夏爾三世·德·波旁出生于蒙特龐謝，為蒙特龐謝伯爵吉爾伯特次子。兄長蒙特龐謝伯爵路易于1501年逝世。夏爾繼任為蒙特龐謝伯爵。1505年5月10日，夏爾迎娶波旁公爵皮埃爾二世·德·波旁的女兒波旁女公爵蘇珊·德·波旁，繼承了波旁公國，由兩人一同統(tǒng)治，成為當時法國最有權(quán)勢的貴族之一。

1515年，法國國王弗朗索瓦一世即位后，任命他為法國王室統(tǒng)帥。他對馬里尼亞諾戰(zhàn)役的勝利做出了很大貢獻，打敗瑞士人重奪米蘭，并俘獲了馬克西米連。夏爾三世因功得以駐守米蘭。但是弗朗索瓦一世對他存有介心，將他召回法國。兩人的關(guān)系更因弗朗索瓦一世委任他的姊夫阿朗松公爵查理為攻打尼德蘭的主帥而惡化。其后，又因其妻子蘇珊于1521年逝世，他們所生的孩子（包括克萊蒙伯爵弗朗索瓦及一對孖仔）皆于不足一歲前去世，她的遺產(chǎn)全歸夏爾三世。但是弗朗索瓦一世寡居的母后薩伏依的路易絲認為她的血緣關(guān)系比夏爾三世接近，波旁家族的產(chǎn)業(yè)理應由她承繼。（薩伏依的路易絲是波旁公爵夏爾一世·德·波旁的外孫女，而蘇珊是夏爾一世的孫女，夏爾三世卻只是夏爾一世的父親讓一世·德·波旁的曾孫。）路易絲更提議與夏爾三世結(jié)婚以解決繼承權(quán)的爭議，但是被夏爾三世斷言拒絕。弗朗索瓦一世為其母親向巴黎高等法院提出訴訟，要求從夏爾三世手中收回波旁家族的遺產(chǎn)。夏爾三世在法院未作判決前因感到無望，憤而出賣國家，他開始和英王亨利八世和神圣羅馬皇帝查理五世談判，企圖瓜分法國，但是無疾而終。1523年，弗朗索瓦一世知悉此事，下令廢除夏爾三世法國王室統(tǒng)帥之職，但是夏爾三世仍能逃亡至意大利，投奔敵人神圣羅馬皇帝查理五世服役。

1524年-1525年，夏爾三世率領(lǐng)德意志雇傭軍擊退法國對意大利的進攻，更于帕維亞戰(zhàn)役中俘獲弗朗索瓦一世。1526年雙方簽訂馬德里和約，釋放弗朗索瓦一世，而弗朗索瓦一世保證發(fā)還波旁家族的產(chǎn)業(yè)，但事后卻以在脅迫下簽署和約而拒絕踐約。查理五世其后任命夏爾三世為米蘭總督，但沒有為軍隊提供糧餉。1527年，夏爾三世率領(lǐng)部下前往羅馬搶劫，于圍攻羅馬時戰(zhàn)死。波旁家族分支旺多姆伯爵系不準繼承，因此波旁公國亦從此并入法國皇室領(lǐng)地。