萬歷八年（1580）進(jìn)士，授貴溪知縣，擢兵部主事，進(jìn)員外郎，署職方事。李成梁子李如楨求為錦衣大帥，袁萃力爭，寢之。出為浙江提學(xué)僉事。巡撫牒數(shù)十人寄學(xué)，立卻還之。官至廣東海北道副使，中館李敬轄珠池，其參隨擅殺人，袁萃捕論如法，遂請告歸。袁萃著有《林居漫錄》（前集六卷，畸集五卷）、《彈園雜志》，《四庫總目》及《明史本傳》并傳于世。

史稱所撰《林居漫錄》、《彈園雜志》，多貶斥當(dāng)世公卿大夫，而於李三才、于玉立尤甚。今觀是書，所載多朝野故實，往往引明初之事以證明季弊政，而詞氣過激，嫌於已甚。又因力排良知之說，與王守仁為難，遂并其事功而沒之，不免矯枉過正。至臚載閭巷瑣事，多參以因果之說，尤失於龐雜矣。