1946年4月16日舉行的朝共北朝鮮分局執(zhí)委會(huì)第六次擴(kuò)大會(huì)議上，吳琪爕被蘇聯(lián)派扣上“反蘇分子”的帽子，受到降職處分，由朝鮮共產(chǎn)黨北朝鮮分局第二書記調(diào)任北朝鮮臨時(shí)人民委員會(huì)宣傳部長。1948年3月的2次黨大會(huì)金日成公開處理犯罪者，這次大會(huì)上，吳琪爕一派的鄭達(dá)寧等數(shù)名中央委員被革職，這樣中央委員中僅剩吳琪爕一人，形如稻草人。直至1956年4月，黨的第三次代表大會(huì)還仍然安排選舉吳琪燮為中央委員，同年5月，又任命其為內(nèi)閣糧政買賣相（糧食采購銷售部部長）。1958年4月吳琪燮被降為平安南道中和郡生產(chǎn)合作協(xié)會(huì)副委員長，其后，從政壇上消失。