他于1924年考入中法大學(xué)文科，1929年又考入國(guó)立北京大學(xué)國(guó)學(xué)門研究所（后改為“文科研究所”）為研究生，師從我國(guó)著名學(xué)者、詩(shī)人劉半農(nóng)（名復(fù)）先生學(xué)習(xí)文學(xué)，可惜中途因劉先生不幸病故，于是子上師又“棄文就史”，跟隨著名明清史專家孟森先生學(xué)習(xí)史學(xué)，從此開始治明清歷史終生。

他自上世紀(jì)30年代師從明清史大師孟森先生開始,繼承老師衣缽,從事明清史研究。新中國(guó)成立后,他學(xué)習(xí)和掌握了馬克思主義,使研究向更深廣的層次發(fā)展。他的史學(xué)論著表現(xiàn)出明顯的特色:一方面繼承孟森先生尊重史實(shí)的優(yōu)良治史傳統(tǒng),避空戒虛,去偽求真,力圖建立充分、可靠的史實(shí)基礎(chǔ);另一方面運(yùn)用歷史唯物主義理論、方法,進(jìn)行分析、概括,探索歷史事件的性質(zhì)和發(fā)展規(guī)律。他研究的范圍十分廣泛,尤其關(guān)注明清歷史上的重要和關(guān)鍵問題�！睹髑逯�際山海關(guān)戰(zhàn)役的真相考察》、《清初內(nèi)地人民抗清斗爭(zhēng)的性質(zhì)問題》等論文,就是這方面的代表作,充分反映出第二代清史學(xué)家與時(shí)俱進(jìn)的精神風(fēng)貌和學(xué)術(shù)風(fēng)格。

商鴻逵撰寫的《賽金花本事》一書是部對(duì)于研究賽金花頗具價(jià)值的書籍。

1936年，商鴻逵是北京大學(xué)文學(xué)研究院研究生，劉半農(nóng)是他的老師。劉曾說過：中國(guó)有兩個(gè)“寶貝”，慈禧與賽金花，一個(gè)在朝，一個(gè)在野；一個(gè)賣國(guó)，一個(gè)丟臉。為此，他曾和商鴻逵一同訪問賽金花，由賽口述，商執(zhí)筆寫了這本書。為了寫書，劉半農(nóng)約賽金花在王府大街古琴家鄭穎蓀家中會(huì)面，參加談話的有戲劇家余上沅等上，商鴻逵任記錄。賽金花來時(shí)，由傭媽攙扶，賽雖年近60，但薄施脂粉，尚綽約有姿。談話時(shí)賽說蘇州話，劉半農(nóng)系江陰人，為表示接近，也操吳語。談到吃晚時(shí)刻，就共進(jìn)晚餐。鄭家離東安市場(chǎng)近，就在東安市場(chǎng)大鴻樓叫了幾個(gè)菜。賽金花有阿芙蓉(鴉片煙)癖，晚飯后該吸鴉片煙提提精神，于是就到后室休息，煙榻橫陳，噴云吐霧后再談下去。如是者三次。《賽金花本事》一書是賽本人口述其親身經(jīng)歷，應(yīng)該說有很大的可信程度。世人對(duì)賽的身世感興趣的地方：一是她系洪狀元的寵妾，出過洋，后來淪為妓女；二是庚子事變時(shí)，她與八國(guó)聯(lián)軍統(tǒng)帥瓦德西有染，傳說中她與瓦德西同居3個(gè)月，一夕火起，兩人裸體跳窗戶外逃。對(duì)于這些情節(jié)，賽是矢口否認(rèn)的。她認(rèn)為這是寫書人嚼舌糟踏她，她卻承認(rèn)與瓦德西接觸過數(shù)次，確曾為聯(lián)軍籌措過軍糧，確曾勸聯(lián)軍勿蹂躪北京這座古城。但她要見一次瓦德西也不易，瓦德西那時(shí)已68歲，在聯(lián)軍中頗有威信，很知自重，沒有同居的事�！顿惤鸹ū臼隆芬粫鴨柺篮螅瑲v史學(xué)家尹達(dá)、鄧之城都予以肯定。

之后，上海影星胡蝶曾致函商鴻逵，要求商伴賽金花去滬，商量拍電影的事，被商婉言謝絕。北京大學(xué)文學(xué)研究院院長(zhǎng)胡適認(rèn)為研究生不該為妓女立傳，要處分商鴻逵，商作了檢討才罷。

梅定九年譜 　中法大學(xué)月刊 1932、10 二卷一期

清初的理學(xué)界 　 中法大學(xué)月刊 1932、11 二卷二期

中國(guó)茶事叢考——?dú)v代的茶政 中法大學(xué)月刊 1933、2 三卷五期

國(guó)茶事叢考——造茶與飲茶之沿革 中法大學(xué)月刊 1933、11 四卷一期

桃花扇傳奇 中法大學(xué)月刊 1934、8 五卷五期

賽金花本事與劉半農(nóng)合著 北平景云堂書店 1934年

清代要籍編年 中法大學(xué)月刊 1936、3 八卷五期

顏元 中法大學(xué)月刊 1936、10 九卷五期

明代援朝最后勝利中的大將陳璘和鄧子龍 進(jìn)步日?qǐng)?bào) 1951、8、3

略論清初經(jīng)濟(jì)恢復(fù)和鞏固的過程及其成就 北京大學(xué)學(xué)報(bào) 1957總七期

論康熙平定三藩 歷史教學(xué) 1963 八期

談明末袁崇煥堅(jiān)守寧錦敢的敢戰(zhàn)勝精神 史學(xué)月刊 1964 10月號(hào)

從假海瑞談到真海瑞 文匯報(bào)1966、1

關(guān)于康熙捉鰲拜 歷史教學(xué) 1976 四期

明清之際山海關(guān)戰(zhàn)役的真相考察 歷史研究 1978三期

清代皇商介休范家 明清史國(guó)際學(xué)術(shù)討論會(huì)論文集 1980年

論康熙 社會(huì)科學(xué)輯刊 1980二期

清初內(nèi)地人民抗清斗爭(zhēng)的性質(zhì)問題 中華文史論叢 1980 一輯

康熙爭(zhēng)取臺(tái)灣及其善后措施 中國(guó)史研究 1980 四期

姚啟圣與施瑯 中國(guó)歷史文獻(xiàn)研究集刊 1980 一集

嘉靖宮變述略 故宮博物院院刊 1980 三期

康熙南巡與治理黃河 北京大學(xué)學(xué)報(bào) 1981 四期

清“孝莊文皇后”小記 清史論叢 1982 三期

清代孝莊孝欽兩太后比評(píng) 故宮博物院院刊 1982 三期

論清代的尊孔和崇奉喇嘛教 社會(huì)科學(xué)輯刊 1982 五期

康熙平定三藩中的西北三漢將 北京大學(xué)學(xué)報(bào) 1984 一期

康熙傳待印

清會(huì)要·紀(jì)元篇初稿

明代中朝友好關(guān)系（《五千年中朝友好關(guān)系》一章

清代北京 （《北京史》一章

明清賦役制度待印

清代史籍滿語解與劉景憲等合著

清代筆記中清史資料類抄 待印

倡議編纂《清會(huì)要》 文獻(xiàn) 1979 一輯 上海古籍出版社

簡(jiǎn)談關(guān)于編纂《清會(huì)要》 光明日?qǐng)?bào) 1982、3

編纂《清會(huì)要》的例說和門類子目及采用資料 清史研究通訊 1982一期

整理出版孟森遺著：

明元清系通紀(jì)補(bǔ)嘉靖至崇禎六朝

滿洲開國(guó)史 上海古籍出版社 1992年

明清史講義 中華書局 1980年

明清史論著集刊上，下冊(cè) 中華書局 1959年

明清史論著集刊續(xù)編 中華書局 1986年

（資料來源：徐凱《商鴻逵先生學(xué)術(shù)傳略》，載《商鴻逵教授逝世十周年紀(jì)念論文集》，北京大學(xué)出版社1995年版。）