約生于順治二年，尚書(shū)林士章玄孫，汝詔曾孫。祖父友筠，南明隆武舉人。父早逝，母親守寡。順治八年(1651年)，鄭成功率軍入漳，部屬分攻各縣，母攜紹祖隨邑人走避漳州城。八月，城中無(wú)糧，竟至殺人充饑。紹祖年幼，被守門兵捉去放在桶中，門兵磨刀切切，將被殺食，幸虧同鄉(xiāng)發(fā)現(xiàn)，及時(shí)搶奪救出，免遭殘殺。九月，援兵趕到，漳州解圍，其母攜紹祖投奔外祖父家�？滴跞�十六年(1697年)，會(huì)試中式貢士，因故未能參加殿試。當(dāng)時(shí)，知縣陳汝咸有志續(xù)修《漳浦縣志》，久仰林紹祖文名，恰遇其歸家，即聘請(qǐng)林紹祖為主編，林紹祖欣然受命�？滴跞�十七年(1698年)四月，與林登虎等編寫(xiě)人員動(dòng)筆編纂，經(jīng)過(guò)10個(gè)月的努力，廣搜遺文，參酌時(shí)事，自萬(wàn)歷三十三年(1605年)續(xù)修志書(shū)至此90多年間，全縣歷史因革、損益廢興等等，無(wú)不畢載，對(duì)賦役的記載尤其詳細(xì)�？滴跞�十八年(1699年)二月，全書(shū)完成，共19卷，這就是遺存至今(1989年)的《漳浦縣志》第一至三冊(cè)部分。

康熙三十九年(1700年)，林紹祖赴京參加殿試，登進(jìn)士第，授湖南長(zhǎng)沙府醴陵知縣。初上任，醴陵有株連多人的重案，前任知縣未能審定，林紹祖改扮平民，步行200多里，實(shí)地查訪，得到實(shí)情和記錄供詞，很快就判清這個(gè)重案。幾年后，上司考察得知紹祖的政績(jī)和才能，調(diào)他任寶慶府新寧知縣。新寧地處湖南、廣西邊境，瑤、苗等少數(shù)民族混雜居住，向來(lái)治安混亂，是難治的縣份。紹祖上任后，加強(qiáng)教化和注重處理民族關(guān)系，瑤、苗各族都能聽(tīng)從政令，因而，就象他在醴陵任職一樣，政聲遠(yuǎn)播。不久，林紹祖升為吏部考功司主事，上任剛5天，又晉升為吏部考功司員外郎。不幾天，又被推升臺(tái)垣，未授職，母喪，急歸家服喪。喪期滿后，不再出仕，乞請(qǐng)歸休。紹祖在家鄉(xiāng)關(guān)心人才培養(yǎng)，重視教化，以“為人臣止于忠，為人子止于孝，與朋友交止于信，兄弟相處止于悌”為座右銘。雍正二年(1724年)，他主持修訂《烏石宗譜》，鑒于當(dāng)時(shí)賭博成風(fēng)，他在《家規(guī)》中增訂“禁賭博”條規(guī)，有“屢教不改者，送官究治”。切中時(shí)弊，鄉(xiāng)俗為之一變。林紹祖約于雍正六年(1728年)卒于家，終年83歲。林紹祖著述有《漳浦縣志》、《續(xù)烏石宗譜家規(guī)》等，并有繞江巖刻石“江山一覽”題字書(shū)法存世。