早年留學日本，回國后參與籌建烏山圖書館，任圖書館主任。1933年參加蔡廷鍇、蔣光鼐等組織的反蔣抗日的“閩變”，出任福建省圖書館館長�！伴}變”失敗后一度入獄�？谷諔�(zhàn)爭期間復任福建省（立）圖書館長。1949年繼任該職務。曾任福建省第三屆人大代表、福建省第二屆政協(xié)委員等。

薩兆寅一生致力于收集整理古籍和福建地方文獻，為古籍的收藏保存作出重大貢獻。著有《福建方志考略》、《臺灣方志考略》、《士武文錄》、《燕影虬痕》、《閩嶠新話》、《海外零簡》、《福建藏書家考略》、《薩兆寅文存》，與傅家麟等人合著《福建對外貿(mào)易史研究》、與薩伯森合編《薩鎮(zhèn)冰年譜》等，并參與文化部組織撰寫《社會主義圖書學概論》。