2012年10月25日，在日本職棒的選秀會中，阪神虎隊(duì)、歐力士野牛、東京養(yǎng)樂多燕子、千葉羅德海洋等球隊(duì)將其列名為第一指名，最后由阪神虎隊(duì)抽中交涉權(quán)。

2012年11月15日，以簽約金1億、年薪1500萬日圓加盟阪神虎隊(duì)。

2013年3月31日，對東京養(yǎng)樂多燕子初登板，先發(fā)6.0局僅失二分、并投出7次三振，但最后承擔(dān)敗戰(zhàn)投手。

2013年4月14日，對橫濱DeNA灣星先發(fā)6.0局無失分，并拿下生涯首勝。

2013年4月28日，對橫濱DeNA灣星的三浦大輔于六局上擊出生涯的首支安打。

2014年4月15日，對廣島東洋鯉魚的九里亞蓮于六局上擊出生涯首支本壘打。

2020年3月，藤浪晉太郎確診感染了新冠病毒。