1998至2002年就讀于上海交通大學(xué)動力與能源工程學(xué)院，獲核工程與核技術(shù)專業(yè)學(xué)士學(xué)位。2002至2007年在中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)近代物理系金革教授實驗室攻讀博士期間參與國家大科學(xué)工程項目"大天區(qū)面積多目標光纖光譜望遠鏡"（LAMOST），并承擔(dān)其中的巡天戰(zhàn)略系統(tǒng)的研發(fā)工作，在計算機算法和大型工程軟件設(shè)計開發(fā)方面具有豐富的經(jīng)驗。2007年7月獲得物理電子學(xué)工學(xué)博士學(xué)位之后進入中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院溫龍平研究組進行博士后研究工作,將計算機和天文學(xué)算法以及工程學(xué)思想成功運用到生物信息學(xué)領(lǐng)域，在蛋白質(zhì)組生物信息學(xué)方面取得了豐富成果。主要包括設(shè)計出高效的GPS（Group-based Prediction System）預(yù)測算法，并基于該算法開發(fā)出十多種蛋白質(zhì)翻譯后修飾位點預(yù)測工具，此外還構(gòu)建多個蛋白質(zhì)相關(guān)數(shù)據(jù)庫及輔助工具。2010 年3月獲中山大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院“百人計劃”引進，2011年12月晉升教授。進入生物領(lǐng)域后，在包括Molecular & Cellular Proteomics, Nucleic Acids Research, Cell Research, Briefings in Bioinformatics等國際著名雜志上發(fā)表SCI 論文27篇（9篇IF>7.0），其中通訊或一作19篇，累計影響因子150。所發(fā)布的GPS系列工具在蛋白質(zhì)翻譯后修飾領(lǐng)域受到廣泛關(guān)注，推動了該領(lǐng)域發(fā)展，相關(guān)文章已被包括Nature、Science及Cell系列雜志在內(nèi)的文章引用700余次，最高單篇引用超200次，H-index 12。擔(dān)任國際雜志Frontiers in Genetics編委。主持國家自然科學(xué)基金3項，作為骨干參與科技部973/863/國際合作項目4項。發(fā)布生物信息學(xué)工具及數(shù)據(jù)庫20多個，獲頒軟件著作權(quán)登記證書17項。

1998.09 u2013 2002.07 學(xué)士 上海交通大學(xué)動力與能源工程學(xué)院核工程與自動化專業(yè)

2002.09 u2013 2007.06 博士 中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)近代物理系物理電子學(xué)專業(yè)

2007.07 u2013 2010.03 博士后 中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院

2010.03 u2013 2011.12 副教授 中山大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院

2011.12 u2013 今 教授 中山大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院

2012.05 u2013 今 部長 高性能計算2011協(xié)同創(chuàng)新中心應(yīng)用研發(fā)部

2012.11 u2013 今 主任 中山大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院生物信息學(xué)中心

2013.03 u2013 今 副主任 中山大學(xué)生物信息學(xué)系

2013.11 u2013 今 教授（雙聘） 中山大學(xué)超級計算學(xué)院

2014.07u2013 今 教授（兼職） 中山大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院

發(fā)表論文

1. Xue Y#,Ren J#, Gao XJ, Jin CJ, Wen LP, Yao XB. GPS 2.0, a tool to predict kinase-specific phosphorylation sites in hierarchy.Molecular & Cellular Proteomics. 2008;7(9):1598-1608. ( IF:8.834, cited by197)

2.Ren J, Wen LP, Gao XJ, Jin CJ, Xue Y, Yao XB. CSS-Palm 2.0: an updated software for palmitoylation sites prediction.Protein Eng Des Sel. 2008;21(11):639-644. (IF: 3.023, cited by139)

3.Ren J, Gao XJ, Jin CJ, Zhu M, Wang XW, Shaw A, Wen LP, Yao XB, Xue Y. Systematic study of protein sumoylation: Development of a site-specific predictor of SUMOsp 2.0.Proteomics. 2009;9(12):3409-3412. (IF: 4.815, cited by92)

4.Ren J, Wen LP, Gao XJ, Jin CJ, Xue Y, Yao XB. DOG 1.0: illustrator of protein domain structures.Cell Research. 2009;19(2):271-273. (IF:9.417, cited by74)

5. Zhao Q, Xie YB, Zheng YY, Jiang S, Liu WZ, Mu WP, Liu ZX, Zhao Y, Xue Y andRen J*. GPS-SUMO: a tool for the prediction of sumoylation sites and SUMO-interaction motifs.Nucleic Acids Research. 2014;42: W325-30.(IF:8.808)

6. Xue Y, Liu ZX, Gao XJ, Jin CJ, Wen LP, Yao XB,Ren J*. GPS-SNO: Computational Prediction of Protein S-Nitrosylation Sites with a Modified GPS Algorithm.Plos One. 2010;5(6): e11290. (IF: 4.411, cited by42)

7. Xue Y, Liu ZX, Cao J, Ma Q, Gao X, Wang QQ, Jin CJ, Zhou YH, Wen LP,Ren J*. GPS 2.1: enhanced prediction of kinase-specific phosphorylation sites with an algorithm of motif length selection.Protein Eng Des Sel. 2011;24(3):255-260. (IF: 3.023, cited by30)

8.Ren J, Jiang CH, Gao XJ, Liu ZX, Yuan ZN, Jin CJ, Wen LP, Zhang ZL, Xue Y, Yao XB. PhosSNP for Systematic Analysis of Genetic Polymorphisms That Influence Protein Phosphorylation.Molecular & Cellular Proteomics. 2010;9(4):623-634. (IF:8.354, cited by16)

9.Ren J, Liu ZX, Gao XJ, Jin CJ, Ye ML, Zou HF, Wen LP, Zhang ZL, Xue Y, Yao XB. MiCroKit 3.0: an integrated database of midbody, centrosome and kinetochore.Nucleic Acids Research. 2010;38:D155-D160. (IF:8.808, cited by11)

10. Liu ZX, Cao J, Gao XJ, Zhou YH, Wen LP, Yang X, Yao XB,Ren J*, Xue Y*. CPLA 1.0: an integrated database of protein lysine acetylation.Nucleic Acids Research. 2011;39:D1029-1034. (IF:8.808, cited by16)

11. Song CX, Ye ML, Jiang XN, Han GH, Songyang Z, Tan YX, Wang HY,Ren J*, Xue Y* & Zou HF*. Systematic analysis of protein phosphorylation networks from phosphoproteomic data.Molecular & Cellular Proteomics. 2012;11(10):1070-1083. (IF:7.398)

12. Liu ZX#,Ren J#, Cao J, He J, Yang Q, Ma Q, Gao XJ, Yao XB, Jin CJ, Xue Y. Systematic analysis of the Plk-mediated phosphoregulation in eukaryotes.Briefings in Bioinformatics.2013;14 (3):344-360 (IF:5.924)

13. Xue Y, Gao XJ, Cao J, Liu ZX, Jin CJ, Wen LP, Yao XB,Ren J*. A Summary of Computational Resources for Protein Phosphorylation.Current Protein & Peptide Science. 2010;11(6):485-496. (IF: 3.83, cited by18)

14. Zheng YY, Guo JJ, Li X, Xie YB, Hou MM, Fu XY, Dai SK, Diao RC, Miao YY* andRen J*. An integrated overview of spatiotemporal organization and regulation in mitosis in terms of the proteins in the functional supercomplexes.Frontiers in Microbiology. 2014(IF: 3.9, in press)

15. Liu ZX, Gao X, Ma Q, Cao J,Ren J*, Xue Y*. GPS-CCD: A novel computational program for prediction of calpain cleavage sites.Plos One.2011;6(4):e19001. (IF: 4.411, cited by11)

16. Liu ZX, Cao J, Ma Q, Gao XJ,Ren J*, Xue Y*. GPS-YNO2: computational prediction of tyrosine nitration sites in proteins.Mol Biosyst. 2011; 7(4):1197-1204. (IF: 3.825, cited by14)

17. Liu ZX, Ma Q, Cao J, Gao XJ,Ren J*, Xue Y*. GPS-PUP: computational prediction of pupylation sites in prokaryotic proteins.Mol Biosyst. 2011;7(10):2737-2740. (IF: 3.825, cited by 7)

18.Ren J, Gao XJ, Liu ZX, Cao J, Ma Q, Xue Y. Computational Analysis of Phosphoproteomics: Progresses and Perspectives.Current Protein & Peptide Science. 2011;7(12):591-601.(IF: 3.83)

19. Xue Y, Liu ZX, Cao J,Ren J.(2011) Systems and Computational Biology - Molecular and Cellular Experimental Systems.InTech. ISBN 978-953-307-280-7(Book Chapter)

20. Gao TS, Liu ZX, Wang YB, Cheng H, Yang Q, Guo AY,Ren Jand Xue Y. UUCD: a family-based database of ubiquitin and ubiquitin-like conjugation.Nucleic Acids Res. 2013;41:D445-51. (IF:8.026)

21. Liu ZX, Wang YB, Gao TS, Pan ZC, Cheng H, Yang Q, Cheng ZY, Guo AY,Ren Jand Xue Y. CPLM: a database of protein lysine modifications.Nucleic Acids Res. 2014;42:D531-536. (IF:8.026)

22. Wang YB, Dai ZY, Cheng H, Liu ZX, Pan ZC, Deng WK, Gao TS, Li XT, Yao YG,Ren Jand Xue Y. Towards a better understanding of the novel avian-origin H7N9 influenza A virus in China.Scientific Reports. 2014; 3:2318. (IF:2.927)

23. Han GH, Ye ML, Jiang XN, Chen R,Ren J, Xue Y, Wang FJ, Song CX, Yao XB, Zou HF. Comprehensive and Reliable Phosphorylation Site Mapping of Individual Phosphoproteins by Combination of Multiple Stage Mass Spectrometric Analysis with a Target-Decoy Database Search.Analytical Chemistry. 2009;81(14):5794-5805. (IF:5.712, cited by17).

24. Gao XJ, Jin CJ,Ren J, Yao XB, Xue Y. Proteome-wide prediction of PKA phosphorylation sites in eukaryotic kingdom.Genomics. 2008;92(6):457-463. (IF:3.613, cited by12).

25. Liu ZX, Yuan F,Ren J, Cao J, Zhou YH, Yang Q, Xue Y. GPS-ARM: Computational Analysis of the APC/C Recognition Motif by Predicting D-Boxes and KEN-Boxes.Plos One. 2012;7(3):e34370

26. Cai RK, Liu ZX,Ren J, Ma C, Gao TS, Zhou YH, Yang Q, Xue Y. GPS-MBA: computational analysis of MHC class II epitopes in type 1 diabetes.PloS one. 2012; 7(3):e33884.

27. Yao YG, Ma LL, Jia Q, Deng WK, Liu ZX, Zhang YW,Ren J, Xue Y, Jia HB, Yang Q. Systematic characterization of small RNAome during zebrafish early developmental stages.BMC Genomics.2014

(*通訊# 一作)

獲獎情況：

1. 2013年入選教育部新世紀優(yōu)秀人才。

2. 2012年獲廣東省自然科學(xué)杰出青年基金，為首批16人之一。

3. 2011年入選首批廣州市珠江科技新星。

4. 2013年于MIT獲國際遺傳工程機器設(shè)計競賽（iGEM）軟件組世界總決賽金獎與Best Software Project單項大獎，領(lǐng)隊。

5. 2012年于MIT的iGEM世界總決賽上獲得Best Clotho App與Best Genome Compiler Based Design兩個單項大獎，領(lǐng)隊。

6. 2012年獲國際遺傳工程機器設(shè)計競賽（iGEM）軟件組亞洲區(qū)金獎，領(lǐng)隊。

7. 2012年獲國際遺傳工程機器設(shè)計競賽（iGEM）亞洲區(qū)銀獎，領(lǐng)隊。

8. 2011年獲國際遺傳工程機器設(shè)計競賽（iGEM）亞洲區(qū)銅獎，領(lǐng)隊。

已發(fā)布生物信息學(xué)工具：

1. 蛋白質(zhì)磷酸化位點預(yù)測工具：GPS 2.1

2. 蛋白質(zhì)磷酸化相關(guān)SNP數(shù)據(jù)庫：PhosSNP 1.0

3. 中體、中心體及動粒蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫：MiCroKit 3.0

4. 蛋白質(zhì)乙�；瘮�(shù)據(jù)庫：CPLA 1.0

5. 蛋白質(zhì)功能結(jié)構(gòu)域示意圖繪制軟件：DOG 1.0

6. 蛋白質(zhì)SUMO化位點預(yù)測工具：SUMOsp 2.0

7. 蛋白質(zhì)棕櫚�；�位點預(yù)測工具：CSS-Palm 2.0

8. 鈣蛋白酶切位點預(yù)測工具：GPS-CCD 1.0

9. 蛋白質(zhì)巰基亞硝基化位點預(yù)測工具：GPS-SNO 1.0

10. 蛋白質(zhì)翻譯后修飾肽段掃描工具：PPS 1.0

11. 蛋白質(zhì)酪氨酸硝化位點預(yù)測工具：GPS-YNO2 1.0

12. 蛋白質(zhì)SUMO化結(jié)合模體預(yù)測工具：GPS-SBM 1.0

13. 磷酸化網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建工具：iGPS 1.0

14. 細胞死亡相關(guān)蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫：THANATOS

其中GPS、CSS-Palm和SUMOsp已被著名蛋白質(zhì)組學(xué)門戶網(wǎng)站ExPASy收錄

訪問量超過5000人/月。

包括美國BMS（百時美施貴寶）、法國Hybrigenics和日本Eisai在內(nèi)的多家國際著名制藥公司已購買GPS系列軟件的商業(yè)版授權(quán)。

獲頒計算機軟件著作權(quán)登記證書：

1. 圖形化局部序列比對軟件，2014SR004801，2014，中國，任間、張冉、謝宇斌、趙齊

2. 生物序列特征圖標繪制軟件，2014SR036498，中國，任間、劉文忠、趙齊、謝宇斌

3. 生物信號通路示意圖繪制軟件，2014SR038082，中國，任間、劉文忠、謝宇斌、趙齊

4. 醫(yī)學(xué)多中心統(tǒng)計分析軟件，2014SR013108，2014，中國，任間、劉文忠、李旭

5. 蛋白質(zhì)翻譯后修飾棕櫚�；�位點預(yù)測工具，2009SR022423，2009，中國，任間、薛宇

6. 蛋白質(zhì)翻譯后修飾磷酸化位點預(yù)測工具，2009SR023467，2009，中國，任間、薛宇

7. 蛋白質(zhì)翻譯后修飾SUMO化位點預(yù)測工具，2009SR022424，2009，中國，任間、薛宇

8. 蛋白質(zhì)功能結(jié)構(gòu)域示意圖繪制工具，2009SR054172，2009，中國，任間、薛宇

9. LAMOST巡天觀測戰(zhàn)略系統(tǒng)，2009SR027003，2009，中國，任間、袁海龍、金革