2007年，民進(jìn)黨總統(tǒng)初選陷入謝長(zhǎng)廷、蘇貞昌之爭(zhēng)，卓榮泰時(shí)任總統(tǒng)府代理秘書長(zhǎng)，穿梭在陳水扁、謝長(zhǎng)廷、蘇貞昌之間，并代表謝系去和蘇系的林錫耀溝通，其后促成“長(zhǎng)昌配”。

2017年，卓榮泰于賴清德內(nèi)閣擔(dān)任行政院秘書長(zhǎng)，在各部會(huì)和府院黨扮演協(xié)調(diào)的角色，與行政院長(zhǎng)賴清德（新潮流）、三立董事長(zhǎng)林昆海、行政院發(fā)言人徐國勇（海派）有緊密的互動(dòng)關(guān)系。

2018年12月14日，適逢民進(jìn)黨九合一選舉大敗，總統(tǒng)蔡英文辭黨主席；卓榮泰經(jīng)民進(jìn)黨中生代的政界人士潘孟安、鄭文燦、林佳龍、林智堅(jiān)、黃偉哲、陳其邁、翁章梁七人共同推舉，登記民進(jìn)黨主席補(bǔ)選。

2018年12月28日，卓榮泰請(qǐng)辭行政院秘書長(zhǎng)一職。

2019年1月6日，當(dāng)選民主進(jìn)步黨主席。

板橋地檢署去年偵辦臺(tái)軍方工程弊案、買官疑案時(shí)，“立委”邱毅曾指陳水扁任內(nèi)的前“總統(tǒng)府”代“秘書長(zhǎng)”卓榮泰介入軍中買官，卓控告邱誹謗。臺(tái)灣高等法院今天判邱毅無罪確定。法院判決指出，板檢偵辦前后備司令中將袁肖龍疑涉買官案時(shí)，傳出有1封卓榮泰所寫的將領(lǐng)推薦函，卓榮泰事后出面否認(rèn)寫過推薦函；但邱毅事后卻仍分別在接受媒體訪問及談話節(jié)目中，指稱卓榮泰為軍中買官案成員之一，遭卓榮泰控告。

全案一審時(shí)，法官以邱毅言論是援引檢方起訴書內(nèi)容，并非憑空杜撰或惡意誹謗，并認(rèn)為全案屬可受公評(píng)之事，即使邱毅在媒體發(fā)言有夸大、渲染的可能，但屬依起訴書為根據(jù)所做的推論，判決邱毅無罪。臺(tái)灣高院今天將原告上訴駁回，邱毅無罪定讞。