1978年退役后，方志軍考入東北師范大學體育系，1982年本科畢業(yè)后留校任教，1986年加入中國共產黨，1993年4月赴日本宮城教育大學留學深造，1997年晉升副教授，2004年晉升教授，先后擔任東北師范大學體育學院教學訓練二部主任、學院副院長、學院黨委書記、學校工會副主席等職務。

方志軍曾任中國大學生健美操藝術體操協(xié)會副秘書長、國家級健身指導員培訓教師、吉林省健美操協(xié)會秘書長、吉林省大學生健美操協(xié)會秘書長、吉林省健美操指導員晉級主考官，因其社會服務的影響力，體育學院被授予“國家健美操指導員培訓基地”。

中國共產黨優(yōu)秀黨員、東北師范大學原工會副主席、東北師范大學體育學院教授、博士生導師、健身健美國際級裁判員、自由式滑雪空中技巧國際級裁判員、國家級健美操裁判員、國家級健身指導員方志軍同志，因病醫(yī)治無效，于2020年4月6日23時03分逝世，享年64歲。