在過(guò)去數(shù)十年，馬勇教授主要從事中國(guó)學(xué)術(shù)史及儒家經(jīng)學(xué)、近代中國(guó)文化、中國(guó)近代史、中國(guó)現(xiàn)代化史、中國(guó)文明史等研究，所著《漢代春秋學(xué)研究》（四川人民出版社1990年），1992年獲中國(guó)社會(huì)科學(xué)院第一屆青年優(yōu)秀成果專(zhuān)著類(lèi)二等獎(jiǎng)；《梁漱溟評(píng)傳》（安徽人民出版社1992年），1992年獲華東地區(qū)優(yōu)秀政治理論讀物一等獎(jiǎng)，1995年獲中國(guó)社會(huì)科學(xué)院第二屆青年優(yōu)秀成果專(zhuān)家提名獎(jiǎng)；聯(lián)合主編的《中國(guó)現(xiàn)代化歷程》（江蘇人民出版社2001年）獲中國(guó)社會(huì)科學(xué)院近代史所一等獎(jiǎng)、中國(guó)社會(huì)科學(xué)院一等獎(jiǎng)、第六屆國(guó)家圖書(shū)獎(jiǎng)、郭沫若歷史學(xué)獎(jiǎng)等；所著《從維新運(yùn)動(dòng)到義和團(tuán)》（《中國(guó)近代通史》第四卷，江蘇人民出版社2006年）獲新聞出版總署首屆“三個(gè)一百”原創(chuàng)工程獎(jiǎng)。二十年已出版學(xué)術(shù)著作三十種，發(fā)表論文百余篇。

在中國(guó)學(xué)術(shù)史及儒家經(jīng)學(xué)研究領(lǐng)域，馬勇教授的《漢代春秋學(xué)研究》從比較廣闊的學(xué)術(shù)視角詳盡考察了春秋學(xué)在漢代的發(fā)生、發(fā)展和衰微，探討儒家學(xué)術(shù)官學(xué)化過(guò)程及其僵化，是儒家經(jīng)學(xué)研究領(lǐng)域一部很有影響的著作，出版二十年來(lái)一直受到相關(guān)研究者的重視和廣泛征引。

馬勇教授的《秦漢學(xué)術(shù)：社會(huì)轉(zhuǎn)型時(shí)期的思想探索》（陜西人民教育出版社1998年）一書(shū)是在《漢代春秋學(xué)研究》基礎(chǔ)上對(duì)秦漢學(xué)術(shù)史的重構(gòu)，作者將秦漢學(xué)術(shù)放在中國(guó)歷史大背景下進(jìn)行考察，認(rèn)為秦漢學(xué)術(shù)為后來(lái)中國(guó)奠定了思想文化基礎(chǔ)，后世中國(guó)的許多問(wèn)題都可以在那幾百年思想文化發(fā)展中找到線索或萌芽形態(tài)。馬勇教授的這些觀點(diǎn)還見(jiàn)于他的一些專(zhuān)論，如《黃老學(xué)與漢初社會(huì)》（《中國(guó)史研究》1992年第4期）、《李斯的思想品格與秦文化政策的得失》（《齊魯學(xué)刊》1992年第5期）、《公孫弘與儒學(xué)中興》（《大陸雜志》（臺(tái)北）第85卷第3期，1992年9月）等。

秦漢學(xué)術(shù)史是馬勇教授的學(xué)術(shù)根基，中國(guó)學(xué)術(shù)史研究則是其擴(kuò)展。馬勇教授的《儒學(xué)興衰史》（廣東人民出版社1996年）、《中國(guó)儒學(xué)》第一卷（東方出版中心1997年）等，在前輩學(xué)者研究基礎(chǔ)上，對(duì)儒家學(xué)術(shù)的全部歷史進(jìn)行開(kāi)創(chuàng)性的清理和研究。前者以簡(jiǎn)練文字描繪了儒家學(xué)說(shuō)的演變，后者以宏闊的歷史視野重建儒家學(xué)術(shù)的歷史。作者對(duì)儒學(xué)史上的許多問(wèn)題提出了自己的解釋?zhuān)��?jiàn)解獨(dú)到，論證嚴(yán)密，受到相關(guān)研究者普遍重視。

在近代中國(guó)文化研究領(lǐng)域，馬勇教授出版有《近代中國(guó)文化諸問(wèn)題》（上海人民出版社1992年出版，東方出版中心2008年增訂版）。在這部著作中，馬勇教授對(duì)明末利瑪竇以來(lái)的中西文化論爭(zhēng)和中國(guó)文化發(fā)展進(jìn)行了仔細(xì)研究，對(duì)這三百年文化發(fā)展重新評(píng)估，得出了與梁?jiǎn)⒊�、錢(qián)穆等人很不一樣的結(jié)論。作者認(rèn)為，這三百年的中國(guó)學(xué)術(shù)并非有過(guò)中止或斷層，鴉片戰(zhàn)爭(zhēng)之前的兩百年，中西文化交流并非中斷，中國(guó)文明中的西學(xué)因素只是因?yàn)楦鞣N原因由顯而隱，包括乾嘉漢學(xué)在內(nèi)的清學(xué)史必須充分估計(jì)西學(xué)因素。這些觀點(diǎn)，馬勇教授還有專(zhuān)文進(jìn)行闡釋?zhuān)�像《乾嘉漢學(xué)與西學(xué)的內(nèi)在關(guān)聯(lián)》（《東西方文化交融的道路與選擇》，四川人民出版社1993年）等，都在學(xué)術(shù)界有比較大的影響。

中國(guó)近代史是馬勇教授的職業(yè)，在這方面著述甚多，主要有《1894-1915：夢(mèng)想與困惑》（云南人民出版社2001年）、《超越革命與改良》（上海三聯(lián)書(shū)店出版社2001年）、《從戊戌維新到義和團(tuán)（中國(guó)近代通史第四卷）》（江蘇人民出版社2006年）、《1898年中國(guó)故事》（中華書(shū)局2008年）、《1900年中國(guó)尷尬》（中華書(shū)局2010年）等。