早年靠販賣私鹽為生，性豪爽，人稱“三哥”，習(xí)武術(shù)，后充馬莊鹽店巡役。1861年(咸豐十一年)春，受太平天國起義的影響。與兄孫化清殺死巡役頭目“莊二鬼火”，占據(jù)旺山，聚眾結(jié)幅起義。7月，東單（shan）圩團(tuán)練長王殿麟率團(tuán)勇千人圍攻旺山。孫化祥派人約請(qǐng)幅軍宋三岡部來援，內(nèi)外夾攻，大敗東團(tuán)練，殺死百余人，并乘勝攻取旗山諸處。此后又會(huì)合耿家埠幅軍劉淑愈、李宗棠部，在旗山設(shè)幅軍大寨。孫化祥為寨主，劉淑愈為軍師。部眾蓄長發(fā)，以2尺紅綾包頭，并向周圍村莊散旗，擴(kuò)大勢力。孫化祥機(jī)智勇敢，不近酒色，與部眾共甘苦，視軍械馬匹如性命，深受部眾擁戴，附近他部幅軍亦多響應(yīng)，時(shí)稱72寨主，盛時(shí)達(dá)10萬余眾，為魯南諸路幅軍中力量最強(qiáng)者。

1862年(同治元年)秋，淄川義軍劉德培部遭清兵圍攻，派人來沂州求助幅軍，宋三岡率萬人前往，孫化祥亦選部屬精銳千人馳援。當(dāng)時(shí)，清濟(jì)南道道員吳載勛率軍趕到，軍容嚴(yán)整，宋三岡懼而不戰(zhàn)，遂引眾入城。孫化祥便率本部人馬出戰(zhàn)，大敗清軍，獲得大量軍器物資。從此，孫化祥威名遠(yuǎn)揚(yáng)。由淄川回師后，孫化祥率數(shù)千幅軍夜襲東地主圩寨。不久，又攻占了南尹地主圩寨，沂州知府文彬急忙調(diào)集蘭山、費(fèi)縣兵勇圍攻。孫化祥率幅軍與其激戰(zhàn)7日，擊潰清兵，返回山寨。

1863年初，清署漕運(yùn)總督吳棠派總兵陳國瑞率洋槍隊(duì)2000人，入魯進(jìn)“剿”幅軍。該部連破蘭山、費(fèi)縣一些幅軍圩寨。4月初，直逼仲村圩。守圩幅軍首領(lǐng)宋三岡畏敵欲降，孫化祥窺明其意便率部攻占仲村。宋三岡逃脫后降清，引陳國瑞兵包圍仲村。他指揮幅軍堅(jiān)守，糧盡援絕后，在突圍時(shí)陣亡。