1938年4月，新四軍準備開赴敵后抗戰(zhàn)，從一、二、三支隊中各抽調(diào)一個加強連及部分機關人員，組成先遣支隊，由粟裕任司令員，鐘期光任政治部主任，董南才在先遣支隊司令部任見習參謀。部隊在蕪湖、南京、上海的敵后展開戰(zhàn)略偵察。初到江南，韋崗初戰(zhàn)告捷，擊斃日軍少佐土井、上尉梅澤及其下屬13人，傷8人，擊毀汽車4輛，繳獲一批武器和物資，士氣大振，使日軍大為震驚。

先遣支隊完成戰(zhàn)略偵察任務后，二支隊機關人員和二連歸建，與張鼎丞司令員率領的二支隊匯合。12 月11 日，經(jīng)張鼎丞司令、粟裕副司令介紹，董南才和通訊參謀程望、見習參謀莊鶴生等一起加入共產(chǎn)黨。

1939年2月初，董南才隨粟裕副司令到云嶺軍部參加參謀會議，聽取了周恩來副主席《關于新階段新關鍵的形勢與任務》的講話。隨后，部隊貫徹“既要堅持抗戰(zhàn)，又要反對投降，既要堅持統(tǒng)一戰(zhàn)線，又要保持共產(chǎn)黨和共產(chǎn)黨軍隊獨立自主”的方針和政策，在蕪湖、南京、鎮(zhèn)江、上海等敵后開展游擊戰(zhàn)爭，參加了橫山突圍、奇襲官陡門、下圭塘伏擊戰(zhàn)、水陽擊潰戰(zhàn)、貍頭橋突擊戰(zhàn)等大小戰(zhàn)斗。

1940年，日軍由軍事進攻為主轉(zhuǎn)為政治進攻為主、軍事為輔，在后方調(diào)集重兵對抗日力量進行大掃蕩。新四軍軍部及所屬一部分部隊駐在國統(tǒng)區(qū)皖南的涇縣、南陵、銅陵、繁昌等地。在北面，新四軍三支隊與銅陵、繁昌的日軍對峙著。

1月，董南才被調(diào)到新四軍教導總隊一大隊一隊學習，接受正軌訓練。7月，他任一隊副政治指導員。11月底，一隊結(jié)業(yè)后，調(diào)入二隊（干部隊）任副政治指導員，駐涇縣董村。

蔣介石雖然表面奉行國共合作，卻始終對共產(chǎn)黨存有戒心。1940年10月19日，蔣介石命令何應欽、白崇禧致電八路軍朱德、彭德懷和新四軍葉挺、項英，強令黃河以南的八路軍、新四軍一個月內(nèi)開赴黃河以北。11月9日，朱德、彭德懷、葉挺、項英復電，據(jù)理駁斥國民黨的無理要求，但為了顧全大局仍答應將皖南新四軍部隊開赴長江以北。蔣介石密令第三戰(zhàn)區(qū)顧祝同、上官云相執(zhí)行“一網(wǎng)打盡，生擒葉項”的毒計，企圖將江南新四軍一舉殲滅。顧祝同調(diào)集四十師、五十二師、六十二師、七十九師、一〇八師、一四四師、新七師等7個師約8萬大軍圍攻新四軍。

1941年1月4日，葉挺、項英率領新四軍軍部直屬部隊等9000多人北上。6日，部隊到達涇縣茂林地區(qū)，遭國民黨軍包圍襲擊。新四軍指戰(zhàn)員倉促應戰(zhàn)，處處遭重兵堵截。三支隊軍部和董南才所在的教導總隊轉(zhuǎn)移到石井坑。13日，國民黨部隊向石井坑東南主峰東流山發(fā)起猛烈進攻，三支隊張正坤司令員率五團堅守陣地，但終因眾寡懸殊，軍部受到嚴重威脅，不得不退到二峰。晚上，五團傷亡慘重，徐團長與國民黨軍短兵搏斗時壯烈犧牲，全團只剩下幾十人，張司令也犧牲了。

半夜，教導總隊組織向東流山主峰進攻，但遭國民黨軍猛烈反擊，被迫退了下來，隊伍也被打亂。退到山下，董南才集合部隊清點人數(shù)，發(fā)現(xiàn)干部隊隊長王羲亭和一個學員失散了。他們找不到炊事班，指揮所空無一人，與上級失去了聯(lián)系，只好單獨戰(zhàn)斗。

他們一小隊人馬在突圍中，接連不斷地遭國民黨軍截殺。沒幾天，只剩下區(qū)隊長曾坤芳、董南才和學員樂左洪三人。為了減少目標，三人到農(nóng)家換了便裝。

在向丁家渡突圍途中，多虧一位農(nóng)民大伯冒死相救，將他們藏在閣樓上，避開了國民黨兵和鄉(xiāng)公所的搜捕。這位農(nóng)民大伯還讓他們睡了一個安穩(wěn)覺，吃了一餐飽飯，然后親自送他們到丁家渡。分別時，董南才他們含著熱淚頻頻揮手，心里充滿了對這位救命恩人的感激之情。

離開丁家渡，渡過青弋江，來到小嶺。雖然已突出重圍，但仍處于國民黨軍封鎖區(qū)域之中，集鎮(zhèn)、交通要道、山隘谷口都駐有國民黨軍，到處捕殺共產(chǎn)黨人和新四軍。

在前往繁昌縣城途中，董南才他們從一位打柴姑娘口中得知，新四軍部隊到了老虎山。他們找到司令部，見到了黃火星政委和劉別生團長，還有走散了的干部隊副隊長余慶騰�；⒖诿撾U，尚能活著見面，大家心中既高興又悲傷。

曾坤芳因傷口發(fā)炎留下治療，董南才與余慶騰、樂左洪喬裝成商人收容部隊。路上，被十幾個民團團丁抓進了南陵桂新橋鄉(xiāng)公所，關進了牢房，在牢房里卻遇見了被捕的副參謀長、教導總隊總隊長馮達飛及林正芳、郎道林等五人。深夜，他們成功越獄，直奔江北。

在皖南事變中，新四軍皖南部隊死里逃生的僅3000多人，少數(shù)被俘，大多陣亡。軍長葉挺被扣押，副軍長項英、參謀長周子昆突圍后遇難，政治部主任袁國平陣亡。

蔣介石于1941年1月17日發(fā)布命令，宣布新四軍為叛軍，取消新四軍番號，下令進攻新四軍江北部隊。20日，中共中央軍委命令重建新四軍軍部，任命陳毅為代理軍長，劉少奇為政治委員。25日，新四軍新軍部在江蘇鹽城正式成立。隨后，新四軍擴編到9萬多人。

新四軍皖南突圍部隊在江北部隊的照顧下，艱難地度過了寒冬。春節(jié)過后，突圍部隊進行初步整編，原二支隊政委黃火星負責將皖南的老三團、新三團、老五團突圍出來的指戰(zhàn)員暫編成一個大隊。軍部直屬隊、教導隊、特務團、老一團、新一團突圍出來的指戰(zhàn)員暫編成另一個大隊，大隊所轄三個中隊（連），董南才任二中隊政治指導員。

皖南事變進一步讓指戰(zhàn)員看清了國民黨的反動嘴臉，中共皖中區(qū)委決定再派部隊渡江，收復皖南抗日根據(jù)地，與國民黨進行針鋒相對的斗爭。

5月底，新四軍五十六團一營二連連長彭伺寶和政治指導員董南才奉命渡江南進，以皖南紅花山為革命根據(jù)地，在南陵、繁昌、蕪湖地區(qū)開展艱苦卓絕的游擊戰(zhàn)爭，用軍事游擊來擴大影響，瞄準目標重拳出擊，不僅與明火執(zhí)杖的日偽軍戰(zhàn)，還與國民黨軍和地方反動武裝斗，粉碎了國民黨五十二師的大舉“清剿”。

由于國民黨軍的清剿和封鎖，新四軍戰(zhàn)士沒法下山。他們就地取材，天天吃黑豆，黑豆吃完吃竹筍，住草棚，穿薄衣，條件非常艱苦，彈藥供應也十分困難。但大家以苦為樂，平時按時出操練兵，抽空辦“俱樂部”，刊出墻報，搞得有聲有色，還把草棚取名為“莫斯科”、“列寧格勒”、“斯大林格勒”……

新四軍皖南部隊雖然經(jīng)常遭日偽軍、國民黨軍和地方反動武裝襲擊，犧牲了不少指戰(zhàn)員，但在堅持艱苦的斗爭中，鞏固了紅花山根據(jù)地，建立起敵后游擊根據(jù)地，力量不斷發(fā)展壯大。

1943年2月，新四軍以五十七團為基礎成立皖南支隊，在繁昌建立了中共繁昌縣委，實行一元化領導。武裝部隊以二、四連為基礎，成立五十七團三營。4月，主力地方化，五十七團三營改為繁昌大隊，董南才任教導員。

在這一年中，董南才他們主動出擊，襲擊馬廠偽警察所，攻打橫山橋日軍據(jù)點，梅山口伏擊偽軍，五桂橋全殲偽軍運輸隊，攻打高崗埠日偽據(jù)點，夜襲絲瓜墩日偽據(jù)點……粉碎日偽軍“清鄉(xiāng)”和掃蕩的陰謀，沉重地打擊了日偽軍的囂張氣焰。

1944年4月，國民黨四川軍閥劉湘手下的一四四師投靠日軍，編為偽皖南獨立方面軍。于是，南陵、蕪湖淪陷，繁昌除小部分地區(qū)外，其余大部分地區(qū)也已淪陷。南繁蕪縣委與新四軍指揮中心由紅花山遷至五華山。6月，又遷至赤灘。

為了協(xié)助配合抗戰(zhàn)大反攻，皖南支隊于1945年8月成立二團，繁昌大隊編為一營，警衛(wèi)大隊編為二營，銅陵大隊編為三營，董南才任二團政治處主任。

自皖南事變后，歷時五年，董南才經(jīng)歷大小戰(zhàn)斗近百次，從連政治指導員、營教導員擢升至團政治處主任。皖南支隊也從初來一個連不足百人，發(fā)展壯大至一個旅，下轄三個團，六七千人。

8 月 15 日，日本帝國主義宣布無條件投降，蔣、日、偽合流向解放區(qū)發(fā)動進攻。山東軍區(qū)八師立即予以反擊，攻下日偽控制的嶧縣城，俘殲日偽軍1500多人。由皖南、江北撤至山東的七師等部隊陸續(xù)到達，在陳毅司令員統(tǒng)一指揮下，發(fā)動津浦戰(zhàn)役。歷時3個月，殲滅日偽軍28000多人，控制了臨城至兗州段鐵路100多千米，徹底粉碎了蔣、日、偽合流陰謀和國民黨軍隊打通津浦鐵路的企圖。

1947年5月，董南才在華東軍政大學結(jié)業(yè)后，被安排到兩廣縱隊任教導一團政治處主任，參加了孟良崮戰(zhàn)役、南麻臨朐戰(zhàn)役、豫東戰(zhàn)役。

1948年9月，部隊進入山東汶上縣宋家鋪口。華東野戰(zhàn)軍準備攻濟打援，指派兩廣縱隊攻占長清縣城，董南才調(diào)任華東野戰(zhàn)軍一縱隊炮團政治處主任。10月，中央軍委指示發(fā)動淮海戰(zhàn)役，董南才參加了窯灣戰(zhàn)斗、狼山鼓山阻擊戰(zhàn)。

淮海戰(zhàn)役后，一縱于1949年1月16日進抵宿縣以南的水池鋪地區(qū)休整30天。2月16日，一縱正式編為第二十軍。董南才參加了渡江戰(zhàn)役、解放上海等重大戰(zhàn)斗。

8月，張愛萍負責籌建華東海軍，從華東野戰(zhàn)軍中抽調(diào)16名師、團干部到南京。董南才奉調(diào)到華東海軍訓練團任副政委，集訓國民黨第二艦隊起義人員。兩個多月訓練結(jié)束，董南才調(diào)任華東海軍警衛(wèi)團任副政委。團里的幾百人被挑選去進行艦上水兵培訓后，海軍警衛(wèi)團歸空軍建制。董南才由海軍轉(zhuǎn)為空軍。1950年7月至1954年4月，先后任華東空軍廈門基地場站、華東空軍供應團、空軍二十師蚌埠基地場站、空軍十六師四十六團政委。1954年5月調(diào)任空軍十二師政治部主任。

抗美援朝時期，董南才率領空軍進入朝鮮參戰(zhàn)，多次擊落美國王牌空軍戰(zhàn)斗機，俘獲美軍飛行員多人，回國后又參加解放一江山島戰(zhàn)斗。

在血與火的戰(zhàn)爭年代，董南才身先士卒，奮勇殺敵，多次身負重傷，戰(zhàn)功卓著。1955年被授予上校軍銜，并榮獲二級獨立自由勛章、三級解放勛章。原解放軍藝術(shù)學院副政委林谷有詩贊頌董南才戎馬一生：

少年救亡投軍，江南敵后除兇。

革命熔爐冶煉，突圍抗日爭雄。

皖南歡呼勝利，北撤備戰(zhàn)山東。

躋身中原逐鹿，對蔣重炮猛轟。

曾欲下海捉鱉，又佐雄鷹戰(zhàn)功。

轉(zhuǎn)戰(zhàn)蘇魯皖豫，歷職步炮�？�。

老年命筆紀實，內(nèi)容豐富生動。

矢志弘揚傳統(tǒng)，喜看夕陽更紅。?

1922年12月8日出生于玉環(huán)縣原沙鱔鄉(xiāng)小灣村。

1929年至1935年在玉環(huán)縣縣立小學讀書。

1936年至1937年，在玉環(huán)縣立醫(yī)院當學徒學醫(yī)10個月（小學畢業(yè)后，失學、學醫(yī)期間同時從事反帝反封建和抗日救亡活動）。

1938年1月至3月為浙江省平陽縣山門中共閩浙邊省委、省軍區(qū)創(chuàng)辦的“抗日救亡干部學�！睂W員。1938年1月參加革命。

1938年4月至1940年1月，任新四軍先遣支隊司令部、二支隊司令部、江南指揮部司令部見習參謀。在蕪湖、南京、鎮(zhèn)江、上海等江南廣大敵后地區(qū)參加游擊戰(zhàn)爭。

1940年1月至5月為新四軍軍部教導總隊一大隊一隊學員。學習中途，調(diào)任一隊副政治指導員。一隊結(jié)業(yè)后，調(diào)任二隊、干部隊副政治指導員。參加皖南事變。

1941年1月皖南事變突圍后至1943年1月，任暫編部隊二中隊、新四軍七師五十六團二連、五十七團三營、四連政治指導員。

1943年2月至1944年12月，任五十七團三營，繁昌、大隊（主力地方化）政治教導員。

1945年1月至1946年1月，任新四軍皖南軍分區(qū)南陵、繁昌蕪湖總隊政治處、皖南支隊二團、七師二十旅五十九團政治處主任。

1941年至1945年北撤前，在南陵、繁昌、蕪湖、銅陵、宣城、涇縣等地區(qū)堅持開展游擊戰(zhàn)爭。1944年3月，被評為新四軍七師模范干部。

1946年2月至4月，為新四軍七師上干隊學員。

1946年5月至8月，任七師五十八團政治處主任。

1946年9月至1947年4月，為山東軍區(qū)軍政大學四大隊一隊學員。

1947年5月至1949年6月，任兩廣縱隊教導一團、華東野戰(zhàn)軍一縱隊炮團、二十軍炮團政治處主任。

1949年7月至1950年6月，任二十軍炮團、華東海軍訓練團、華東海軍警衛(wèi)團副政治委員。解放戰(zhàn)爭期間，參加了棗莊戰(zhàn)斗、淮北阻擊戰(zhàn)、孟良崮戰(zhàn)役、南麻、臨朐戰(zhàn)役、豫東戰(zhàn)役、淮海戰(zhàn)役、渡江戰(zhàn)役、上海戰(zhàn)役等。

1950年7月至1954年4月，任華東空軍廈門基地場站、華東空軍供應團、空軍二十師蚌埠基地場站、空軍十六師四十六團政治委員。

1954年5月至1957年9月，任空軍十二師政治部主任。

1955年，被授予上校軍銜，榮獲二級獨立自由勛章、三級解放勛章。

1957年10月至1959年6月，為解放軍政治學院學員。在空軍期間，參加抗美援朝，解放一江山島聯(lián)合兵種作戰(zhàn)。

1960年5月轉(zhuǎn)業(yè)到上海地方工作。

1960年5月至1963年8月，任上海市科學技術(shù)大學、上海市工業(yè)品研究所黨委副書記。

1963年9月至1966年4月，任上海市科委副秘書長、紀委書記。

1966年5月，任上海市機電一局政治部副主任。

1967年1月，造反派奪權(quán)后，文化大革命中蒙受“四人幫”迫害，工廠勞動三個月。后任科研系統(tǒng)工宣團連隊副政治指導員半年；1969年9月至1971年4月，任市革委會組織組、調(diào)查組組員；1971年5月至1977年12月，任新建機器廠領導小組成員、革委會副主任、黨委副書記。

1977年5月至1979年2月，任中國科學院有機化學研究所黨委副書記。

1979年3月至10月，為中央黨校學員。

1980年1月至1984年2月，任中國科學院藥物研究所黨委副書記、書記。

1984年離休。