1952年，他又為奧地利國家隊打過一場國際比賽。掛靴之后，默克爾開始光輝的教練生涯。他曾先后帶領(lǐng)維也納快速（1956/57賽季）、慕尼黑1860（1965/66賽季）、紐倫堡（1967/68賽季）與西甲馬德里競技（1972/73賽季）贏得聯(lián)賽冠軍。有趣的是，默克爾所執(zhí)教的紐倫堡是至今為止唯一一支在贏得德甲冠軍之后的一個賽季便降級的球隊，盡管他在降級的那個賽季結(jié)束前已經(jīng)辭職。

默克爾還曾帶領(lǐng)慕尼黑1860獲得1963/64賽季的德國足協(xié)杯冠軍，帶領(lǐng)馬德里競技獲得1971/72賽季的西班牙國王杯冠軍。作為慕尼黑1860俱樂部歷史上最成功的主教練，默克爾還曾于1964/65賽季帶領(lǐng)“獅隊”殺入歐洲優(yōu)勝者杯決賽，可惜最后以0比2負(fù)于英格蘭的西漢姆聯(lián)。此外，默克爾還擔(dān)任過海牙、多特蒙德、塞維利亞、沙爾克04、奧格斯堡、卡爾斯魯厄以及荷蘭國家隊（1954至1956年）的主教練。1978年，拜仁曾簽下默克爾，希望由他接替匈牙利籍主帥久洛·洛蘭特（Gyula Lorant）。不過拜仁球員卻認(rèn)為默克爾的管理手段過于強(qiáng)硬，拒絕俱樂部的這一任命，并一致要求聘請帕爾·切爾瑙伊（Pal Csernai）為新任主帥。此事后來被公之于眾，最終使得被稱為“現(xiàn)代拜仁之父”的俱樂部主席威廉·諾伊德克（Wilhelm Neudecker）辭職。

從1978年開始，默克爾成為《圖片報》專欄作家，為該報的發(fā)展作出了很大貢獻(xiàn)。這位鐵腕教練所撰寫的專欄很受讀者歡迎，其中一句諷刺前德國國腳巴斯勒的話還被傳為一時佳話：“巴斯勒是世界上最貴的停車咪表。只要他停在一旁，拜仁就得收緊銀根�！�

2006年11月28日，默克爾在臨近慕尼黑的普茨布倫（Putzbrunn）去世，享年87歲。默克爾的兩個老東家慕尼黑1860俱樂部與《圖片報》均第一時間發(fā)布了這一消息，以悼念這位優(yōu)秀的教練員與專欄作家。為了悼念默克爾，慕尼黑1860球員隨后在德甲客場對翁特哈興一戰(zhàn)中佩戴黑色臂帶。