1987年8月——2000年3月在中共江蘇省委黨校任教；1996年曾赴瑞士、意大利等國學(xué)習(xí)深造；1999年被南京大學(xué)作為高層次引進人才破格評為政治學(xué)教授，2000年4月起作為旗幟型人才擔(dān)任南京師范大學(xué)特聘教授，南京師范大學(xué)校學(xué)術(shù)委員會委員、校學(xué)位評定委員會委員，博士生導(dǎo)師，公共管理學(xué)院行政管理系主任、行政管理研究所所長，公共管理學(xué)院副院長、南京工業(yè)大學(xué)公共管理學(xué)院院長。金太軍還擔(dān)任全國青聯(lián)委員， “江蘇省青聯(lián)常委”，九屆、十屆江蘇省政協(xié)委員兼學(xué)習(xí)委員會委員、九三學(xué)社江蘇省委常委，江蘇省紀(jì)委、監(jiān)察廳特約監(jiān)督員，江蘇省哲學(xué)社會科學(xué) “十五”規(guī)劃專家組成員。兼任中國政治學(xué)會理事、中國行政管理學(xué)會理事、全國政策科學(xué)研究會副會長、Chinese Public Administration Review（美國）、中國人民大學(xué)報刊復(fù)印資料《管理科學(xué)》、《公共行政》以及《行政論壇》等刊編委，教育部人文社會科學(xué)重點基地華中師范大學(xué)農(nóng)村問題研究中心、中山大學(xué)行政管理研究中心、安徽大學(xué)、安徽財貿(mào)學(xué)院等校兼職教授。2007年12月調(diào)入蘇州大學(xué)，現(xiàn)任蘇州大學(xué)校學(xué)位委員會、學(xué)術(shù)委員會委員，政治與公共管理學(xué)院院長，特聘教授、博士生導(dǎo)師、公共管理一級學(xué)科帶頭人。

主持國家社科基金重大項目“應(yīng)對重大突發(fā)公共事件的政府協(xié)調(diào)研究”、國家社科基金重點項目“政治文明建設(shè)與權(quán)力監(jiān)督機制研究”、江蘇省哲學(xué)社會科學(xué)重大項目與江蘇省教育廳重大項目等20多項課題，出版《行政改革與行政發(fā)展》（83萬字）等個人專著6部，在國內(nèi)外學(xué)術(shù)刊物發(fā)表學(xué)術(shù)論文近200篇，其中，在《中國社會科學(xué)》、《政治學(xué)研究》、《戰(zhàn)略與管理》、《管理世界》、《哲學(xué)研究》等專業(yè)權(quán)威性刊物或全國中文核心刊物上發(fā)表論文100余篇，被引用5800多篇次（據(jù)中國期刊網(wǎng)統(tǒng)計），CSSCI的論文數(shù)和被引用數(shù)在政治學(xué)和行政管理學(xué)科居全國前列。獲省部級哲學(xué)社會科學(xué)優(yōu)秀成果一、二等獎8項，其中獨立獲得江蘇省哲學(xué)社會科學(xué)優(yōu)秀成果一等獎2項。出版?zhèn)�人專著《政治體制改革》、《行政改革與行政發(fā)展》、《村莊治理與權(quán)力結(jié)構(gòu)》等6部，主持撰寫著作30多部。在《中國社會科學(xué)》、《政治學(xué)研究》、《管理世界》、《哲學(xué)研究》等權(quán)威或核心期刊發(fā)表100多篇論文，被引用8000多篇次，居本學(xué)科全國前茅。

長期研究當(dāng)代中國政府與政治、公共政策與社會治理等領(lǐng)域，是江蘇省政治學(xué)和行政學(xué)界中青年學(xué)者的代表人物，江蘇省迄今唯一的社會科學(xué)類“青年科學(xué)家”獎獲得者，有突出貢獻的中青年專家，江蘇省“333高層次人才培養(yǎng)工程”首批中青年科技領(lǐng)軍人才，高校優(yōu)勢學(xué)科“地方政府與社會管理”首席學(xué)科帶頭人，教育部首屆新世紀(jì)優(yōu)秀人才支持計劃入選者。他先后指導(dǎo)學(xué)生榮獲全國大學(xué)生“挑戰(zhàn)杯”一等獎與特等獎。其關(guān)于社會管理的研究成果受中央領(lǐng)導(dǎo)同志的重視。