1995年擔(dān)任遼寧足球隊(duì)主教練；

1996年—2002年，擔(dān)任遼寧足球隊(duì)助理教練。

2003年—2007年，擔(dān)任中國國家隊(duì)助理教練，先后輔佐阿里·漢、朱廣滬。

2008年5月出任遼寧足球隊(duì)領(lǐng)隊(duì)兼中方教練組組長。

2009年正式擔(dān)任長春亞泰隊(duì)教練。當(dāng)年在杜震宇、王棟雙核長期缺陣的情況下，率隊(duì)取得亞軍，并獲得次年的亞冠比賽資格。但賽季結(jié)束后未再續(xù)約，亞泰請來了沈祥福。

2010年1月5日正式簽約重慶力帆，合同為兩年。但因戰(zhàn)績不佳于2010年7月19日下課。李樹斌帶領(lǐng)重慶取得的戰(zhàn)績是3勝2平8負(fù)，打進(jìn)14球丟21球

2011年2月出任中甲深圳鳳凰隊(duì)主教練，5月21日，聯(lián)賽第10輪，深圳鳳凰客場0∶4負(fù)于湖南湘濤，鳳凰隊(duì)欠薪問題爆發(fā)。6月，富力地產(chǎn)收購深圳鳳凰之后，有關(guān)方面表示，以李樹斌為首的教練組為這支頻臨解散的球隊(duì)付出了很多心血，教練班子會保持穩(wěn)定，“李樹斌帶著這些隊(duì)員既當(dāng)?shù)�又�?dāng)媽，很不容易，隊(duì)員們跟他有著深厚的感情。”

在富力接手之后，俱樂部明確提出沖超的目標(biāo)，一支當(dāng)時位列積分榜第9名的球隊(duì)要在短短四個月內(nèi)實(shí)現(xiàn)沖超，難度可想而知。李樹斌和富力隊(duì)承受著巨大壓力：“我們在最困難的時候沒放棄，在富力入主之后，球隊(duì)慢慢好了起來�！�12輪不敗，富力隊(duì)成功沖超，用李樹斌的話來說，這就像一個“奇跡”。

2011年11月，廣州富力宣布與巴西籍主帥法里亞斯簽約。李樹斌改任領(lǐng)隊(duì)。

2012年12月28日，亞泰俱樂部擬聘任的新任主教練李樹斌將飛赴昆明與球隊(duì)會合。亞泰足球俱樂部董事長劉玉明將于12月29日晚些時候飛赴昆明，正式與李樹斌教練簽署一份5+N的無限期合同。雙方抱著穩(wěn)定球隊(duì)成績、提拔年輕球員、實(shí)現(xiàn)持續(xù)發(fā)展的夙愿來簽署這份合同。

2013年5月20日，李樹斌三次請辭主帥后，亞泰正式宣布其下課。由2012賽季曾執(zhí)教過亞泰的前南斯拉夫教練薩布利奇接掌球隊(duì)主帥。李樹斌擔(dān)任球隊(duì)總教練及中方教練組組長。

2013年6月25日，李樹斌出現(xiàn)在石家莊裕彤體育中心體育場指揮石家莊永昌駿豪足球隊(duì)訓(xùn)練。

2013年6月30日，石家莊永昌駿豪俱樂部召開新聞發(fā)布會，李樹斌正式出任永昌駿豪主教練。

2013年12月12日，李樹斌與石家莊永昌駿豪方面完成解約。

2018年9月，李樹斌出任男足全國青訓(xùn)總監(jiān)。