明末清初之際，元賢住福州（福建）鼓山涌泉寺，大揚(yáng)曹洞宗之禪風(fēng)，力倡真參實(shí)悟，深誡知解雜毒，主張學(xué)道者應(yīng)博參遠(yuǎn)訪，反對(duì)當(dāng)時(shí)閉關(guān)之風(fēng)，力斥在家二眾濫受三衣。其禪學(xué)一反當(dāng)時(shí)流行學(xué)偈頌、學(xué)答話及上堂、小參等徒具形式之風(fēng)，遂自標(biāo)為鼓山禪。主張調(diào)和禪凈與儒釋，并力圖調(diào)和禪宗內(nèi)部及臨濟(jì)、曹洞兩派間之對(duì)峙，且提倡師法百丈修持與勞動(dòng)并行之精神。

鼓山禪法系之傳承為：永覺(jué)元賢、為霖道霈、惟靜道安、恒濤大心、圓玉興五、象先法印、淡然法文、堂敏法澹、遍照興隆，傳續(xù)至清代末年。與江西博山能仁寺無(wú)異元來(lái)所創(chuàng)之博山系，及以江蘇焦山定慧寺為中心之焦山系，皆屬曹洞宗之支派。

元賢在明末佛教史中占有一席之地，受到學(xué)者關(guān)注，但是一直缺乏完整性的研究。他是個(gè)積極入世的禪僧，對(duì)于當(dāng)時(shí)佛門的弊病，并不限于揭露與批評(píng)，而是以鼓山為基地，全身心投入于復(fù)興佛教的工作。有鑒于明末僧風(fēng)的濁惡，元賢深謀遠(yuǎn)慮，不以勢(shì)力擴(kuò)充為目的，而致力于僧團(tuán)素質(zhì)的提升，不僅提倡戒律，也重視僧眾的教育與德行的啟發(fā)。

除了建寺安僧外，致力于永續(xù)經(jīng)營(yíng)，改變傳統(tǒng)寺院以寺田為主的經(jīng)濟(jì)型態(tài)，取多元化的方式經(jīng)營(yíng)鼓山，使鼓山在以小農(nóng)為主的中國(guó)社會(huì)里，避免了與民爭(zhēng)田的問(wèn)題，同時(shí)也讓鼓山更具開(kāi)放性、更切合民眾的宗教需求。對(duì)于具備禪特質(zhì)者，施予禪修的鍛煉；具有凈土傾向者，給予念佛法門的指導(dǎo)；期望皈依受戒者，開(kāi)堂授法、傳授戒律；對(duì)經(jīng)典教義有興趣者，印經(jīng)流通、往復(fù)討論；希望捐輸納福者，接受奉獻(xiàn)；需要經(jīng)懺助念者，應(yīng)允承接；鼓山呼應(yīng)著人們對(duì)宗教的不同需求，成為一個(gè)綜合型態(tài)的寺院。

對(duì)寺院與政治關(guān)系的處理，鼓山在復(fù)興之初，就自覺(jué)遠(yuǎn)離反清與擁清的政治斗爭(zhēng)，保持宗教的超然地位，因此失卻相關(guān)的資助，使得復(fù)興的步履更顯艱困。

元賢視世法與佛法為一體，認(rèn)為：法運(yùn)的衰頹來(lái)自于世運(yùn)的坎坷，于是致力于人心的轉(zhuǎn)化、風(fēng)俗的改變，希望透過(guò)人心整體的轉(zhuǎn)變以改變世風(fēng)、扭轉(zhuǎn)世運(yùn)；在世運(yùn)隆盛之際，法運(yùn)自然也就興盛了。佛教在元賢處，不再是隱遯深山、離群索居的出世宗教，而成為與時(shí)并進(jìn)、發(fā)揮教化功能的入世佛法。衲僧也不只是為個(gè)人求解脫的自私自利，而成為社會(huì)救濟(jì)、移風(fēng)易俗的推手。元賢隨緣應(yīng)世、低調(diào)沈穩(wěn)，隱而不隱的弘法哲學(xué)，在明末混亂的時(shí)代里，為僧伽的應(yīng)世，樹(shù)立了良好的典范。

元賢在佛寺與僧史的編纂上，投入了相當(dāng)多的心血。雖然相關(guān)的研究很少論及，但對(duì)于佛教史料的保存，無(wú)疑地具有相當(dāng)?shù)呢暙I(xiàn)；而其恢弘古德典范的苦心，亦在其中。

鼓山涌泉在明末以后，成為東南大道場(chǎng)，臺(tái)灣的佛教源流亦多來(lái)自于鼓山。

在思想上，元賢堅(jiān)持“禪”的本真，重視心的虛空靈寂，強(qiáng)調(diào)心之知為空寂之知。禪只能從心的冥契與逆覺(jué)體證上說(shuō)，他不認(rèn)為文字可以契于般若，反對(duì)各種形式化、義理化的禪；主智路線不是禪的進(jìn)路，將禪視為文字游戲，更是他所痛斥的。對(duì)于禪，元賢要求切實(shí)參究、證悟，即便是探究禪學(xué)宗旨，也要強(qiáng)調(diào)徹見(jiàn)本心本性之后。元賢強(qiáng)調(diào)真參實(shí)修，禪法素樸簡(jiǎn)約，為明末紛亂的禪界，注入了一股清流，回歸了慧能禪的基本精神。

元賢禪師，并不排斥其它教法。他重新肯定戒律的地位，在以戒律重整僧團(tuán)的同時(shí)，亦透過(guò)戒律與世俗倫理的接軌，擴(kuò)大了佛教戒律的教化功能。關(guān)于凈土，元賢不僅認(rèn)同念佛的可行性，并具體提出一套完整的修行方法，為凈土的實(shí)踐提供一條可依循的進(jìn)路。他也以簡(jiǎn)單淺顯的文字，疏解佛教經(jīng)藏，使得佛典更具可讀性、義理更加通暢。他以兼容并蓄的態(tài)度，廣納所有的教法融入自身的禪學(xué)體系中。但是對(duì)于元賢而言，無(wú)論是戒律、凈土，乃至諸善行，都只是禪法的前行方便。所有的修持，都必須被深化到禪悟的階段才有意義；所有的經(jīng)教，都是禪師個(gè)人禪悟經(jīng)驗(yàn)的腳注。元賢在響應(yīng)時(shí)代宗教融合需求的同時(shí)，對(duì)于禪門的立場(chǎng)又有著一定的堅(jiān)持。因此即便他注經(jīng)說(shuō)教、倡律談凈，元賢始終是個(gè)禪者。

元賢反對(duì)混融的三教說(shuō)，主張嚴(yán)格區(qū)分儒釋道的異同，批評(píng)儒道缺失的同時(shí)，以佛教義理改造儒道思想，在他看來(lái)，儒道總是有其理論的缺陷與不足，會(huì)通是救儒道而非救禪，唯有透過(guò)佛理的引入，會(huì)通才有機(jī)會(huì)成為可能、理論也才有希望臻于圓滿。這樣的會(huì)通，或許難以得到儒道二學(xué)的認(rèn)同，但是他對(duì)自家學(xué)說(shuō)的自信、續(xù)佛慧命的熱忱，是值得肯定的；而其對(duì)會(huì)通所做的努力，亦有思想史之價(jià)值。

元賢的整個(gè)生命都與時(shí)代有著密切的呼應(yīng)，他在堅(jiān)持禪法純正性的同時(shí)，以應(yīng)化利世的慈悲情懷，成就廣納多元的思想、發(fā)為救世工作的熱情。對(duì)于明末佛教而言，元賢的地位與貢獻(xiàn)，無(wú)庸置疑。

禪衲威儀，非是外修邊幅；內(nèi)蓋偽檢其心，必先外束其身；未有身既放逸，而心能靜一者也，所以佛制比丘，威儀必肅；百丈禮法，諸宗共守。宋伊川先生見(jiàn)僧出堂，嘆曰：三代禮樂(lè)，盡在此矣!由此觀之，當(dāng)日之威儀為何如也。今有等妄人，任情縱恣，決裂禮法，反笑守律儀者為局曲，果何心哉？昔大覺(jué)璉、動(dòng)靜尊嚴(yán)，圓通訥一見(jiàn)直以大器期之；黃龍南、進(jìn)止有度，

居常正襟危坐；二老豈局曲之士哉？是知輕浮躁動(dòng)，必非大器；雖得悟入，終虧全德，唯愿學(xué)人毋以小器自安可也。

為僧首要老實(shí)，接物必重慈悲。智者達(dá)觀三世，念念知非；愚人只重目前，憧憧造惡，莫妒他長(zhǎng)，妒長(zhǎng)，則己終是短；莫護(hù)己短，護(hù)短，則己終不長(zhǎng)。