上田正昭出生于日本兵庫縣城崎町，中學(xué)時代被京都府龜岡市延喜式式內(nèi)社小幡神社社家上田家收作養(yǎng)子。隨后他進入國學(xué)院大學(xué)神道學(xué)科，師從著名民俗學(xué)者折口信夫等人學(xué)習(xí)，并取得神主資格，20歲成為小幡神社第三十三代宮司。1947年他轉(zhuǎn)入京都大學(xué)開始日本古代史的學(xué)習(xí)，畢業(yè)后歷任高中教師、京都大學(xué)助教授，1971年成為京都大學(xué)教養(yǎng)部（現(xiàn)京大人間環(huán)境學(xué)部）教授。京大任教期間，上田先生培養(yǎng)了大批現(xiàn)今活躍在日本古代史、日朝關(guān)系史等研究領(lǐng)域內(nèi)的知名學(xué)者。

根據(jù)上田本人的回憶，他年輕時的夢想是當一名外交官，而對歷史學(xué)產(chǎn)生興趣則源自中學(xué)時代的班主任借給他的一本著作——早稻田大學(xué)元教授津田左右吉的《<古事記>及<日本書紀>的研究》（當時被列為禁書）。受到津田史學(xué)啟蒙的他在此后數(shù)十年的學(xué)術(shù)研究中也一貫堅持了津田對《古事記》《日本書紀》中神話部分的文獻持批判態(tài)度的觀點。

上田在國學(xué)院念書時正是二戰(zhàn)中東京大空襲最頻繁的時期，空襲中他的很多同學(xué)都不幸遇難。在對戰(zhàn)爭的恐懼和皇國思想壓迫下，學(xué)生時代的上田開始反思“什么是天皇制”。這也成為他隨后進入京都大學(xué)從事古代史學(xué)習(xí)和研究的契機。

像上田正昭這樣既為歷史學(xué)研究者，同時又持有日本神官資格的人在那個時代幾乎是不存在的。早年在國學(xué)院的學(xué)習(xí)經(jīng)歷，使得他在日本神話、神道學(xué)上的造詣頗深。除了出版有大量日本古代神話和神道的書籍外，他作為小幡神社宮司也是恪盡職守。小幡神社在近現(xiàn)代僅僅只是一個村社級別的小神社，然而它作為延喜式式內(nèi)社，已經(jīng)有一千多年的歷史。小幡神社在京都府龜岡地區(qū)的神道信仰中具有絕對性的地位。擔任小幡神社宮司的上田則必須肩負起整個地區(qū)信者們的信賴。自從他擔任宮司以來，五十余年從未缺席過神社的活動。

上田正昭在上世紀六十年代出版了《歸化人——圍繞（日本）古代國家的成立》一書。二戰(zhàn)以前，日本史學(xué)界普遍將《古事記》《日本書紀》等史料中出現(xiàn)的外來民族（非大和民族，主要指朝鮮半島、中國大陸的早期移民）定義為“歸化人”。在書中，上田對這種基于皇國史觀思想下的產(chǎn)物進行了批判，并提出自己獨到的見解。

上田指出，在日本古代這個漫長的時期中，由中國大陸、朝鮮半島渡來的人群有著各自不同的歷史背景，特別是七世紀中葉日本施行庚午戶籍編纂以前移居日本列島的人群，并不存在事實上的“歸化”行為，使用“渡來人（渡海而來之人）”一詞作為學(xué)術(shù)用語則更為恰當。該學(xué)說發(fā)表后在日本古代史學(xué)界引起了重大反響，并迫使當時的日本歷史教科書將“歸化人”這一記載全部改為“渡來人”，這是這一時期日本左翼史學(xué)的一場重大勝利。

在《歸化人》一書中，上田還指出，據(jù)日本史書《續(xù)日本紀》的記載，第50代天皇桓武天皇的生母高野新笠氏是來自朝鮮半島的渡來氏族百濟王氏的后裔，從血統(tǒng)源流上看，現(xiàn)在的日本天皇也具有百濟血統(tǒng)。此學(xué)說公開后，他還遭到了大批日本右翼分子的恐嚇，有人稱上田為“賣國賊”，并寫信咒罵他，讓他滾出京大。

上田私下有和歌創(chuàng)作的愛好，2001年還曾出席過天皇在宮中舉辦的年初和歌會。據(jù)說在這期間，上田經(jīng)常到東京皇居給天皇講習(xí)日本古代的歷史文化。隨后2001年日韓世界杯舉辦前，日本天皇明仁對媒體表示，自己的先祖桓武天皇的母親是百濟王武寧的后裔，他也感受到自身與韓國之間存在的因緣。

《歸化人》出版后的1969年，上田正昭與當時在日本文壇活動的朝鮮文學(xué)家金達壽、著名歷史小說家司馬遼太郎等人一起創(chuàng)辦了季刊雜志《日本中的朝鮮文化》。此外，他還將自己的研究時代和范圍進一步擴大，于2001年出版了與辛基秀、仲尾宏共著的《朝鮮通信使及其時代》。

2010年在韓國首爾市國立中央博物館召開的學(xué)術(shù)會議上，上田將自己關(guān)于日朝兩國建國神話的研究成果公開發(fā)表。他提出日本建國神話“天孫降臨”與朝鮮半島的檀君建國神話非常相似，具有同源的可能性。與上田一同出席會議的京都產(chǎn)業(yè)大學(xué)教授井上滿朗也支持了這一觀點，并同時強調(diào)“日本的天孫降臨神話與朝鮮系、中國系神話應(yīng)是同一類別”。

上田一生還致力于人種差別和被差別部落等群體人權(quán)問題的呼吁和研究，二戰(zhàn)中的體驗使他一直堅稱“戰(zhàn)爭是對人權(quán)的最大侵害”。晚年的上田在1999年至2015年期間一直擔任財團法人世界人權(quán)問題研究中心理事長。

2015年11月29日，在京都府向日市召開了由京都府埋藏文化財調(diào)查研究中心舉辦的“和魂漢才——京都、東亞考古學(xué)”的公開講演。這次講演也是上田正昭先生最后一次公開露面。他在以《古代東亞和京都盆地》為題的講演中反復(fù)提到了東亞文化對日本文化的影響，并從文獻史學(xué)的角度提及京都的前身平安京與中國古代都城洛陽和長安的淵源。

最后他強調(diào)，“大和魂”一詞雖然在近代因為種種原因變成了帶有軍國主義色彩的日本精神的代名詞，但回歸語源，紫式部在《源氏物語》中提到的“大和魂”一詞，是為對應(yīng)源自中國文化的“漢才”而生的。同時，他也寄語于現(xiàn)在的日本年輕人，在尋找“大和魂”的時候不要忘記，正是因為歷史上日本和亞洲諸國之間有著從未間斷的交流，才有日本文化的今天。

上田正昭一生編著有上百冊書籍，主要內(nèi)容涉及歷史（日本古代史、朝鮮史、東亞史）、日本神話、日本神道、民俗學(xué)、考古學(xué)等諸多人文學(xué)科。

其代表作有《神話的世界》、《日本古代國家成立史的研究》、《日本神話》、《古代傳承史的研究》、《古代日本和朝鮮》、《神道和東亞世界——何為日本文化》、《古代日本的史脈——東亞世界之中》、《東亞中的日本》、《上田正昭著作集》全八冊等。2015年10月出版的《古代日本和東亞的新研究》是上田生前出版的最后一本書籍。