莊子毅原在南宮縣立中學第二班學習，畢業(yè)后考入北京高等師范（今北京師范大學）史地系就讀，1919年畢業(yè)。畢業(yè)后先后在天津南開中學、天津女子師范和直隸省立第三師范學校（灤縣）任教，曾任三師教務主任職務。他一貫做事謹慎小心，積極負責。學識淵博，通達人情，善于解決各種困難復雜的問題。特別是應變能力和組織能力更是突出。受到各方普遍贊譽，更受到學生的擁護與愛戴。

1928年夏季，國民革命軍北伐部隊到達北平、天津、直隸之際，許多中等學校的教職員和學生都異常興奮，認為大顯身手的時機到了，個個摩拳擦掌，迎著浪潮，紛紛爭向部隊進行登記，回縣籌辦國民黨黨部工作。南宮也不例外。據(jù)說當時南宮有所謂的“師大派”和“北大派”之爭；北大派為趙文波、韓軼南、趙祥九等人；師大派為莊子毅、鞠海峰、鞠霖三等人。在一開始，北大派在某部隊首先登記成功，趙文波迅速回縣，接任了南宮縣立中學校長職務；后師大派由黃雨生（邢臺四師畢業(yè)，當時為師大派代表）積極活動，又向另一部隊登記，結果據(jù)說是以后登記者為準，師大派獲得勝利。

1928年秋，莊、鞠及石望月（邢臺四師畢業(yè)，時任北京師大附小主任）等紛紛回縣，正式組成南宮縣國民黨部登記處，莊子毅、鞠霖三、黃雨生任指導員。鞠海峰接任縣教育局長，石望月接任縣立高小校長。同時創(chuàng)辦了《南宮周報》，鞠霖三兼任主編。

由于受大革命的影響，莊子毅的民主思想比較強。他們在縣內做了一些發(fā)展教育、破除迷信、反對貪官污吏以及其他一些應興應革之事。在回縣諸人中，莊子毅實處領導核心地位，既主管縣黨部，又兼管縣里的其他事務，是當時面面俱顧最為忙碌而威信最高的一個人。

1928年10月，莊子毅撤銷了趙文波的南宮中學校長職務，他原擬聘請遠在天津的張樓珍來接替南宮中學校長，在幾次催促張遲遲沒有到任的情況下，莊子毅兼任了縣立中學校長。他在任南宮中學校長一年多的時間里，致力于學校管理、嚴肅整飭校風校紀，改革教學方法和教學內容，得到社會的廣泛贊譽。上任伊始，就解聘了一些年事已高、思想僵化的老年教師，起用了一批文化程度高、思想進步的青年教師。劉憲曾、張一麟兩位中共地下黨員就是在這種情況下來到學校，這些青年教師到任后，在學校講授魯迅、郭沫若、朱自清等人的進步文學作品，開展新文化運動。在學生中掀起了學習新文化、談進步文學、寫白話文的熱潮。莊也曾組織學生上街進行反封建的宣傳游行，帶領學生喊出了“打倒帝國主義！”“打倒土豪劣紳！”的進步口號，還領導學生進行拆廟反對迷信的活動。使反帝反封建的民主革命思想在南宮中學得以迅速傳播，這些都從客觀上為共產黨組織的創(chuàng)建奠定了一定的思想基礎。

在莊任校長期間，國文教員，共產黨員張一麟因老家安徽黨組織被破壞在南宮被捕。當時的縣長也以此給莊子毅施加壓力，因為張是莊聘來的，說莊也可能是共產黨。莊子毅動員一切力量，充分利用北京的未名社、省政府主席、閻錫山的參謀長等各種關系全力營救，張一麟終獲釋放，到北京一個女子中學去教書。

由于莊子毅等人回到南宮后，撤銷了軍閥統(tǒng)治時期的縣教育局、財政局、建設局等局局長的職務，奪了他們的權。又在《南宮周報》上屢屢刊載文章揭發(fā)上邊派來的縣長、公安局長的種種劣跡，還組織縣農、工、商會聯(lián)合簽名向河北省當局控告他們的罪行。但是，由于縣長、公安局長在省里都有后臺，登報揭發(fā)和控告都沒起作用。相反，莊子毅、鞠霖三的國民黨員卻不為河北省黨部所承認。特別是張一麟事件后，莊等人更是受到很大打擊，以至無法在南宮立足。

此時，駐扎在煙臺市的國民革命軍第二十一師師長劉珍年為了實現(xiàn)自己的政治抱負，培育后備人才，并從長期發(fā)展著眼，決定在煙臺市籌辦一所中學，校長一職便選定自己一向欽敬的同鄉(xiāng)同學莊子毅（二人曾在南宮中學同學一年）。在劉珍年一再催促下，1930年初，莊子毅到了煙臺。下半年開始籌備，建設校舍。校址選在位于南山的山腰地帶，四面無鄰，清幽僻靜，定名為“煙臺私立芝罘中學”，后改為志孚中學。劉珍年自任董事長，莊子毅任校長。1931年秋，學校開始招收新生兩個班（約100人），以后每年招收新生兩個班。很快在該市發(fā)展成為著名的大型中學(現(xiàn)在的煙臺一中)，學校規(guī)模與辦學質量堪稱上乘，與山東省立第八中學、私立益文高中三足鼎立。充分顯示了莊子毅的超群的業(yè)務水平和組織管理能力。

劉珍年和莊子毅關系十分密切，對莊敬仰信任。辦校的一些具體計劃，劉主要尊重莊的意見。莊也常到劉處面談，有時二人暢敘至深夜，言語投機，情真意切。

劉平日受其弟劉錫九的影響，曾有一個時期采取“容共”的政策，容納了一批共產黨人并委以重任。劉在軍隊和地方政權中起用了大批的南宮籍、河北的一些進步人士。莊子毅和劉珍年在政治態(tài)度上可以說是彼此默契。莊子毅也起用了一些南宮、冀州及周邊縣的一些有名望人員。教務主任為張貫一（冀州人），訓育主任為鞠霖三（南宮人，為莊南宮中學和北京師大的同學），事務主任為趙少平（冀州人）。教師也多為北京師范大學和北京大學的高材生，多數(shù)為河北人。有一部分為莊在北師大的同學，也有的是莊在南宮中學的同學和同事。其中不乏一些進步人士，也有一些共產黨員。在進步教師劉憲曾（蠡縣人，共產黨員，原為南宮中學國文教員兼訓育主任）等人的幫助指導下，在學生中建立了“讀書會”、“新文學研究會”等組織。1936年4月，學校成立了“民族解放先鋒隊”(簡稱“民先隊”)，并秘密建立了黨組織，發(fā)展學生黨員。志孚中學成為煙臺學生運動的策源地之一。

莊子毅有相當強的社會交際能力，他經常跑青島，在青島各界有諸多關系，還不斷到濟南，和當時任山東省教育廳長的何思源也往來頻繁，關系密切。1932年下半年，山東發(fā)生韓劉之爭，劉部被蔣介石調離煙臺，調往浙江溫州一帶。自此，芝罘中學陷于釜底抽薪的境地，經費無著，難以續(xù)辦。但莊子毅在煙臺素孚眾望，識時應變，活動力強，經過他的廣泛聯(lián)系，四處奔走求助，加上芝罘中學辦學成績卓著，有目共睹，終于改歸市商會主管，由商會負責供給經費。聘請林秋圃、崔葆生等紳商界名流組成董事會，改聘青島市市長沈鴻烈（后曾任山東省政府主席）任董事長。因此，學校的重重困難迎刃而解，得以繼續(xù)經辦。

當時的南京國民政府規(guī)定：私立學校不得用地名命名。1933年10月，學校在向山東省政府備案注冊時遂改名為與“芝罘”讀音相近的“志孚中學”。莊子毅繼續(xù)擔任校長。其時，學校為三年制初中。學校規(guī)模已發(fā)展到有學生300多人，每年夏季招收新生兩個班約100人，還有附設女子師范部一個班。在煙臺期間，莊子毅與本校女子師范部主任馬孟津結婚。

1937年10月，日寇占領煙臺，學校被迫停辦。學校的民先隊員一部分投奔延安，入抗日軍政大學學習，結業(yè)后參軍參政。一部分在膠東大地參軍參政，直接投身于抗日戰(zhàn)爭中。

1938年，莊子毅委托事務主任趙少平留校掌管校產和事務。自己和妻子馬孟津遠赴昆明，在那里夫妻二人以制造墨水維持生計。其后夫妻二人又先后在個舊、成都等地流浪，一度窮困潦倒，過著極不穩(wěn)定的生活。

解放后，南宮中學韓軼南、王瑞林等幾次去函去電誠邀莊子毅回母校任教。同時，山東泰安第一中學校長孫備武（南宮人）素知莊的為人，也幾次邀請莊夫婦二人赴泰安任教。1950年，妻子馬孟津首先去了泰安，在泰安一中任高中語文教員。第二年，莊子毅也到了泰安，任該校地理教員，一直到文化大革命爆發(fā)。

文化大革命開始后，莊子毅以老牌國民黨員的名義被遣送回南宮，接受群眾的批判斗爭。莊子毅雖然是南宮國民黨組織的創(chuàng)建人，卻沒有劣跡，在群眾中也沒有公憤，所以并沒有受到太大的打擊。此間應付最多的是接受來自本縣或外地的調查，主要是調查當時國民黨的組織和人員情況，為這些人出具證明材料。后來，有一個時期，莊子毅夫婦回到老家崔屯居住。到文革后期，夫妻二人搬到南宮城里居住。

1978年，莊子毅在南宮城內去世，享年86歲。