1815年2月底，法老號遠洋貨船年輕的代理船長愛德蒙·鄧蒂斯回到馬賽港。老船長病死在途中，他曾托鄧蒂斯把船開到一個小島上去見囚禁中的拿破侖。拿破侖委托鄧蒂斯帶一封密信給在巴黎的親信（也就是維爾福的父親諾阿迪埃先生）。鄧蒂斯這次回國可以說是春風得意：他已經準備好要和相愛多年的女友梅爾塞苔絲結婚，然后一同前往巴黎。但他沒有想到，一場厄運正悄悄來臨。在貨船上當押運員的唐格拉爾一心要取代鄧蒂斯的船長地位，鄧蒂斯的情敵--年輕的漁民、同時也是梅爾塞苔絲的表哥的費爾南對他又嫉又恨。結果兩個人勾結到一起，費爾南把唐格拉爾的一張匿名信送到了政府的手中。5月，正當鄧蒂斯舉行婚禮之際，他被逮捕。審理這個案子的是代理檢察官維爾福，他發(fā)現密信的收信人就是自己的父親。為了確保自己的前途，他宣判鄧蒂斯為極度危險的政治犯，將其投入了孤島上的伊夫堡監(jiān)獄。

鄧蒂斯在監(jiān)獄里度過了14年的時光。開始的時候他堅信自己的清白，總以為檢察官有一天會出現在他面前，宣布他無罪。然而隨著時間的推移，他失望了，甚至有了自殺的念頭，只有對未婚妻的思念支撐著他活下去。有一天，他突然聽見有人在近旁挖掘的聲音，原來是隔壁牢房的老神甫法利亞在挖地道，卻因為計算錯誤，地道的出口在鄧蒂斯的牢房。兩人相遇后，老神甫幫助他分析了他的遭遇，鄧蒂斯開始意識到陷害自己的仇人是誰。在神甫的教授下，鄧蒂斯還學會了好幾種語言，并得知了一個秘密：在一個叫作基督山的小島上埋藏著一筆巨大的財富。

有一天，法利亞神甫病死了。鄧蒂斯靈機一動，鉆進了盛入神甫尸體的麻袋中，結果獄卒將他當作神甫扔進了大海。鄧蒂斯用刀劃破麻袋，游到了附近的一個小島上。次日，一只走私船救了他，他很快和同船員們成了朋友。他利用四處游蕩的機會，在基督山島發(fā)現了寶藏：一個大柜分隔成3個部分，分別裝著古金幣，金塊，以及美玉、鉆石、珍珠和寶石。鄧蒂斯瞬間成了一個億萬富翁。他現在的目標只有一個，那就是復仇，為此，他要回到社會里去重新獲得地位、勢力和威望，而在這個世界上只有錢才能使人獲得這一切，錢是支配人類最有效和最偉大的力量。此時的鄧蒂斯已經是一個新人了：有淵博的知識、高雅的儀態(tài)和無數的財富，深謀遠慮，內心充滿了仇恨。

在復仇之前，鄧蒂斯決定先要報恩。法老號的船主莫雷爾是一個忠厚、勇敢而且熱情的人。他曾在鄧蒂斯落難時為他四處奔走，還照顧過鄧蒂斯的老父親。后來他破產了，絕望當中，他準備自殺。鄧蒂斯知道之后，替他還清了債務，送給他女兒一筆優(yōu)厚的嫁妝，還送給他一艘新的法老號。然后，鄧蒂斯說：“我已經代天報償了善人�，F在復仇之神授我以他的權力，命我去懲罰惡人!”在報答了曾在他危難之際給過他無私幫助的人之后，鄧蒂斯開始一步步準備自己的復仇計劃了。

通過多方打探，他證實了唐格拉爾、費爾南和維爾福陷害自己的詳情，并得知自己的未婚妻梅爾塞苔絲已經同費爾南結了婚，而自己的老父親在病中抑郁而死，他的仇恨之火越燃越旺，但他還要為復仇做許多準備工作。8年之后，鄧蒂斯回到了巴黎。他化名為基度山伯爵，身份是銀行家。此時，維爾福是巴黎法院檢察官，唐格拉爾成了銀行家，費爾南成了伯爵、貴族院議員，3人都飛黃騰達，地位顯赫。

基督山伯爵的目標首先是費爾南。費爾南本名費爾南·蒙代戈，他為了謀取一切之私利可以說是壞事做盡，此時他更名換姓為費爾南·德·莫爾塞夫，過著養(yǎng)尊處優(yōu)的生活�；�督山伯爵早就摸清了他的真實歷史，并借他人之手在報紙上披露了費爾南20年代在希臘出賣和殺害了阿里·鐵貝林總督的事實，引起了議員們的質詢。在聽證會上，基督山伯爵收養(yǎng)的阿里總督的女兒海黛公主出席作證，揭發(fā)了費爾南在與土耳其人的無恥交易中，不但把城堡拱手相讓，而且還把他的恩主殺害，并把恩主的妻子、女兒作為一部分戰(zhàn)利品，賣得40萬法郎的罪行。審查委員會斷定費爾南犯下了判逆罪和暴行迫害罪，這使得費爾南名譽掃地，狼狽不堪。費爾南本來寄希望于兒子阿爾貝同基督山伯爵決斗，以此雪“恥”，但他的妻子梅爾塞苔絲（鄧蒂斯的未婚妻）早就認出了基督山伯爵就是鄧蒂斯，她把真相告訴兒子。最后兒子不顧自己的名聲，與基督山伯爵講和，并決定同母親一起拋棄沾滿了鮮血的家產，不辭而別。無奈之下，費爾南只有獨自去找基督山伯爵決斗。決斗中，基督山伯爵用很冷淡的口吻嘲諷地說：“您不就是那個在滑鐵盧之戰(zhàn)前夕開小差逃走的小兵費爾南嗎？您不就是那個在西班牙當法軍向導和間諜的費爾南中尉嗎？您不就是那個背叛、出賣并謀害自己恩主的費爾南中將嗎？而這些個費爾南加起來，不就是現在身為法國貴族議員的費爾南·德·莫爾塞夫伯爵嗎？”最后，基督山伯爵說出了自己的真實身份“愛德蒙·鄧蒂斯”。費爾南聽后失魂落魄地回到家里，正遇上自己的妻子和兒子離家出走——一個去鄉(xiāng)下隱居，一個去投軍，極度害怕與絕望使得他開槍自殺了。

基督山伯爵的第二個仇人就是唐格拉爾。唐格拉爾在法軍入侵西班牙時靠供應軍需品發(fā)了橫財，他的銀行現在可以支配幾百萬法郎的資產。基督山伯爵為了取得唐格拉爾的信任，拿出歐洲大銀行家的3封信在唐格拉爾那里開了3個可以“無限貸款”的帳戶，懾服了唐格拉爾。之后他收買了電報局的雇員，發(fā)了一份虛報軍情的電報，誘使唐格拉爾出售債卷，折損了一筆巨款�；�督山伯爵于是將一個逃犯——維爾福和唐格拉爾夫人埃爾米娜的私生子貝尼代托——包裝成所謂的“意大利親王的兒子”安德烈·卡瓦爾康蒂，介紹給唐格拉爾。為了避免銀行的倒閉，唐格拉爾將女兒嫁給了“親王之子”。在婚禮上，憲兵逮捕了這個逃犯，讓唐格拉爾出了大丑。在無奈之下，唐格拉爾竊取了濟貧機構的500萬法郎逃往意大利。途中，他落在了基督山伯爵的強盜朋友羅杰·范巴的手上。他們先把他餓得半死，然后以10萬法郎的高價向他出售一頓飯，直到把他的500萬法郎全部都榨光。唐格拉爾被迫為自己所犯的罪行懺悔。此時基督山伯爵出現了，向他公開了身份，說：“我就是那個被你出賣和污蔑的人。我的未婚妻被迫改嫁，我的父親被你害得餓死。我本來也應該讓你死于饑餓，但我饒恕你�！碧聘窭瓲柭犝f他是曾經的同伴愛德蒙·唐泰斯后，大叫一聲，倒在地上縮成一團。隨后，基督山伯爵給了他5萬法郎讓他自謀生路。最后，唐格拉爾飽受折磨和驚嚇，他的頭發(fā)全白了。

基督山伯爵最大的仇人是維爾福，他決定用更殘忍的手段全面摧毀維爾福的一切。他先買下了維爾福以前的一所處所，在這里維爾福曾企圖殘忍地活埋自己和唐格拉爾夫人的私生子。然后他巧妙地將二人引到這里，并點出了兩人當年的丑事。結果，唐格拉爾夫人當場暈倒，維爾福不得不靠在墻上喘息。經過一番較量，維爾福對基督山伯爵的身份發(fā)生了懷疑。他找到了基督山伯爵的兩個密友布沙尼神父、威瑪勛爵詢問，但這兩個密友都是基督山伯爵一個人扮演的。自然他一無所獲。 此時，基督山伯爵注意到了維爾福家庭內部的一個破綻：維爾福的后妻愛洛依絲企圖讓自己所生的兒子獨自繼承遺產。于是他假裝無意之中透露給了她一個毒藥配方，后者利用這種毒藥毒死了維爾福的前岳母圣米蘭夫人、老仆人巴魯瓦，并陰謀毒死前妻所生的女兒瓦朗蒂娜。由于曾經的因緣關系（基督山伯爵的恩人之子馬西米蘭·摩雷爾與瓦朗蒂娜相愛），基督山伯爵對后者暗中保護，并讓她暗中觀察到了繼母下毒的過程。最后，基督山伯爵將這個孩子送到了基督山島上。在審理那個險些成了唐格拉爾女婿的逃犯殺人案中，檢察官就是維爾福。在基督山伯爵的授意下，逃犯當眾說出了自己的身世。維爾福知道已落到一個復仇之神的手里，被迫承認“無須證據，這個青年人所說的話都是真的……從此刻起，我悉聽下任檢察官的發(fā)落。”這時，維爾福的臉色像死人一樣蒼白，牙齒像一個發(fā)寒熱的人那樣格格的打抖。他侖皇地回到家里，想在這里尋找一處避風港，但他發(fā)現妻子因為罪行敗露已經服毒身死，并毒死了自己心愛的兒子。巨大的打擊之下，維爾福瘋了。

基督山伯爵認為大仇已報，他深深地感謝上帝。在他看來，他所做的一切都是秉承上帝的旨意。他說：“現在我的工作完成了，我的使命終止了。巴黎，告別了!”于是，他安排被他成功解救的人——維爾福的女兒瓦朗蒂娜與馬西米蘭·摩雷爾再度相見，兩人有情人終成眷屬，并為他們在法老號舉辦了結婚典禮。最后他同收養(yǎng)的阿里總督的女兒海黛公主遠走高飛，臨行前，他賜予馬西米蘭夫婦解開人生困難的鑰匙——“等待”與“希望”。