明末清初之際，元賢住福州（福建）鼓山涌泉寺，大揚曹洞宗之禪風，力倡真參實悟，深誡知解雜毒，主張學道者應博參遠訪，反對當時閉關之風，力斥在家二眾濫受三衣。其禪學一反當時流行學偈頌、學答話及上堂、小參等徒具形式之風，遂自標為鼓山禪。主張調和禪凈與儒釋，并力圖調和禪宗內部及臨濟、曹洞兩派間之對峙，且提倡師法百丈修持與勞動并行之精神。

鼓山禪法系之傳承為：永覺元賢、為霖道霈、惟靜道安、恒濤大心、圓玉興五、象先法印、淡然法文、堂敏法澹、遍照興隆，傳續(xù)至清代末年。與江西博山能仁寺無異元來所創(chuàng)之博山系，及以江蘇焦山定慧寺為中心之焦山系，皆屬曹洞宗之支派。

元賢在明末佛教史中占有一席之地，受到學者關注，但是一直缺乏完整性的研究。他是個積極入世的禪僧，對于當時佛門的弊病，并不限于揭露與批評，而是以鼓山為基地，全身心投入于復興佛教的工作。有鑒于明末僧風的濁惡，元賢深謀遠慮，不以勢力擴充為目的，而致力于僧團素質的提升，不僅提倡戒律，也重視僧眾的教育與德行的啟發(fā)。

除了建寺安僧外，致力于永續(xù)經營，改變傳統(tǒng)寺院以寺田為主的經濟型態(tài)，取多元化的方式經營鼓山，使鼓山在以小農為主的中國社會里，避免了與民爭田的問題，同時也讓鼓山更具開放性、更切合民眾的宗教需求。對于具備禪特質者，施予禪修的鍛煉；具有凈土傾向者，給予念佛法門的指導；期望皈依受戒者，開堂授法、傳授戒律；對經典教義有興趣者，印經流通、往復討論；希望捐輸納福者，接受奉獻；需要經懺助念者，應允承接；鼓山呼應著人們對宗教的不同需求，成為一個綜合型態(tài)的寺院。

對寺院與政治關系的處理，鼓山在復興之初，就自覺遠離反清與擁清的政治斗爭，保持宗教的超然地位，因此失卻相關的資助，使得復興的步履更顯艱困。

元賢視世法與佛法為一體，認為：法運的衰頹來自于世運的坎坷，于是致力于人心的轉化、風俗的改變，希望透過人心整體的轉變以改變世風、扭轉世運；在世運隆盛之際，法運自然也就興盛了。佛教在元賢處，不再是隱遯深山、離群索居的出世宗教，而成為與時并進、發(fā)揮教化功能的入世佛法。衲僧也不只是為個人求解脫的自私自利，而成為社會救濟、移風易俗的推手。元賢隨緣應世、低調沈穩(wěn)，隱而不隱的弘法哲學，在明末混亂的時代里，為僧伽的應世，樹立了良好的典范。

元賢在佛寺與僧史的編纂上，投入了相當多的心血。雖然相關的研究很少論及，但對于佛教史料的保存，無疑地具有相當?shù)呢暙I；而其恢弘古德典范的苦心，亦在其中。

鼓山涌泉在明末以后，成為東南大道場，臺灣的佛教源流亦多來自于鼓山。

在思想上，元賢堅持“禪”的本真，重視心的虛空靈寂，強調心之知為空寂之知。禪只能從心的冥契與逆覺體證上說，他不認為文字可以契于般若，反對各種形式化、義理化的禪；主智路線不是禪的進路，將禪視為文字游戲，更是他所痛斥的。對于禪，元賢要求切實參究、證悟，即便是探究禪學宗旨，也要強調徹見本心本性之后。元賢強調真參實修，禪法素樸簡約，為明末紛亂的禪界，注入了一股清流，回歸了慧能禪的基本精神。

元賢禪師，并不排斥其它教法。他重新肯定戒律的地位，在以戒律重整僧團的同時，亦透過戒律與世俗倫理的接軌，擴大了佛教戒律的教化功能。關于凈土，元賢不僅認同念佛的可行性，并具體提出一套完整的修行方法，為凈土的實踐提供一條可依循的進路。他也以簡單淺顯的文字，疏解佛教經藏，使得佛典更具可讀性、義理更加通暢。他以兼容并蓄的態(tài)度，廣納所有的教法融入自身的禪學體系中。但是對于元賢而言，無論是戒律、凈土，乃至諸善行，都只是禪法的前行方便。所有的修持，都必須被深化到禪悟的階段才有意義；所有的經教，都是禪師個人禪悟經驗的腳注。元賢在響應時代宗教融合需求的同時，對于禪門的立場又有著一定的堅持。因此即便他注經說教、倡律談凈，元賢始終是個禪者。

元賢反對混融的三教說，主張嚴格區(qū)分儒釋道的異同，批評儒道缺失的同時，以佛教義理改造儒道思想，在他看來，儒道總是有其理論的缺陷與不足，會通是救儒道而非救禪，唯有透過佛理的引入，會通才有機會成為可能、理論也才有希望臻于圓滿。這樣的會通，或許難以得到儒道二學的認同，但是他對自家學說的自信、續(xù)佛慧命的熱忱，是值得肯定的；而其對會通所做的努力，亦有思想史之價值。

元賢的整個生命都與時代有著密切的呼應，他在堅持禪法純正性的同時，以應化利世的慈悲情懷，成就廣納多元的思想、發(fā)為救世工作的熱情。對于明末佛教而言，元賢的地位與貢獻，無庸置疑。

禪衲威儀，非是外修邊幅；內蓋偽檢其心，必先外束其身；未有身既放逸，而心能靜一者也，所以佛制比丘，威儀必肅；百丈禮法，諸宗共守。宋伊川先生見僧出堂，嘆曰：三代禮樂，盡在此矣!由此觀之，當日之威儀為何如也。今有等妄人，任情縱恣，決裂禮法，反笑守律儀者為局曲，果何心哉？昔大覺璉、動靜尊嚴，圓通訥一見直以大器期之；黃龍南、進止有度，

居常正襟危坐；二老豈局曲之士哉？是知輕浮躁動，必非大器；雖得悟入，終虧全德，唯愿學人毋以小器自安可也。

為僧首要老實，接物必重慈悲。智者達觀三世，念念知非；愚人只重目前，憧憧造惡，莫妒他長，妒長，則己終是短；莫護己短，護短，則己終不長。