1909年，陳炯明在家鄉(xiāng)創(chuàng)辦《陸安自治報》（后改名為《海豐自治報》），自任主筆，馬育航與鐘景棠、陳達生、陳演生等人分任撰述。1911年5月，隨陳炯明加入了同盟會暗殺團。

1911年10月武昌起義爆發(fā)后，隨陳炯明參加光復惠州之役，任“ 循軍”指揮部書記、副官長。

1913年袁世凱陰謀稱帝，陳炯明舉兵反袁，失敗后流亡東南亞，馬育航隨之流亡。

1916年春，隨陳炯明回到廣東參加討袁斗爭，共同組織惠州共和軍。

1918年2月，孫中山任命陳炯明為惠、潮、梅三屬軍務督辦（10月，撤消此職）。馬育航任惠、潮、梅督辦公署總參議兼潮梅籌餉局長。

1920年8月，陳炯明率粵軍從廣西回粵，打敗盤踞廣東的桂系軍閥，被任命為廣東省省長兼粵軍總司令，此后馬育航歷任粵軍總司令部副官長、廣州市財政局局長、廣東省財政廳廳長。

1925年，陳炯明下野，馬育航隨之匿居香港。后來，還擔任過國民黨政府“天然資源委員會錫礦局廣州分局”的局長，也曾在汪精衛(wèi)手下做過事。

1939年在上海遭人暗殺。

其子馬思聰是著名音樂家。