出身
天文二十年（1551年），出生，幼名彌三郎，生父是三河國岡崎的武士竹田宗仲。
弘治元年（1555年），被內(nèi)藤忠政收為養(yǎng)子。養(yǎng)父家內(nèi)藤氏是三河國的名門，文明年間始臣于松平氏。內(nèi)藤義清歷仕松平信忠、松平清康，是名列“岡崎五人眾”的松平家重臣。義清之子彌次右衛(wèi)門清長身兼三河國上野城主和遠江國二俁城番。清成的養(yǎng)父內(nèi)藤忠政是義清的孫子、清長的侄兒。
仕途生涯
內(nèi)藤清成的仕途始于德川家康的小姓，他亦因此見寵于家康。 天正八年（1580年），擔任德川秀 忠的傅役（老師）。 天正十八年（1590年），家康在入封關(guān)東之際，將相模國高座郡當麻、新戶、磯部、田名、大島諸村的五千石領(lǐng)地封給清成。內(nèi)藤清成在新戶村興建了占地六千五百平方米的陣屋。因為要在江戶城履職，清成登用新戶村名主安藤主水為代官代理封地事務(wù)。
江戶城牛込門（今東京都外堀公園）的甲州口與甲州街道相連，內(nèi)藤清成的下屋敷（大名在江戶近郊的別�。┚妥湓谶@條街道的兩側(cè)。關(guān)于清成下屋敷的所在地，流傳著這樣一件軼事，據(jù)說德川家康在進江戶城的那天把清成召到跟前說：“給你御前之馬一口氣跑過的土地”。清成聽罷，騎著白馬把南到千馱谷、北到大久保、西到代代木、東到四谷的大片土地圈了起來，而白馬竟被活活累死。結(jié)果，家康按照約定將這片土地賜給了清成。從此以后，這片土地被稱為“內(nèi)藤新宿”，此即今日東京都中心的新宿。
天正十九年（1591年），內(nèi)藤清成初次巡視相模國封地，投宿于當麻的無量光寺，無量光寺與德川氏頗有淵源，在日本南北朝的戰(zhàn)亂年代，德川氏的先祖世良田（左京亮）有親與其子松平（太郎左衛(wèi)門）親氏父子避難寺中。無量光寺的八代住持良光和尚為有親和親氏剃度，父子二人分別改稱長阿彌和德阿彌。內(nèi)藤清成得知此事后，向德川家康作了匯報，家康隨賜予無量光寺三十石領(lǐng)地，并同意授予寺境內(nèi)不入的特權(quán)。
文祿元年（1592年），被任命為關(guān)東總奉行。同年，獲官位從五位下修理亮。慶長六年（1601年），被加封常陸國、上總國、下總國一萬六千石領(lǐng)地，從而躋身大名行列。
末路
慶長十一年（1606年），清成為民做主觸怒了家康，因之獲罪，被勒令籠居（蟄居）：家康酷愛鷹 狩，將其看作是武士練武和視察民情的好事，每次行獵都在諸大名和旗本的前呼后擁中進行。家康把江戶城近郊的大片曠地辟為鷹場，還頒布了所謂的“鷹場法度”，明令禁止捕捉鷹的餌食---野鳥。同時為了保證野鳥的繁殖，該法度禁止鷹場周圍的百姓伐木；為了避免驚嚇野鳥，甚至連周圍百姓在婚喪嫁娶中用樂都要橫加干涉。不久，因為野鳥的數(shù)量激增，鷹場周邊百姓的莊稼損失慘重。受害百姓的陳情促使清成不得不作出決斷，暫時允許百姓們捕捉野鳥。家康聞訊后雖然默許了百姓捕鳥，卻以“法度不可違”為由，治了清成的罪。
慶長十三年（1608年），內(nèi)藤清正在籠居中去世，享年54歲。