清太宗 天聰初年，馬國柱擔(dān)任 文館的職務(wù)。天聰六年（1632年），諸生胡貢明請求更變用人的舊制，馬國柱上疏皇太極說：“把家比喻成國，皇上就相當(dāng)于家長，諸位 貝勒就像是 子弟一樣，而人民就像是妻子和子女。家長都注重會持家的人，而子弟門都喜歡能說會道、善于迎合的，各自的喜好不同，不能強迫各自順從對方。我們國家現(xiàn)在正直無私的人大多貧賤，而貪婪自私的人卻大多身處高位。正直之人被罷黜而 曲意逢迎之人卻得到重用，這是想要使國家強盛的舉措嗎？您應(yīng)該采納胡貢明的建議，用人不要區(qū)分是新人還是舊人，有才能的人都應(yīng)該被您所用。如果因為先汗王所定的 八旗旗主分養(yǎng)人士的規(guī)矩而有所遲疑，試想一下先汗王時雖然是各旗分別豢養(yǎng)很多人，但是最終是大汗決定他們是否被起用�，F(xiàn)在和先汗王時期相比，那個更好呢？況且能夠繼承先汗王的遺志才能說這是大孝。先汗王就算至今還在，也應(yīng)該變更舊制。如果對國家有利，為何還拘于那些小節(jié)？況且對八旗其他人有利，那就對大汗不利了，這實在是不可以的�！�

在此以前，馬國柱與高鴻中、 鮑承先、 寧完我、 范文程等一起上書皇太極請求設(shè)置言官，這篇奏疏中提到的；以前多次上書的扈應(yīng)元、 徐明遠、 許世昌、仇震等人的疏中都提到了。明朝兵部的官員在 永平投降了后金，隸屬于 鑲黃旗。馬國柱上疏請求定法度，設(shè)立考核官員將領(lǐng)的制度，禁止官員與將領(lǐng)克扣士兵，并完善了很多管理的制度。

天聰八年（1634年），清太宗命 禮部設(shè)科取士，考中的就是 舉人，馬國柱去參加了。并且和以前一樣去文館當(dāng)值。

崇德初年，清朝開始設(shè)置 都察院。崇德三年（1638年），皇太極授予馬國柱都察院的理事官之職。清朝創(chuàng)立 漢軍八旗之后，馬國柱隸屬于漢軍正白旗。

順治元年（1644年），馬國柱跟從清軍入關(guān)，官授左 僉都御史。清朝大軍占領(lǐng)了 山西的 大同、 代州，七月，清政府任命馬國柱以右 副都御史的身份去山西做巡撫，馬國柱取道 昌平，出 居庸關(guān)，到山西代州任官。清軍自 忻州出兵攻克了 太原，馬國柱也跟著進駐太原。大軍出行時，馬國柱為其出謀劃策。 汾州、 平陽、 潞安、 澤州各地依次被清軍克復(fù)。 李自成的大將 李過、 高一功敗退到了 陜北的 綏德，馬國柱上疏請求清政府分兵東西夾擊他們，使他們首尾不相應(yīng)， 順治帝聽從了他的建議。

順治二年（1645年），馬國柱派遣游擊 楊捷攻打并斬殺了 陽曲的盜匪首領(lǐng)閻汝龍，又派遣大將去討平嵐縣的盜匪高九英，招降了四十余寨。 交城的盜匪首領(lǐng)梁自雨、 河曲的盜匪首領(lǐng) 李俊與高九英成 掎角之勢，馬國柱再次分兵去攻伐。 馬國柱巡撫山西一年有余，捕殺誅滅了李自成潛伏在民間的農(nóng)民軍余孽，安定當(dāng)?shù)刂刃虿�安撫人民，人們逐漸的恢復(fù)了各自的職業(yè)。過往的客商和軍人，他都悉心去安置他們。同年十月，馬國柱被提升兼 兵部侍郎，總督 宣大。

順治四年（1647年）七月，馬國柱加 兵部尚書，被任命去總督 江南�。ń� 安徽、 江蘇）、 江西、 河南三個行省。成為清朝占領(lǐng)兩江地區(qū)后的首任總督。

順治五年（1648年）正月， 安慶的為亂者馮洪圖攻陷安徽 巢縣，并攻掠了 無為，馬國柱令 按察使土國寶跟從侍郎鄂屯率領(lǐng)大軍去討伐，擒獲了馮洪圖及其黨羽蔣懋修、 鐘武等人。后來江西總兵 金聲桓叛亂，他的大將潘永禧進犯 徽州，馬國柱派遣滿洲駐防的官兵去擊破了他們，克復(fù) 祁門、 黟縣二地。順治帝命 征南大將軍 譚泰率領(lǐng)大軍討伐金聲桓，連克 九江、 南康、 饒州等地。南明的尚書 余應(yīng)桂占據(jù) 都昌，在 鄱陽湖上出沒，馬國柱命令副將 楊捷等人跟從譚泰攻克了 都昌，擒拿了余應(yīng)桂；又在武寧擊敗了余應(yīng)桂的大將 鄧應(yīng)龍等人。十月， 廣東的叛將 李成棟自 南雄侵犯江西 贛州，馬國柱派遣大將與江西巡撫 劉武元合兵擊殺李成棟。

順治六年（1649年）， 王定安在 湖廣為亂，攻陷 羅田，并且與 英山的盜匪 陳元等人相勾結(jié)攻掠 霍山，馬國柱派遣中軍副將朱運亨等攻打他們，在 三尖山大戰(zhàn)，陳元等人不敵逃走了；馬國柱又令 總兵卜從善圍剿白云、梅家、英窠等寨的叛匪。南明石城的王統(tǒng)锜率領(lǐng)五千余人自金紫寨前來支援，背靠著山列陣，卜從善與他們進行大戰(zhàn)，俘獲了許多他們的人馬，擒拿了叛匪所置的總兵孔文燦、副將方學(xué)達等人。馬國柱又率領(lǐng)大軍與江寧 昂邦章京 巴山、提督 張大猷合兵一處討伐 六安的盜匪，圍將軍寨，擊斬張福寰，招降盜匪所置的 總兵王俊、副將霍維倫等人。安徽境內(nèi)的各個勢力，往往依山結(jié)寨相勾結(jié)，至此都被平定。明魯王 朱以海在 舟山，他的大將 吳凱占據(jù) 大蘭山，順治帝命馬國柱去剿撫。馬國柱知 寧波諸生方圣時與朱以海的大臣 嚴我公是好朋友，就讓方圣時去招降嚴我公，嚴我公投降，馬國柱護送他去京師。順治帝派遣他去招降吳凱，馬國柱又寫了書信，吳凱與他的將顧奇勛、姜君獻、 陳德芝等人全部投降。

順治七年（1650年），馬國柱官加 太子少保。順治九年（1652年）七月，張自盛在 福建為亂，很快進入江西境內(nèi)，馬國柱和提督 劉光弼擊斬他們所置總兵李全等，很快擒拿張自盛。

順治十一年（1654年）正月，南明大將 張名振攻打 崇明、 劉河、 吳淞，馬國柱招募水師，派遣總兵 王璟、副將張恩達分別率領(lǐng)水軍，在 靖江打敗張名振，又在 泰興擊敗了他，并搗毀了他的戰(zhàn)船，張名振敗退。二月，賴龍在 湖廣為亂，號為“紅頭賊”，從桂東地區(qū)侵入江西境內(nèi)，馬國柱與湖廣總督 祖澤遠合兵攻打桂東，平定叛亂后，又加封為 太子太保。

之后馬國柱很快告老退休了。馬國柱剛剛到江南的時候，駐防兵與老百姓關(guān)系不融洽，馬國柱巧妙地加以安撫民眾，很快使得軍民之間相安無事。

康熙三年（1664年）二月，馬國柱病逝。

馬國柱于順治四年（1647年）八月到順治十一年（1654年）十月期間，奉旨擔(dān)任江南江西河南總督，他亦為清朝占領(lǐng)兩江地區(qū)后的首任總督。正式官銜為“總督江南、江西和河南等處地方提督軍務(wù)、糧餉、操江、統(tǒng)轄南河事務(wù)”，總管 江蘇、 安徽、 江西及 河南省的軍民政務(wù)。順治六年（1649年）九月馬國柱不再節(jié)制河南省的官員，成為首任江南江西總督。在總督期間多次平定民變和南明軍隊的反擊，對清軍的迅速推進有很大貢獻。

《清史稿》：天聰八年，舉人凡十六人，漢人習(xí)漢書者，齊國儒、朱燦然、羅繡錦、梁正大、雷興、馬國柱、金柱、王來用，得八人。國柱及繡錦、興、來用入關(guān)后，皆至督撫，而國柱、繡錦、興又同值文館。

馬國柱墓位于 南口鎮(zhèn)西北東 園子村山坡上。清康熙三年（1664年）馬國柱葬于北京昌平。馬國柱墓清朝末年、民國初年兩次被盜。墓地其他無存，現(xiàn)僅存龍首、龜趺墓碑一通。墓碑為漢白玉石質(zhì)，立于清康熙四年（公元1665年）碑文用滿漢兩種文字，至今保存完好。2003年7月被列為昌平區(qū)文物保護單位。

《 清史稿·卷二百三十九·列傳二十六》