1997年10月結(jié)束博士后研究工作后，進(jìn)入復(fù)旦大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院任教。

1999年入選中華人民共和國(guó)教育部首批骨干教師項(xiàng)目承擔(dān)者；同年，入選上海市教育委員會(huì)、上海市教育發(fā)展基金會(huì)第五屆"曙光計(jì)劃"項(xiàng)目承擔(dān)人。多年來(lái)她積極參加上海市教育發(fā)展基金會(huì)所召集的相關(guān)工作。為表彰曙光學(xué)者為上海教育事業(yè)發(fā)展作出的貢獻(xiàn)，2002年上海市教育發(fā)展基金會(huì)為她和其他部分曙光學(xué)者頒發(fā)了榮譽(yù)證書。

在復(fù)旦大學(xué)任職期間，她先后為復(fù)旦大學(xué)和上海財(cái)經(jīng)大學(xué)的本科生了講授《普通生態(tài)學(xué)》、《人類生態(tài)學(xué)》、《應(yīng)用生態(tài)學(xué)》、《中國(guó)名貴珍稀水生動(dòng)物學(xué)》等四門課程，計(jì)劃為上海市東北片高校講授跨校選修課《中國(guó)名貴珍稀動(dòng)物學(xué)》；同時(shí)，還為生命科學(xué)學(xué)院研究生講授了《高級(jí)水生生物學(xué)》、《水生經(jīng)濟(jì)動(dòng)物養(yǎng)殖學(xué)》、《名貴珍稀水生動(dòng)物保護(hù)生物學(xué)》等課程。

此外，王金秋博士還積極熱心參加各種社會(huì)活動(dòng)：是國(guó)際輪蟲組織網(wǎng)絡(luò)成員；為多個(gè)學(xué)科的學(xué)會(huì)會(huì)員；第五屆上海市生態(tài)學(xué)學(xué)會(huì)理事、第六屆上海市生態(tài)學(xué)學(xué)會(huì)常務(wù)理事和副秘書長(zhǎng)等。

名貴珍稀水生動(dòng)物保護(hù)生物學(xué)研究：松江鱸魚的自然種群的地理分布、資源現(xiàn)狀和遺傳多樣性的研究；松江鱸魚的異地馴養(yǎng)、繁殖和苗種生產(chǎn)技術(shù)的研究；松江鱸魚各地理種群差異比較研究。

輪蟲生殖方式轉(zhuǎn)變的遺傳機(jī)理研究：生態(tài)因子對(duì)輪蟲生殖方式轉(zhuǎn)變的誘導(dǎo)作用；輪蟲雌體減速分裂基因克隆與分析。

輪蟲實(shí)驗(yàn)種群生態(tài)學(xué)的研究：生態(tài)因子對(duì)萼花臂尾輪蟲種群增長(zhǎng)的影響；不同餌料對(duì)萼花臂尾輪蟲種群增長(zhǎng)的影響；萼花臂尾輪蟲大批量培養(yǎng)的生態(tài)學(xué)基礎(chǔ)研究。

浮游生物環(huán)境生態(tài)學(xué)和毒理學(xué)研究：環(huán)境污染及污染物對(duì)褶皺臂尾輪蟲的毒性作用的研究。

水生動(dòng)物生物多樣性研究。

獲省級(jí)科學(xué)技術(shù)進(jìn)步一等獎(jiǎng)一次。

WANG Tian-yu,WANG Jin-qiu& Wu Jian-ping, 2004. The comparison of species diversity of phytoplankton between spring and autumn in Poyang Lake. Journal of Fudan University, Natural Science. 43（6）: 1073－1078.

王金秋，潘連德，梁天紅，甘華臣，2004。松江鱸魚（Trachidermus fasciatus）胚胎發(fā)育的初步觀察。復(fù)旦學(xué)報(bào)（自然科學(xué)版），43（2）：250-254。

王金秋，吳建平，於燕斌，王天宇，成功，2003。春秋兩季鄱陽(yáng)湖浮游動(dòng)物的編目、數(shù)量分布與變動(dòng)。湖泊科學(xué)，15（4）：345-352。

王金秋，李德尚，曹吉祥，2003。5種藻和2種酵母對(duì)萼花臂尾輪蟲餌料效果的比較研究。水生生物學(xué)報(bào)，27（5）：466－486。

王金秋，石椿，成功，2002。鴨綠江流域中國(guó)境內(nèi)松江鱸（Trachidermus fasciatus）天然種群的同工酶分析。復(fù)旦學(xué)報(bào)，41（6）：688-693。

王金秋等，2002。長(zhǎng)江口棄土懸沙對(duì)褶皺臂尾輪蟲的影響。應(yīng)用生態(tài)學(xué)報(bào)，13（7）：871－874。

王金秋，2002。藍(lán)藻毒素的毒性及其生物富集、暴露途徑和危險(xiǎn)度評(píng)估。上海環(huán)境科學(xué)，21（3）：361－364。

王金秋，潘連德，郭新，2002。酵母及藻類對(duì)褶皺臂尾輪蟲培養(yǎng)效果的比較研究。水產(chǎn)科技情報(bào)，29（3）：99-102。

王金秋，成功，唐作鵬，2001。鴨綠江流域中國(guó)境內(nèi)松江鱸的分布。復(fù)旦學(xué)報(bào)，40（5）：471-476。

王金秋，石椿，2001。松江鱸魚（Trachidermus fasciatus）不同組織同工酶的研究。復(fù)旦學(xué)報(bào)，40（5）：467-470。

王金秋，張佳憶，黃博，2000。生態(tài)因子的波動(dòng)對(duì)多刺裸腹溞雄體發(fā)生的影響。應(yīng)用生態(tài)學(xué)報(bào)，11（1）：135-137。

獲中華人民共和國(guó)國(guó)家發(fā)明專利1項(xiàng)：松江鱸魚水花魚苗生產(chǎn)技術(shù)