先后在蘇州東吳大學(xué)預(yù)科、南京金陵大學(xué)文學(xué)系學(xué)習(xí)。畢業(yè)后，加入紅十字會救護隊，在廣州國民革命軍中做救護工作。民國14年(1925年)，在上海東吳大學(xué)附中任教和任上海監(jiān)理會耶穌堂協(xié)理牧師。后調(diào)常州愷樂堂牧師兼任愷樂初級中學(xué)教師。民國16年夏，被選送到美國南方大學(xué)攻讀神學(xué)，獲教育碩士。回國后，歷任上海慕爾堂、蘇州救世堂、南潯施樂德堂牧師兼南潯中學(xué)教師。在上海慕爾堂傳教時，曾幫助失業(yè)教友組織“擦皮鞋工團”，以謀生活。

民國26年，抗日戰(zhàn)爭爆發(fā)，上海、蘇州相繼淪陷，東吳大學(xué)教師孫蘊璞、張夢白，作家周瘦鵑、程小青等隨同葉芳珪來到黟縣。次年春，在黟縣碧陽書院籌辦東吳大學(xué)附屬中學(xué)。暑假期間，東吳附中遷回上海。由復(fù)旦大學(xué)校友佘凌云、吳道存、謝小魯?shù)热耍瑒?chuàng)辦復(fù)旦大學(xué)附屬中學(xué)皖校，葉芳珪為該校副主任兼英語教師。為了解決學(xué)校印刷油墨的困難，他在南屏家中備料制造油墨，并與人合作在南屏上辦了一所小型農(nóng)場，后去屯溪擔任全國青年協(xié)會學(xué)生救濟委員會總干事�？箲�(zhàn)勝利后，葉芳珪復(fù)去常州擔任愷樂堂牧師和愷樂中學(xué)校長。

建國后，葉芳珪任常州初級中學(xué)教師，并當選為常州市人民代表和市政協(xié)常務(wù)委員。1962年7月，卒于常州，終年70歲。