1978年退役后，方志軍考入東北師范大學(xué)體育系，1982年本科畢業(yè)后留校任教，1986年加入中國共產(chǎn)黨，1993年4月赴日本宮城教育大學(xué)留學(xué)深造，1997年晉升副教授，2004年晉升教授，先后擔(dān)任東北師范大學(xué)體育學(xué)院教學(xué)訓(xùn)練二部主任、學(xué)院副院長、學(xué)院黨委書記、學(xué)校工會副主席等職務(wù)。

方志軍曾任中國大學(xué)生健美操藝術(shù)體操協(xié)會副秘書長、國家級健身指導(dǎo)員培訓(xùn)教師、吉林省健美操協(xié)會秘書長、吉林省大學(xué)生健美操協(xié)會秘書長、吉林省健美操指導(dǎo)員晉級主考官，因其社會服務(wù)的影響力，體育學(xué)院被授予“國家健美操指導(dǎo)員培訓(xùn)基地”。

中國共產(chǎn)黨優(yōu)秀黨員、東北師范大學(xué)原工會副主席、東北師范大學(xué)體育學(xué)院教授、博士生導(dǎo)師、健身健美國際級裁判員、自由式滑雪空中技巧國際級裁判員、國家級健美操裁判員、國家級健身指導(dǎo)員方志軍同志，因病醫(yī)治無效，于2020年4月6日23時03分逝世，享年64歲。