1946年2月2日，出生于厄立特里亞中部原哈馬西恩省一小商販家庭，信仰東正教。

1962年，中學(xué)畢業(yè)后考入埃塞俄比亞海爾·塞拉西大學(xué)（今亞的斯亞貝巴大學(xué)）工程學(xué)系。

1965年，輟學(xué)參加厄立特里亞解放陣線。

1967年，曾前往中國南京軍事學(xué)院進(jìn)行軍事訓(xùn)練。

1969年，因政策分歧脫離厄解陣，參與組建厄立特里亞人民解放陣線（現(xiàn)厄立特里亞人民民主和正義陣線）。

1977年，當(dāng)選厄立特里亞人民解放陣線副總書記，

1987年，任厄立特里亞人民解放陣線總書記。

1991年5月29日，出任厄立特里亞臨時(shí)政府總書記兼武裝部隊(duì)總司令。

1993年4月，厄立特里亞在聯(lián)合國監(jiān)督下公決獨(dú)立，埃塞過渡政府接受公決結(jié)果，承認(rèn)厄獨(dú)立。5月，伊薩亞斯·阿費(fèi)沃基出任厄立特里亞首任總統(tǒng)。

1997年，連任厄立特里亞總統(tǒng)至今。

伊薩亞斯·阿費(fèi)沃基上臺(tái)后，擱置憲法，關(guān)閉獨(dú)立媒體，關(guān)押了數(shù)百名記者和民間社會(huì)成員。在他的統(tǒng)治下，國家的軍事化程度不斷加劇，國內(nèi)生產(chǎn)總值的20%～25%用于軍事預(yù)算。