明萬歷十四年（1586年）以戶部右侍郎兼都察院右僉都御史總理河槽，萬歷二十三年升工部尚書兼都察院右副都御史總理河道。

萬歷二十一年以后，由于黃河河身日高，倒灌清口，使淮不敵黃，以致泗州（今盱眙北）明祖陵被淹。為解救這一危機(jī)，當(dāng)時(shí)“分黃導(dǎo)淮”之議遂起。

提出“分殺黃流以縱淮，別疏海口以導(dǎo)黃”的治河措施。于萬歷二十三年三月，發(fā)夫二十萬人，在桃源（今泗陽縣）開黃壩新河。自黃家嘴起，分泄黃水東經(jīng)清河，至安東（今漣水）五港、灌口入海，以減黃河流勢，并在清口辟積沙七里，用以導(dǎo)淮。又在高家堰建武家墩、高良澗、周家橋三道水閘，泄淮水分道入海，以疏淮漲。仍恐淮水宣泄不及，還分一部分水從運(yùn)河入江。工程完成后，祖陵水漸退，水患稍息。

由于楊一魁堅(jiān)持“分黃導(dǎo)淮”的主張，對萬歷二十一年單縣黃堌決口，一直未堵。當(dāng)時(shí)洪水一由徐州出小浮橋；一由舊河達(dá)鎮(zhèn)口閘，仍可濟(jì)運(yùn)。萬歷二十五年河復(fù)決于黃堌口，決口不塞，貽害地方，為二陵害。楊一魁以為黃堌口深闊難塞，并提出“五十年來全河盡出徐、邳，奪泗入淮”，而當(dāng)事者把黃河認(rèn)客為主，年年筑堤而束之于淮，“以致河流日壅，淮不敵黃，退而內(nèi)潴，遂貽盱、泗祖陵之患”。又說“自黃堌一決，全河南徙，兗、豫、徐、邳，得免河患。今小浮橋股引之水，李吉口之流已足濟(jì)遠(yuǎn)”，“固不必殫力塞決，以回全河”。以后小浮橋一支水小而涸，運(yùn)道受阻，乃“大挑其下李吉口北下濁河，救小浮橋上流數(shù)十里之涸”。萬歷二十六年六月，“召一魁掌部事”，不久所挑河流開而復(fù)淤，“徐、邳間三百里，河水尺余，糧艘阻塞”。未幾，桃源黃壩新河淤塞斷流。萬歷二十九年，商丘肖家口決口（在黃堌口以上），“河身變?yōu)槠缴场�，“全河奔潰入淮，勢及陵寢”。萬歷三十年春，皇帝大怒，“以一魁不塞黃堌口，致沖祖陵”，遂削去楊一魁的工部尚書，從此“分黃導(dǎo)淮”之議遂息。