他任巡海道副使（相當(dāng)于現(xiàn)在海軍副總司令，總司令由皇帝兼任）期間，在浙江至福建一帶沿海，帶領(lǐng)軍民抗擊葡萄牙殖民者的侵略，在東山島附近海域設(shè)伏，大敗侵略軍，收復(fù)鼓浪嶼等侵略軍盤踞的沿海據(jù)點，迫使侵略者南逃廣東沿海（后占領(lǐng)了澳門），柯喬也因此觸犯權(quán)貴利益，蒙冤被罷官為布衣，于嘉靖二十九年（1550）受冤放還原籍青陽柯村。在雙峰筑草堂閉門讀書，著有《九華山詩集》2卷。嘉靖三十三（1554）朝廷察知柯喬冤情，詔令進(jìn)京授職，時柯喬已病逝。著有《九華山詩集》二卷。

柯喬故居為磚木結(jié)構(gòu)，現(xiàn)存門坊和前廳，內(nèi)有天井。門外有八字形影壁，門坊上額鐫有“嘉靖乙丑科進(jìn)士柯喬”、“副憲”等字。前廳為清代建筑，堂心室壁有楹聯(lián)兩副，聯(lián)曰：“八閩立奇功，戰(zhàn)績猶存，緯武全文莫若祖；九華馀精舍，流風(fēng)未歇，讀書談道又何人”；“學(xué)比董江都，品重王門師道貴；風(fēng)高陶靖節(jié)志甘泌水宦情疏�！边@可以說是對柯喬功德、才學(xué)和品格、精神的寫照。今門坊內(nèi)存有柯喬墓碑1方，碑文為“中憲大夫雙華柯公之墓�！� 柯喬門坊為安徽省重點文物保護(hù)單位。