清乾隆五十二年（1787年），就讀于福州鰲峰書院�？喙ソ�(jīng)史之余，還鉆研醫(yī)學(xué)，專心研究古代醫(yī)學(xué)經(jīng)典，頗有心得。見原書文辭深奧，遂加以淺注，或編成歌訣，著《傷寒論淺注》、《長沙方歌括》傳世。乾隆五十七年（1792年）中舉。后會試不第，寄寓京師。適光祿寺卿伊朝棟患中風(fēng)癥，手足癱瘓，湯水不入，群醫(yī)束手。念祖投以大劑而愈，聲名大噪。后回長樂，任吳航書院山長。嘉慶三年（1798年），主講泉州清源書院。嘉慶六年（1801年），再入京會試，不第，參加大挑，成績甲等，以知縣分發(fā)直隸保陽（今河北省保定）候補。

時值盛夏，瘟疫流行，念祖用淺顯韻語編成《時方歌括》，教醫(yī)生按法施治，救活甚眾。直隸總督熊謙得痹癥，手指麻木，延及臂腕。念祖教以常服“黃芪五物湯”，并開方補腎養(yǎng)肝，病遂愈。其間還治愈當(dāng)?shù)貗D女陰挺癥。嘉慶十三年（1808年），吏部郎謝在田頭項強痛，心下滿，小便不利，服表藥無汗，反而煩躁，六脈洪散。經(jīng)念祖處以桂枝去桂加茯苓白術(shù)湯，再投以梔子豉湯，病不再發(fā)。嘉慶十七年（1812年），署磁州，改任棗強，升同知，擢代理正定知府。公務(wù)繁劇，仍撰寫醫(yī)書，為人治病。嘉慶二十四年（1819年），以年老請休，在福州石井巷井上草堂講學(xué)，培養(yǎng)醫(yī)學(xué)人才，開辦“陳念祖醫(yī)館”懸壺濟世，并曾治愈琉球國王之風(fēng)癥。

念祖吸收古代醫(yī)學(xué)精華，結(jié)合自己臨床經(jīng)驗加以應(yīng)用、補充，對醫(yī)學(xué)通俗化、大眾化作出重要貢獻。林則徐在《金匱要略注序》中說：“近者業(yè)醫(yī)者，無出其右�！逼渥釉�豹、元犀、孫子典、心蘭和學(xué)生周易園、黃奕潤等都以醫(yī)名行世。