吳奇勛為中國清朝武官官員，本籍廣東。吳奇勛於1867年（同治6年）奉旨接替張顯貴，於臺(tái)灣地區(qū)擔(dān)任澎湖水師協(xié) 副將。而隸屬臺(tái)灣鎮(zhèn)之下的此官職職等為正二品，是臺(tái)灣清治時(shí)期的這階段，扼守臺(tái)灣海峽的重要武將，并統(tǒng)帥兩標(biāo)水營，數(shù)千名水師兵勇。

　　前任：

　　張顯貴 澎湖水師協(xié) 副將

　　1867年上任 繼任：

　　黃錦云

　　前任：

　　黃錦云 澎湖水師協(xié)副將

　　1870年上任 繼任：

　　李定勛