2007年，民進黨總統(tǒng)初選陷入謝長廷、蘇貞昌之爭，卓榮泰時任總統(tǒng)府代理秘書長，穿梭在陳水扁、謝長廷、蘇貞昌之間，并代表謝系去和蘇系的林錫耀溝通，其后促成“長昌配”。

2017年，卓榮泰于賴清德內(nèi)閣擔任行政院秘書長，在各部會和府院黨扮演協(xié)調(diào)的角色，與行政院長賴清德（新潮流）、三立董事長林昆海、行政院發(fā)言人徐國勇（海派）有緊密的互動關(guān)系。

2018年12月14日，適逢民進黨九合一選舉大敗，總統(tǒng)蔡英文辭黨主席；卓榮泰經(jīng)民進黨中生代的政界人士潘孟安、鄭文燦、林佳龍、林智堅、黃偉哲、陳其邁、翁章梁七人共同推舉，登記民進黨主席補選。

2018年12月28日，卓榮泰請辭行政院秘書長一職。

2019年1月6日，當選民主進步黨主席。

板橋地檢署去年偵辦臺軍方工程弊案、買官疑案時，“立委”邱毅曾指陳水扁任內(nèi)的前“總統(tǒng)府”代“秘書長”卓榮泰介入軍中買官，卓控告邱誹謗。臺灣高等法院今天判邱毅無罪確定。法院判決指出，板檢偵辦前后備司令中將袁肖龍疑涉買官案時，傳出有1封卓榮泰所寫的將領(lǐng)推薦函，卓榮泰事后出面否認寫過推薦函；但邱毅事后卻仍分別在接受媒體訪問及談話節(jié)目中，指稱卓榮泰為軍中買官案成員之一，遭卓榮泰控告。

全案一審時，法官以邱毅言論是援引檢方起訴書內(nèi)容，并非憑空杜撰或惡意誹謗，并認為全案屬可受公評之事，即使邱毅在媒體發(fā)言有夸大、渲染的可能，但屬依起訴書為根據(jù)所做的推論，判決邱毅無罪。臺灣高院今天將原告上訴駁回，邱毅無罪定讞。