維奇辭去伊朗隊(duì)主教練職務(wù)。

2006年11月6日，伊萬科維奇正式擔(dān)任克羅地亞勁旅薩格勒布迪納摩。薩格勒布迪納摩在他接手后的所有比賽未輸一場，并在2006-07賽季成為聯(lián)賽杯賽雙冠王。2008年1月14日，他宣布辭職，由索爾多接任。但索爾多率領(lǐng)球隊(duì)獲得雙冠王后立即辭職，5月21日，伊萬科維奇重新回到俱樂部執(zhí)教。 2008年11月24日，伊萬科維奇再次辭職。

　　2009年12月16日正式與山東魯能隊(duì)簽約，并在2010年中超聯(lián)賽中帶領(lǐng)山東魯能泰山隊(duì)以18勝9平3負(fù)積63分（領(lǐng)先亞軍天津泰達(dá)隊(duì)13分）的優(yōu)異戰(zhàn)績奪冠，且創(chuàng)下該賽季勝場最多、進(jìn)球最多、凈勝球最多以及主場不敗的紀(jì)錄。賽季結(jié)束后，伊萬科維奇榮膺“2010中超最佳教練”。

2020年1月，阿曼足協(xié)宣布，前山東魯能主教練伊萬科維奇執(zhí)教阿曼國家隊(duì)。

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