研究項目
20世紀(jì)80年代初,徐筱杰教授開始從事蛋白質(zhì)分子設(shè)計及計算機(jī) 輔助藥物分子設(shè)計研究,在分子對接,結(jié)合自由能計算,三維構(gòu)效關(guān)系,ADME預(yù)測等方面進(jìn)行了系統(tǒng)的研究,發(fā)展及改進(jìn)了一些計算方法。近年來主要從事中藥現(xiàn)代化研究,開發(fā)了包括中藥方劑,中藥植物及中藥成分三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫的中藥信息化系統(tǒng),開展了基于中藥信息系統(tǒng)的虛擬篩選,中藥成分在化學(xué)空間、配體-靶標(biāo)空間的分布,基于生物網(wǎng)絡(luò)的多靶向篩選,中藥活性成分的篩選、分離、鑒定一體化技術(shù)等方面的研究。
教學(xué):主講研究生化學(xué)信息學(xué)課程
科研成果
1.藥物設(shè)計方法及應(yīng)用:
著重發(fā)展分子對接,結(jié)合自由能及溶劑化能的計算,二維及三維構(gòu)效關(guān)系,ADME預(yù)測及有關(guān)并行計算等相關(guān)方法及技術(shù)。 中華化學(xué)競賽網(wǎng)
2.中醫(yī)藥信息系統(tǒng):
構(gòu)建及完善包括中藥方劑,藥用植物及中藥有效成分的三維結(jié)構(gòu)的醫(yī)藥信息系統(tǒng)及相關(guān)應(yīng)用軟件。
3.超分子及介觀體系的計算機(jī)模擬:
利用分子動力學(xué)及介觀動力學(xué)研究蛋白質(zhì)、核酸等生物大分子及有機(jī)分子的聚集狀態(tài),高分子體系的聚集狀態(tài),介觀形貌及相分離。
4.基于中藥資源的新藥研制:
已建成包括藥物設(shè)計,靶酶制備及活性測定,活性追蹤中藥有效成分的分離純化,利用分子烙印及藥物抗體方法直接從中藥體系中提取有效成分的工作平臺。目前正開展抗丙肝及抗腫瘤藥物方面的研究。
課題:目前承擔(dān)973及國家自然科學(xué)基金重大項目
主要論著
1. Hou TJ,Guo SL,Xu XJ; Predictions of binding of a diverse set of molecular dynamics and combination of molecular Dynamics and continun solvent models. J. Phys. Chem. B 106(21): 5527-5535,2002.
2. Hou TJ, Zhang W,Xu XJ; Binding affinities for a series o-f selective inhibitors of gelatinase-A using molecular dynamics With a linear interaction energy approach.J. Phys. Chem. B 105(22):5304-5315,2001
3. Hou TJ, Xu XJ; A new molecular simulation software package u2013 Peking University Drug Design System(PKUDDS) for Structure based Drug Design. J. Mol. Graph. Mod. 19(5): 455-465, 2001.
4. Hou TJ, An Y, Ru BG, Bi RC, Xu XJ; Cysteine independent polymerization of metallothioneins in Solution and in Crystal. Protein Science, 9(12), 2302-2312, 2000.
5. Xie JC, Zhu LL, Xu XJ; Affinitive Separation and On-line identification of antitumor components from Peganum Nigillastrum by coupling a chromatographic column of target analogue imprinted polymer with mass spectrometry. Anal. Chem. 74(10): 2352-2362, 2002.
6. Qiao XB, Hou TJ, Zhang W, Guo SL, Xu XJ; A 3D Structure Database of Components from Chinese Traditional Medicinal Herbs. J. Chem. Info. Comp. Sci. , 42(3):481-495,2002.
7. Xie JC, Zhu LL, Xu XJ; Direct Extraction of Specific Pharmacophoric Flavonuids from Gingko leaves using a molecularly imprinted polymer for quercetin. J. Chromatogr. A 934(1-2): 1-11, 2001.