清宣統(tǒng)三年(1911)武昌起義爆發(fā)后，赴武漢入革命軍，英勇善戰(zhàn)，后到九江任贛軍敢死隊副隊長。民國2年(1913)7月，參加討袁義軍，任機關炮大隊長。8月，討袁失敗后，卓仁機離贛，赴英國學習無線電技術，復入伯明翰飛機學校學習飛行。民國4年(1915)12月，卓回國參加護國反袁斗爭。民國9年(1920)，隨李烈鈞由黔經(jīng)湘入粵，擁護孫中山先生討伐占據(jù)廣東的桂系軍閥。民國11年(1922)，追隨孫中山取道江西北伐，任支隊長。6月，陳炯明在廣州叛變，入贛之北伐軍回師討陳，失敗后退入福建。卓所在的部隊因守衛(wèi)樂昌九峰山，撤退不及，被陳炯明改編為粵軍第一師第二團，卓任團長。民國11年(1922)12月，卓仁機奉命率第二團赴梧州配合陳濟棠的第四團阻擊擁戴孫中山的滇、桂、粵西路聯(lián)軍。卓仁機與營長張發(fā)奎商議，串同陳濟棠團倒陳起義，投效孫中山。接著，與孫中山的西路聯(lián)軍會合，長驅(qū)直下，打到三水。原粵軍第一師第二、四團擴充為兩個旅，卓仁機任一旅旅長，陳濟棠任二旅旅長，成為孫中山大本營的中堅力量。陳炯明退出廣州后，仍在惠州一帶負隅頑抗。民國12年(1923)8月，許崇智部在博羅遭陳炯明部圍攻，危在旦夕。孫中山欲調(diào)滇軍與李福林部前去解救，然均延宕不前，乃急調(diào)駐在臺城的卓仁機旅。卓受命后，即率部急行軍進入博羅城西筆架山，陳部見援軍已至，乃倉皇退去，博羅之危遂解。不久，粵軍整編，卓解除軍職，被任為臺山縣縣長。卸任后先后在上海、廣州做古董生意，抗日戰(zhàn)爭時期曾在曲江任廣東省驛運處副處長。建國后，卓仁機被聘為廣東省文史館館員，以善于鑒別古陶瓷見稱。1972年病逝廣州。