伊薩克二世阿格洛斯在他的堂兄，康尼努斯王朝的末代皇帝安德洛尼卡一世被君士坦丁堡暴民推翻之后繼承王位（他自己也深深卷入了奪權陰謀）。他在即位初期成功地應付了盤踞在西西里的諾曼人對帝國的侵犯，而安德洛尼卡一世被廢黜的部分原因是他做不到這一點。但是，伊薩克二世卻不能收復塞浦路斯，后來在政治上就很少有什么建樹。

1185年底，瓦拉幾亞和保加利亞人發(fā)動叛亂，1187年，伊薩克二世任命阿歷克塞·布拉納斯為鎮(zhèn)壓保加利亞人反叛的指揮官，但后者卻倒戈相向。阿歷克塞·布拉納斯進攻帝國首都君士坦丁堡；伊薩克二世求助于外國軍事力量（德意志諸侯和突厥人），才將這名叛變的將領打敗，但不得不承認保加利亞第二帝國的建立。1190年2月他與第三次十字軍領袖德國皇帝腓特烈一世簽訂亞得里亞堡條約，允許德國軍隊穿越達達尼爾海峽，向小亞細亞進發(fā)。此后伊薩克全力經(jīng)營巴爾干半島，1190年擊敗塞爾維亞大公斯蒂芬·內(nèi)馬尼亞，1195年伊薩克二世正準備進攻保加利亞時，被他的的弟弟阿歷克塞發(fā)動叛亂奪走了皇位。阿歷克塞成為皇帝（阿歷克塞三世），并將伊薩克二世弄瞎。1201年其子亞歷克修斯前往德意志游說，勸說十字軍改變進攻方向，1203年7月，可怕的第四次十字軍東征抵達君士坦丁堡并廢黜了阿歷克塞三世。8月1日，被廢黜幽禁8年的伊薩克二世阿格洛斯成為兒子亞力克修斯的同朝皇帝，但已年邁體衰，實際由兒子阿歷克塞四世掌權。1204年1月十字軍同君士坦丁堡市民的沖突引發(fā)革命，兩位皇帝一起被市民廢黜，2月8日阿歷克塞四世被暗殺，數(shù)日后伊薩克二世也去世。