1956年組織上調(diào)他任上海中國(guó)人民解放軍軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院寄生蟲(chóng)學(xué)系實(shí)習(xí)研究員。

1957年，他與助手一起到湖北鄖陽(yáng)深山中作調(diào)查，發(fā)現(xiàn)了一個(gè)新蠓種。他把它命名為“鄖陽(yáng)細(xì)蠓”，成為發(fā)現(xiàn)細(xì)蠓新種的第一人。1958年軍事科學(xué)院遷址北京，他在微生物流行病研究所工作，曾到遼東半島對(duì)日本庫(kù)蠓形態(tài)作過(guò)研究。同年參加中蘇合作森林腦炎自然疫源地調(diào)查研究隊(duì)，任動(dòng)物研究組組長(zhǎng)，出色地完成了任務(wù)。次年他在云南邊境地區(qū)自然疫源地調(diào)查時(shí)，見(jiàn)到一只形態(tài)特殊的鹛鳥(niǎo)，在蘆葦蕩里浸泡了一天，捉住了那只奇異的鳥(niǎo)。后經(jīng)鑒定，這種鹛鳥(niǎo)乃是鳥(niǎo)類的新品種。

自1960年起的十幾年中，虞以新先后赴南方邊境及鄰國(guó)越南等地作醫(yī)學(xué)動(dòng)物、昆蟲(chóng)的調(diào)查研究，并組織協(xié)作組調(diào)查出血熱等跨學(xué)科研究的項(xiàng)目。南方山區(qū)，毒蛇橫行，虞以新下邊隊(duì)親自作捕捉毒蛇的示范，還為邊防部隊(duì)編寫(xiě)了《毒蛇防治手冊(cè)》。

我國(guó)蠓科昆蟲(chóng)的研究比世界上晚了整整半個(gè)世紀(jì)，而在我國(guó)醫(yī)學(xué)昆蟲(chóng)研究中，蠓科昆蟲(chóng)也是起步很晚的類群。

1978年，虞以新負(fù)責(zé)組織協(xié)作對(duì)四川地區(qū)吸血蠓類開(kāi)展調(diào)查研究，為了弄清蠛蠓生活規(guī)律及其特性，他到蠛蠓生息地區(qū)，遍布捕蟲(chóng)網(wǎng)，誘捉蠛蠓，還到泥土中去挖掘蟲(chóng)蛹，用蟲(chóng)蛹搞孵育試驗(yàn)。在眾多蟲(chóng)蛹的孵蛹試驗(yàn)中，他發(fā)現(xiàn)有一個(gè)是世界新種，世界上已知的60多種蠛蠓，其中有18種就是他發(fā)現(xiàn)的。

1981年后，他先后完成了“珍寶島地區(qū)重要吸血蟻、蠓生態(tài)及綜合防治研究”、“南方邊境蚊蠓及其防治研究”。珍寶島是個(gè)未開(kāi)發(fā)區(qū)，那兒雜草叢生，污水溝多，易滋生蚊蠓。駐防在那兒的部隊(duì)，每年入夏后都有20%的士兵被蚊蠓咬后感染患上皮膚病，戰(zhàn)士站崗都要用紗巾包好頭頸防止蚊蠓的叮咬。虞以新與助手們一道親自觀察和誘捕蚊蠓，終于查清了該地區(qū)的吸血昆蟲(chóng)有蚊、蠓、蚋、虻4科90余種，并設(shè)計(jì)出一套標(biāo)本兼治的綜合防治措施。在南方邊紡線上，他與助手們冒著生命危險(xiǎn)進(jìn)行蚊蠓的考察，并深入到戰(zhàn)士們潛藏的貓耳洞中為戰(zhàn)士清洗、消毒，并整治污水環(huán)境。

從1989年開(kāi)始，虞以新開(kāi)始主持“邊防地重要吸血雙翅目昆蟲(chóng)研究”。在研究過(guò)程中，協(xié)作者給他的來(lái)信就達(dá)700余封，多數(shù)是請(qǐng)教信，但他每信必復(fù)，毫無(wú)保留地給予指導(dǎo)。當(dāng)他了解到蘭州軍區(qū)調(diào)查組觀察不到細(xì)蠓受精的情況，立即趕赴現(xiàn)場(chǎng)，在顯微鏡下，將只有0.75毫米的細(xì)蠓解剖，取出形同“菊花”樣的受精囊給大家看，使問(wèn)題迎刃而解。這次“邊海防重要吸血雙翅目昆蟲(chóng)調(diào)查研究”收獲較大，共采集200余萬(wàn)昆蟲(chóng)標(biāo)本，并發(fā)現(xiàn)60余種昆蟲(chóng)新種。該項(xiàng)成果在1992年6月軍隊(duì)科技進(jìn)步獎(jiǎng)評(píng)比中獲一等獎(jiǎng)。

由于虞以新在醫(yī)學(xué)昆蟲(chóng)研究方面連獲碩果，他本人也從助理研究員升為研究員、教授，還被選為英國(guó)皇家熱帶病及衛(wèi)生學(xué)會(huì)會(huì)員，先后編輯出版《吸血雙翅目昆蟲(chóng)調(diào)查研究集刊》1-3卷，《珍寶島地區(qū)主要吸血蚊蠓生態(tài)及防治措施研究》、《邊境地區(qū)蚊蠓調(diào)查及防治》、《軍隊(duì)血吸蟲(chóng)病防治手冊(cè)》和“部隊(duì)衛(wèi)生防疫叢書(shū)”（全套12冊(cè)）等，2006年出版的兩卷本《中國(guó)蠓科昆蟲(chóng)》是我國(guó)第一部全面論述蠓科昆蟲(chóng)的專著，系統(tǒng)記述了分布于我國(guó)的4亞科39屬1015種蠓類，其中首次描述了331個(gè)新種。他還撰寫(xiě)了《中國(guó)蠛蠓研究》等專著論文120篇，被總政授予“先進(jìn)科技工作者”稱號(hào)，又被評(píng)為“全軍優(yōu)秀黨員”，是“有突出貢獻(xiàn)的專家”。

多年來(lái)，虞以新一直關(guān)心母校教育事業(yè)的發(fā)展，每年按時(shí)捐贈(zèng)《大自然》雜志給華中校圖書(shū)館。