在過去數(shù)十年，馬勇教授主要從事中國學(xué)術(shù)史及儒家經(jīng)學(xué)、近代中國文化、中國近代史、中國現(xiàn)代化史、中國文明史等研究，所著《漢代春秋學(xué)研究》（四川人民出版社1990年），1992年獲中國社會科學(xué)院第一屆青年優(yōu)秀成果專著類二等獎；《梁漱溟評傳》（安徽人民出版社1992年），1992年獲華東地區(qū)優(yōu)秀政治理論讀物一等獎，1995年獲中國社會科學(xué)院第二屆青年優(yōu)秀成果專家提名獎；聯(lián)合主編的《中國現(xiàn)代化歷程》（江蘇人民出版社2001年）獲中國社會科學(xué)院近代史所一等獎、中國社會科學(xué)院一等獎、第六屆國家圖書獎、郭沫若歷史學(xué)獎等；所著《從維新運動到義和團》（《中國近代通史》第四卷，江蘇人民出版社2006年）獲新聞出版總署首屆“三個一百”原創(chuàng)工程獎。二十年已出版學(xué)術(shù)著作三十種，發(fā)表論文百余篇。

在中國學(xué)術(shù)史及儒家經(jīng)學(xué)研究領(lǐng)域，馬勇教授的《漢代春秋學(xué)研究》從比較廣闊的學(xué)術(shù)視角詳盡考察了春秋學(xué)在漢代的發(fā)生、發(fā)展和衰微，探討儒家學(xué)術(shù)官學(xué)化過程及其僵化，是儒家經(jīng)學(xué)研究領(lǐng)域一部很有影響的著作，出版二十年來一直受到相關(guān)研究者的重視和廣泛征引。

馬勇教授的《秦漢學(xué)術(shù)：社會轉(zhuǎn)型時期的思想探索》（陜西人民教育出版社1998年）一書是在《漢代春秋學(xué)研究》基礎(chǔ)上對秦漢學(xué)術(shù)史的重構(gòu)，作者將秦漢學(xué)術(shù)放在中國歷史大背景下進行考察，認為秦漢學(xué)術(shù)為后來中國奠定了思想文化基礎(chǔ)，后世中國的許多問題都可以在那幾百年思想文化發(fā)展中找到線索或萌芽形態(tài)。馬勇教授的這些觀點還見于他的一些專論，如《黃老學(xué)與漢初社會》（《中國史研究》1992年第4期）、《李斯的思想品格與秦文化政策的得失》（《齊魯學(xué)刊》1992年第5期）、《公孫弘與儒學(xué)中興》（《大陸雜志》（臺北）第85卷第3期，1992年9月）等。

秦漢學(xué)術(shù)史是馬勇教授的學(xué)術(shù)根基，中國學(xué)術(shù)史研究則是其擴展。馬勇教授的《儒學(xué)興衰史》（廣東人民出版社1996年）、《中國儒學(xué)》第一卷（東方出版中心1997年）等，在前輩學(xué)者研究基礎(chǔ)上，對儒家學(xué)術(shù)的全部歷史進行開創(chuàng)性的清理和研究。前者以簡練文字描繪了儒家學(xué)說的演變，后者以宏闊的歷史視野重建儒家學(xué)術(shù)的歷史。作者對儒學(xué)史上的許多問題提出了自己的解釋，見解獨到，論證嚴(yán)密，受到相關(guān)研究者普遍重視。

在近代中國文化研究領(lǐng)域，馬勇教授出版有《近代中國文化諸問題》（上海人民出版社1992年出版，東方出版中心2008年增訂版）。在這部著作中，馬勇教授對明末利瑪竇以來的中西文化論爭和中國文化發(fā)展進行了仔細研究，對這三百年文化發(fā)展重新評估，得出了與梁啟超、錢穆等人很不一樣的結(jié)論。作者認為，這三百年的中國學(xué)術(shù)并非有過中止或斷層，鴉片戰(zhàn)爭之前的兩百年，中西文化交流并非中斷，中國文明中的西學(xué)因素只是因為各種原因由顯而隱，包括乾嘉漢學(xué)在內(nèi)的清學(xué)史必須充分估計西學(xué)因素。這些觀點，馬勇教授還有專文進行闡釋，像《乾嘉漢學(xué)與西學(xué)的內(nèi)在關(guān)聯(lián)》（《東西方文化交融的道路與選擇》，四川人民出版社1993年）等，都在學(xué)術(shù)界有比較大的影響。

中國近代史是馬勇教授的職業(yè)，在這方面著述甚多，主要有《1894-1915：夢想與困惑》（云南人民出版社2001年）、《超越革命與改良》（上海三聯(lián)書店出版社2001年）、《從戊戌維新到義和團（中國近代通史第四卷）》（江蘇人民出版社2006年）、《1898年中國故事》（中華書局2008年）、《1900年中國尷尬》（中華書局2010年）等。