早年執(zhí)教于杭州求是書院。清光緒二十三年(1897)，與 章太炎會(huì)于杭州虛白堂，一見(jiàn)如故。談及清初 文字獄，浙省士子受害最深。沈氏祖先也因與汪、查為姻婭而受株連。太炎謂：“此浙人一時(shí)之不幸，日后當(dāng)以此為榮也�！焙笈c太炎義結(jié)金蘭，并命長(zhǎng)子 沈延國(guó)拜章為義子，從章研究古文。光緒三十年，投身革命，為 光復(fù)會(huì)籌組人之一，先后七次亡命日本。 辛亥革命中，參與攻打上海制造局之役。1916年又在寧波反對(duì) 袁世凱稱帝。

祖綿精于小學(xué)，畢生探研《 周易》、《 內(nèi)經(jīng)》等書，頗有所得。讀書時(shí)每有所獲，必記錄以存。1923年寫成《素問(wèn)臆斷》一卷，對(duì)《 素問(wèn)》61篇200余條原文進(jìn)行�？保瑥V征博引，考證精詳，訓(xùn)解明晰，義理曉暢，頗為精當(dāng)，1939年5月發(fā)表于章太炎主編的《制言》雜志。解放后由 任應(yīng)秋刊刻油印，版本存貴陽(yáng)中醫(yī)學(xué)院圖書館。后又著《靈樞臆斷》一卷，稿本于抗日戰(zhàn)爭(zhēng)中佚于郵。1934年，應(yīng)邀在章太炎創(chuàng)辦的國(guó)學(xué)講習(xí)會(huì)講授《易》學(xué)，并為《制言》撰稿。時(shí)沈寓居蘇州富郎中巷德壽坊，章居錦帆路，近在咫尺，常相往來(lái)，探討文字，研究學(xué)術(shù)。解放后，任中國(guó)科學(xué)院歷史研究所特約研究員。1952年，沈又寫《素問(wèn)瑣語(yǔ)》一文，1984年重訂。文中推重俞曲園、章太炎等人從訓(xùn)詁章句入手，研究《 易》、《 素》、《靈》等書，是好方法，收到“真詮斯得，治之易易爾”的效果。

祖綿治《易》，有家學(xué)淵源。其父著有《周易易解》，很受 章太炎贊賞。祖綿繼父之學(xué)，深入探究，鍥而不舍。他治《內(nèi)經(jīng)》，也從訓(xùn)詁入手，再明章句。與 孫詒讓、 俞曲園等人均有交往，并得到他們的指點(diǎn)，是訓(xùn)詁�？睂W(xué)派之一代傳人。