幼年就讀于宿務(wù)東方學(xué)院的中小學(xué)，后進(jìn)入圣何塞大學(xué)攻讀商科，畢業(yè)后在父親經(jīng)營(yíng)的企業(yè)任要職，此后又進(jìn)入該國(guó)外交界。

1986年二月革命后，由科拉松·阿基諾總統(tǒng)任命為菲律賓駐新加坡共和國(guó)大使。就任大使期間，努力促進(jìn)新加坡和菲律賓的經(jīng)濟(jì)文化交流，在新加坡設(shè)立菲律賓文化與貿(mào)易中心，便利菲僑集會(huì)和交往接觸，還成立菲律賓婦女寄宿舍，為待業(yè)、退職或與雇主發(fā)生爭(zhēng)執(zhí)者提供收費(fèi)低謙的宿舍。

周清琦曾任菲華商會(huì)理事長(zhǎng)、宿務(wù)東方學(xué)院副董事長(zhǎng)等職。并曾獲圣何塞大學(xué)榮譽(yù)人文學(xué)博士。

除了在新加坡的這段經(jīng)歷，周清琦的外交歷練頗為豐富，曾先后擔(dān)任菲律賓駐韓國(guó)、巴西、加拿大、印度等國(guó)大使，并曾一度出任菲外交部副部長(zhǎng)。

2010年2月，周清琦獲時(shí)任總統(tǒng)阿羅約委任為駐華大使。同年6月，阿基諾三世就任總統(tǒng)，周清琦是少數(shù)幾位獲留任的駐外大使之一。在中國(guó)擔(dān)任大使期間，周清琦到中國(guó)各地參觀訪問(wèn)，促進(jìn)雙方交流。

據(jù)菲律賓《商報(bào)》報(bào)道，在全球經(jīng)濟(jì)危機(jī)日益深化之際，周清琦2010年8月呼吁中國(guó)商人考慮菲律賓為投資之地。不過(guò)一年后，阿基諾總統(tǒng)撤回對(duì)周清琦的委任，使菲駐華大使一職空出。

2011年3月，菲律賓總統(tǒng)府曾經(jīng)有消息人士透露，菲律賓的商總理事長(zhǎng)黃禎潭將出任菲駐華大使，而之后再無(wú)更多消息。