道光九年（1829年）十二月，調(diào)任伊犁巴彥岱領(lǐng)隊大臣，不久，調(diào)任索倫營領(lǐng)隊大臣。

道光十年（1830年），妄圖分裂中國的 浩罕統(tǒng)治者，不甘心在 南疆進犯的失敗。他們繼續(xù)利用 張格爾之兄玉素甫和卓，率軍再度侵犯南疆，并瘋狂燒殺、擄掠，進圍喀什噶爾、英吉莎爾二城，又分兵進攻 葉爾羌。額爾古倫又奉命出征喀什噶爾。在 烏魯木齊等地清軍援兵的配合下，很快解除了叛軍對各城的包圍，從而平息了玉素甫和卓之亂，穩(wěn)定了南疆局勢。

道光十一年（1831年）十月，額爾古倫調(diào)任喀什噶爾 領(lǐng)隊大臣，是年63歲。他因多年征戰(zhàn)，身患多種疾病。于道光十三年（1833年）卸任回家，后死于家中。終年65歲。

道光初年， 大和卓波羅尼都之后裔張格爾，在英殖民主義者的慫恿和 浩罕統(tǒng)治者的支持下，大舉侵犯南疆，肆意燒殺搶掠，無惡不作。道光四年（1824年）十月，清廷諭伊犁將軍慶祥為喀什噶爾 參贊大臣，并指派錫伯營總管額爾古倫帶領(lǐng)錫伯營官兵越冰嶺馳赴喀什噶爾。 參贊大臣將原換防喀什噶爾之錫伯族駐防官兵亦歸額爾古倫管帶，聽從調(diào)遣。道光六年（1826年）七月，張格爾率安集延布魯特人，由開齊山路入境至阿爾圖什莊， 喀什噶爾參贊大臣 慶祥派兵千余圍剿。張格爾裹脅維吾爾族群眾10000多人，分為兩股，一股攻喀什噶爾，一股攻 葉爾羌。張格爾深感兵力不足，便又求助于 浩罕，約定攻下南疆西四城后將喀什噶爾割讓給浩罕，搶得的財物則與浩罕平分。同年八月間， 浩罕又出兵萬余人來助張格爾，清官兵死守喀什噶爾城達兩月之久，終因敵我力量懸殊，傷亡慘重，喀什噶爾漢城繼回城之后被攻陷，參贊大臣 慶祥自殺殉國。在這危急時刻，額爾古倫勇敢的擔(dān)起指揮的重任，利用風(fēng)雨之夜，率領(lǐng)官兵突圍，結(jié)果只有800余人突出重圍，他們歷經(jīng)千難萬險投奔阿克蘇。但是，阿克蘇 辦事大臣長清，不問青紅皂白，斥責(zé)額爾古倫失守喀什噶爾城，不僅不發(fā)給突圍士兵糧食吃，而且還呈報 伊犁將軍長齡轉(zhuǎn)奏清廷，“降旨令其效力贖罪”。額爾古倫忍受了種種歧視與精神上的痛苦，但他為早日恢復(fù)西四城的決心絲毫未動搖。道光六年（1826年）九月，張格爾的主力逼近 阿克蘇南面的渾巴什河，距阿克蘇僅80里地�！按舜伍L清派額爾古倫帶領(lǐng)錫伯等官兵三百多名，該營官兵二百多名過渾巴什河堵剿”。九月中旬，張格爾所部6000多人數(shù)次企圖強渡渾巴什河，均被額爾古倫所率官兵打退。九月二十三日，叛軍又分四股強渡，額爾古倫率領(lǐng)錫伯營官兵背水一戰(zhàn)，取得了渾巴什河戰(zhàn)斗的勝利，從而為克復(fù)南疆西四城奠定了基礎(chǔ)。阿克蘇 辦事大臣長清一反往日對額爾古倫的岐視態(tài)度，熱情地稱兄道弟，并特向道光帝奏聞額爾古倫率錫伯營官兵在渾巴什河打勝仗的情形。接著，額爾古倫繼續(xù)率領(lǐng)錫伯營官兵會同各省援軍，參加了柯爾坪、大河拐、洋阿爾巴特、排子巴特、沙布都爾莊等戰(zhàn)斗，“額爾古倫所帶官兵，自知罪重，歷次打仗均極奮勉”，肯定了額爾古倫為平叛的全面勝利做出的貢獻。

張格爾逃出喀什噶爾城后，四處流竄，并重新糾集人馬，伺機反撲。額爾古倫率領(lǐng)錫伯、索倫營官兵配合各路清軍，乘勝追擊。 張格爾逃往喀爾鐵蓋山。都司 段永福、胡超各帶兵窮追不舍， 張格爾無路可逃，要拔刀自刎，胡超、段永福、錫伯營馬甲 訥松阿、 舒興阿等奪刀并生擒張格爾，還活捉其手下8名頭目。 張格爾叛亂被討平之后，道光八年（1828年）初，經(jīng)揚威將軍長齡保奏，奉旨賞加額爾古倫副都統(tǒng)銜，并賞賜恒勇巴圖魯名號，畫其身像，入紫光閣。同年八月，升任喀什噶爾幫辦大臣。