馬哈麻特·額敏出自吐魯番的蒙古察合臺王族，祖父是葉爾羌汗阿不都拉哈汗，父親是統(tǒng)治哈密、吐魯番一帶的巴拜汗，長兄是阿卜都里什特。1658年，受其父巴拜汗之命駐守辟展，抵御土魯番的進攻。約1678年，巴拜汗卒，其兄阿卜都里什特趕往吐魯番繼位，并得到準噶爾部噶爾丹的支持。額敏爭位不成，退走山區(qū)。1680年，額敏與阿卜都里什特一同隨噶爾丹出征葉爾羌（今莎車）。阿卜都里什特隨即被噶爾丹立為葉爾羌汗，葉爾羌成為準噶爾部的附庸（清代文獻又稱之為“回回國”）。額敏返回葉爾羌汗國東部故地，統(tǒng)治吐魯番一帶�？滴醵�十年（1681年），額敏遣使伊思喇木和者（伊斯拉木和卓）進京，自稱土魯番汗，向康熙皇帝報告現(xiàn)今吐魯番地方安寧，請旨裁奪吐魯番應(yīng)幾年一貢。
1682年，受到白山派宗教首領(lǐng)伊達雅圖勒拉（阿帕克和卓）排擠的葉爾羌汗阿卜都里什特出走，額敏隨即趕往葉爾羌，繼立為葉爾羌汗。額敏汗在位期間不甘聽命于準噶爾和白山派勢力，與葉爾羌的阿奇木伯克馬黑沙·沙伯克合謀，企圖清洗宮廷中準噶爾的支持者。但準噶爾和白山派的勢力強大，馬黑沙·沙伯克失敗被殺。作為報復(fù)，伊達雅圖勒拉支持一個名為虎達扁迭的親準噶爾的人物，在阿克蘇糾集吉利吉思人和厄魯特蒙古人發(fā)動叛亂，向葉爾羌進軍。傳說稱，額敏汗率軍征討虎達扁迭時病死于途中，伊達雅圖勒拉施展神術(shù)使其復(fù)活。據(jù)一部宗教傳記《伊達雅圖勒拉傳》記載，額敏汗向伊達雅圖勒拉屈服并求援，于是伊達雅圖勒拉派其子雅雅和卓與額敏汗一同平定了虎達扁迭的叛亂。
康熙二十五年（1686年），額敏汗遣五祿合澤等使者五人向清朝進貢，并請求將流寓西寧一帶的回人遷至甘肅，“以便往返行走”。由于土魯番是明朝確定、清朝承認的朝貢國，葉爾羌則不知名，因此額敏仍使用土魯番汗的名義上疏。噶爾丹東侵喀爾喀部落時，額敏汗乘機出兵進攻伊犁，擒獲了一批準噶爾部落頭人。約在1692年，額敏汗與伊達雅圖勒拉矛盾再次激化，并計劃消滅白山派和卓家族。伊達雅圖勒拉命其子雅雅和卓從喀什噶爾（今喀什市）來援，與額敏汗的軍隊開戰(zhàn)。額敏汗的士兵紛紛倒戈，額敏汗只得率殘部退至哈爾哈里克（今葉城縣），再退到庫拉干，后被白山派擒殺。此后伊達雅圖勒拉、雅雅和卓及其白山派信眾控制了葉爾羌局勢。約1694年，額敏汗的三弟馬哈麻特木明被葉爾羌和吐魯番的伯克們擁立為葉爾羌汗，稱“阿巴克錫汗”。